使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

happyknighthawk · 发表于 Post on 2020-5-21 09:44:48

sobereva 发表于 2020-5-21 07:08
把某结构的natm*(natm-1)/2个原子对的距离计算出来储存到一维数组里，从小到大排序，就构成了距离序列。 ...

好的，社长，我明白了，谢谢您。

happyknighthawk · 发表于 Post on 2020-5-21 10:06:17

sobereva 发表于 2020-5-21 07:08
把某结构的natm*(natm-1)/2个原子对的距离计算出来储存到一维数组里，从小到大排序，就构成了距离序列。 ...

社长，您说的“从小到大排序”的操作的目的，是考虑了两个构象原子编号不一致的情况是吧，如果两个构象的原子编号一致，求出来的两个距离序列里面的距离是一一对应的关系，那就直接求差就可以了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-23 02:44:55

happyknighthawk 发表于 2020-5-21 10:06
社长，您说的“从小到大排序”的操作的目的，是考虑了两个构象原子编号不一致的情况是吧，如果两个构象的 ...

对

而且molclus本身也是可以用于原子团簇构型搜索的，没有明确的原子顺序，对比RMSD必须用这个做法

snljty · 发表于 Post on 2020-5-25 23:22:20

请问有哪位用户在slurm作业系统上用molclus成功调用过orca嘛？
我这边总是报错，一些诡异的内容，大概是cannot allocate memory之类的，测试后应该不是内存不够。
把每个任务拆开直接跑orca就可以算，用molclus调用一两分钟后会报错退出。
服务器64物理核单节点。
怀疑和slurm作业系统的设置有关，要求#SBATCH -n设置总进程数，-c设置每个进程多少核。之前管理员说Gaussian要-n 1 -c 64，而orca要-n 64不知道是不是这个问题导致的。
如果有哪位成功过，我就再试试有没有别的解决方法，不然就算了，只好拆看算了> <
顺便期待卢老师的QC2xyz

leo1992 · 发表于 Post on 2020-6-3 12:55:48

sob老师，请问使用MOPAC，PM7半经验方法，考虑水溶剂下做构象搜索，MOPAC中的关键词应该怎么写？
是否应该为，PM7 precise EPS=78.4
不知写的是否正确。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-3 20:46:56

leo1992 发表于 2020-6-3 12:55
sob老师，请问使用MOPAC，PM7半经验方法，考虑水溶剂下做构象搜索，MOPAC中的关键词应该怎么写？
是否应该 ...

正确

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-26 16:18:58

本帖最后由欢乐多于 2020-6-26 19:51 编辑

sobereva 发表于 2019-10-29 08:00
别include gromos力场，用amber力场

把eph_GMX.itp引入.top里，并且把里面atomtypes字段的信息都合并到 ...

老师您好，
将水分子替换成麻黄碱(Ephedrine.pdb)，在ATB网站上得到一个在线数据，复制成Ephedrine.itp.
自己尝试造top文件，总报错（图）
麻烦老师帮忙看看，非常感谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-27 00:57:23

欢乐多发表于 2020-6-26 16:18
老师您好，
将水分子替换成麻黄碱(Ephedrine.pdb)，在ATB网站上得到一个在线数据，复制成Ephedrine.itp. ...

这么小的体系，MD就别用gromacs了，用xtb省事得多，参看
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-6-27 09:30:43

sobereva 发表于 2020-6-27 00:57
这么小的体系，MD就别用gromacs了，用xtb省事得多，参看
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(R ...

好的，老师，已经知道出错的原因，ATB给了一个.pdb格式的结果，用这个结果就不会出现报错了。
感谢老师回复！

niubaotian85 · 发表于 Post on 2020-7-21 21:52:07

sob老师，求助。我寻找B6Li8团簇的基态结构，使用genmer构建200个构型，通过xtb处理后剩下87个构型，然后调用gaussian计算，使用的是PBE/6-31G*，一个都没有成功，请问是我哪里出了问题了吗？谢谢sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 21:58:20

niubaotian85 发表于 2020-7-21 21:52
sob老师，求助。我寻找B6Li8团簇的基态结构，使用genmer构建200个构型，通过xtb处理后剩下87个构型，然后调 ...

关键词没必然问题。看molclus输出信息判断，对于失败的，自行打开备份出来的Gaussian的out文件，看具体是什么原因。根据情况恰当修改模板文件里的关键词以避免。

niubaotian85 · 发表于 Post on 2020-7-25 00:55:20

sob老师，我使用molclus软件计算B6Li8团簇，找它的异构体，我使用genmer设计了200个构型，xtb计算后得到87个构型，然后使用pbe0/6-31G*计算得到了41个构型。在所得到的构型上出现了一些问题：
1.无论是pbe0还是B3LYP水平下计算所得到的构型都会出现某些Li原子之间距离很远，即使是能量最低的构型也是的。2.在同样的水平下，计算出能量最低的构型，它的能量比文献中最稳定的B6Li8要高18kcal/mol。图1是我使用molclus算出的能量最低的构型。图2是文献中最稳定的构型.
请问sob老师，是我哪里出了问题吗？（ps：genmer里我已经选择了共价键那个选项了）谢谢老师。
图一

图二

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-25 04:35:35

niubaotian85 发表于 2020-7-25 00:55
sob老师，我使用molclus软件计算B6Li8团簇，找它的异构体，我使用genmer设计了200个构型，xtb计算后得到87 ...

考虑的初始团簇数目仍不够。xtb优化那么快，搞一千个也不多费事。
另外也可以尝试xtb跑动力学的做法

niubaotian85 · 发表于 Post on 2020-7-25 15:10:23

sobereva 发表于 2020-7-25 04:35
考虑的初始团簇数目仍不够。xtb优化那么快，搞一千个也不多费事。
另外也可以尝试xtb跑动力学的做法

谢谢老师！

84015917 · 发表于 Post on 2020-7-27 17:47:23

请问molclus可以不再当前文件夹下运行吗？在其他的文件夹下启动，或者有运行它的脚本啊？

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