使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

陈明mchen · 发表于 Post on 2024-4-1 20:42:55

正在学习这个方法。整个流程需要用的软件有点多，综合性有点强。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 02:21:01

陈明mchen 发表于 2024-4-1 20:42
正在学习这个方法。整个流程需要用的软件有点多，综合性有点强。

帖子里红字明确说了，大多数情况根本不需要用gromacs跑动力学，只要会用一种量化程序结合molclus就够了

http://www.keinsci.com/research/molclus.html里面也全面总结了molclus对于不同情况最适合的用法

陈明mchen · 发表于 Post on 2024-4-9 21:32:05

sobereva 发表于 2024-4-3 02:21
帖子里红字明确说了，大多数情况根本不需要用gromacs跑动力学，只要会用一种量化程序结合molclus就够了
...

谢谢sob老师，按照教程学习MOPAC后，确实很方便

YANGSHITONG · 发表于 Post on 2024-5-22 10:06:08

老师您好，我跟楼上的问题较为类似。我目前是利用genmer生成了10种沥青芳香分分子的构型，想要直接利用高斯进行结构优化运算。但是不知道是由于什么原因也是一直卡在第一个构型，打开任务管理器时也反应并没有进行任务。不知道是否是任务命令提交的不正确还是单纯的计算过慢？请问是否可以利用超算使用molclus进行计算？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-23 04:27:24

YANGSHITONG 发表于 2024-5-22 10:06
老师您好，我跟楼上的问题较为类似。我目前是利用genmer生成了10种沥青芳香分分子的构型，想要直接利用高斯 ...

算的太慢
先让molclus调用MOPAC或xtb做预优化再说

>50原子体系的DFT优化，普通个人计算机而且还是windows版Gaussian肯定巨慢

YANGSHITONG · 发表于 Post on 2024-5-25 16:00:40

sobereva 发表于 2024-5-23 04:27
算的太慢
先让molclus调用MOPAC或xtb做预优化再说

明白了，谢谢老师！

xiaoche · 发表于 Post on 2024-7-5 16:09:14

请问对酶催化体系的活性中心簇模型构象搜索与搭建适用吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-7 15:44:53

xiaoche 发表于 2024-7-5 16:09
请问对酶催化体系的活性中心簇模型构象搜索与搭建适用吗？

可以用

喝了假咖啡 · 发表于 Post on 2024-9-12 22:48:08

老师好，我在计算两个有机分子的相互作用（氢键+范德华作用），发现优化前两个分子不同的摆放方式直接影响优化后的结构，所以不知道该如何画优化前的结构了，想请问这个帖子介绍的方法适合解决我的问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-13 02:27:29

喝了假咖啡发表于 2024-9-12 22:48
老师好，我在计算两个有机分子的相互作用（氢键+范德华作用），发现优化前两个分子不同的摆放方式直接影响 ...

非常合适
通常推荐用genmer来产生traj.xyz，比跑动力学省事太多
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

喝了假咖啡 · 发表于 Post on 2024-9-18 17:10:46

sobereva 发表于 2024-9-13 02:27
非常合适
通常推荐用genmer来产生traj.xyz，比跑动力学省事太多
genmer：生成团簇初始构型结合molclus ...

老师，感觉MOPAC和xtb的功能在这篇文章是差不多的，所以想请教什么时候用MOPAC更合适，什么时候用xtb更合适

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-18 17:21:19

喝了假咖啡发表于 2024-9-18 17:10
老师，感觉MOPAC和xtb的功能在这篇文章是差不多的，所以想请教什么时候用MOPAC更合适，什么时候用xtb更合 ...

linux环境下，一般建议用xtb，速度快得多、并行效率高得多
而windows环境下的xtb容易异常中断

喝了假咖啡 · 发表于 Post on 2024-9-21 12:30:02

老师，能实现调用ORCA时使用混合基组吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-21 23:28:12

喝了假咖啡发表于 2024-9-21 12:30
老师，能实现调用ORCA时使用混合基组吗？

恰当写模板文件即可
molclus只不过是把坐标套进模板文件里的坐标部分，其它该怎么写还怎么写

2877321934 · 发表于 Post on 2024-9-22 05:57:49

本帖最后由 2877321934 于 2024-9-22 05:59 编辑

请问老师，我有两个问题想询问一下：1如果用gromacs做普通有机体系的采样（由于体系较大所以用动力学采样），您在帖子里给的mdp文件里需要修改什么吗。2我有一个体系已知溶剂水分子通过形成氢键参与反应，但不太清楚具体反应机理，试了几种摆放方法都无法解释现象，我想摆放2个或3个水分子在反应位点旁边，然后跑动力学采样，请问这样做可行吗？会不会出现水分子跑到别的地方去这样的情况。

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