使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

wzkchem5

lanthanum 发表于 2023-2-1 14:22
谢谢社长解答，接上述389楼的问题，关于isostat的运行机制我还有些疑问。
在2.4节写道“isostat会循环输 ...

可以这样考虑这个问题：如果几何优化的收敛限无限严格，那么isostat应该按簇的大小为0来分簇，也就是当且仅当两个构象严格一致时，认为它们代表同一构象；两个构象只要有差别，无论多么小，都认为是两个不同的构象。此时就不会有你的问题了。
如果把你的A、B、C三个构象完全优化到收敛，那么有如下几种情况：
（1）三个构象都收敛成严格一致的结构，此时三个构象应当认为是同一个构象；
（2）A和B收敛到同一个构象，C收敛到另一个构象。此时应当把A和B归为一簇，C归为另一簇；
（3）A和C收敛到同一个构象，B收敛到另一个构象。此时应当把A和C归为一簇，B归为另一簇；
（4）三个构象两两不同，此时应该分成3个簇。
而如果不优化到完全收敛，你没有办法知道是哪种情况。所以我个人的建议是，此时用户应当改用更严格的几何优化收敛标准和更严格的分簇标准，重新跑，isostat只负责在遇到这种情况时给个warning就行了。

lanthanum

wzkchem5 发表于 2023-2-1 21:55
可以这样考虑这个问题：如果几何优化的收敛限无限严格，那么isostat应该按簇的大小为0来分簇，也就是当且 ...

在390楼（附图1）中的三原子团簇，只是为了说明“原子间距数组之差绝对值的最大值”作为几何差异判据，有时候不可靠。
团簇不做优化（没有能量值），也应该能够仅仅靠几何差异单一判据进行聚类归簇。
稍微大一些的柔性有机分子（例如正三十烷，数万亿构象），且不说优化很困难，而优先按几何结构聚类相对容易；即使全都优化收敛后，构象之间能量差异也较小，这时候还是需要用一个更可靠的几何差异判据来进行构象归簇。
而且，这不仅是判据问题，还有归簇的算法问题（附图2），如果不排序，就必须和已归簇的全部元素求差（而不是仅与能量最低的元素求差），才能保证簇不会被错误的扩大，但这个计算量比排序大得多，所以我建议用（方案2C，优先按几何结构差异排序，最便捷）。

sobereva

lanthanum 发表于 2023-2-1 21:22
谢谢社长解答，接上述389楼的问题，关于isostat的运行机制我还有些疑问。
在2.4节写道“isostat会循环输 ...

B和C相同被判断为相同在实际中是不可能的，不同元素半径有明显差异，不可能恰好优化出来B和C相同的结构

muuu2333

lanthanum 发表于 2023-2-1 21:22
谢谢社长解答，接上述389楼的问题，关于isostat的运行机制我还有些疑问。
在2.4节写道“isostat会循环输 ...

牛的

GoldenBaby

Sob老师，请问能不能加入一个新功能，就是当振动分析判断有虚频后，继续根据后续的gjf文件计算进而消除虚频。

丛炜熹

感谢，超有用。

ccx597

sob老师，您好！我在windows系统上做molclus+MOPAC初步优化时，经常出现需要敲击回车键，MOPAC才导入traj.xyz文件的下一个geometry进行优化，即MOPAC在优化完上一个geometry后，有时候能自动开启下一个geometry优化，但更多时候是无法自动开启下一个geometry优化。我尝试了4台不同品牌和配置的pc电脑，都出现以上问题。请问这是哪里设置出现问题吗？谢谢！

sobereva

ccx597 发表于 2023-4-19 10:47
sob老师，您好！我在windows系统上做molclus+MOPAC初步优化时，经常出现需要敲击回车键，MOPAC才导入traj.x ...

截图说明在哪需要按回车

Freeman

社长您好。请问molclus可以限制所得构象的某个键长吗？

sobereva

Freeman 发表于 2023-8-7 14:11
社长您好。请问molclus可以限制所得构象的某个键长吗？

如果是指在优化过程中限制一个键的键长保持不变，settings.ini设置freeze把这两个原子位置冻结就行了，是等价的

如果是想以内坐标形式在Gaussian优化中冻结不止一个键，可以在template.gjf里加入opt=modredundant以及坐标末尾后的冻结设置。不过我没实测过兼容性，如果不行的话我再看看

MercuryLamp

卢老师，我在用1.10版本的Molclus时，设置settings.ini中ibkout= -1让其读取之前备份好文件中的数据时，出现了这样的一个报错

1.                          *** Configuration     1  ***
   
2. Current date: 2023-08-15   Time: 14:47:06
   
3. Loading geometry         1 from the inputted trajectory file
   
4. gau00001.out exists and ibkout=-1, so directly load data from it
   
5. Running: cp -fgau00001.out gau.out
   
6. cp: invalid option -- 'g'
   
7. Try 'cp --help' for more information.
   
8. forrtl: No such file or directory
   
9. forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /home/molclus/gau.out
   
10. Image              PC                Routine            Line        Source
    
11. molclus            000000000041D9BB  Unknown               Unknown  Unknown
    
12. molclus            00000000004381B0  Unknown               Unknown  Unknown
    
13. molclus            000000000040B59D  Unknown               Unknown  Unknown
    
14. molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
    
15. libc.so.6          0000152D0CE3FEB0  Unknown               Unknown  Unknown
    
16. libc.so.6          0000152D0CE3FF60  __libc_start_main     Unknown  Unknown
    
17. molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown

复制代码

我感觉问题应该出在 Running: cp -fgau00001.out gau.out，但这个好像没有源代码的话也修改不了，麻烦您有空帮忙看一下，谢谢老师。

sobereva

MercuryLamp 发表于 2023-8-14 14:51
卢老师，我在用1.10版本的Molclus时，设置settings.ini中ibkout= -1让其读取之前备份好文件中的数据时，出 ...

1.10后来重新更新过，不会有这个问题

MercuryLamp

sobereva 发表于 2023-8-15 03:29
1.10后来重新更新过，不会有这个问题

谢谢老师，更新后就没有这个问题了，但还有一个问题想要请教一下您。
如果我将settings.ini设置为：

1.   iprog= 1  // The computational code to invoke. 1: Gaussian, 2: MOPAC, 3: ORCA, 4: xtb, 5: Open Babel
   
2.   ngeom= 20  // Geometries in traj.xyz to be considered. 0: All, n: First n. You can also use e.g. 2,5-8,12-14 to customize range
   
3.   itask= 3  // Type of task. 0: Optimization, 1: Single point energy, 2: Frequency, 3: Optimization with frequency, -1: Composite method (only for Gaussian, e.g. CBS-QB3)
   
4.   ibkout= -1  // When backup output file. 0: Never, 1: All, 2: Successful tasks, 3: Failed tasks, -1: If backup file exists, directly loading  rather than calculating (only available for Gaussian and ORCA)
   

复制代码

而当前文件夹下存在gaussian的优化/频率计算文件gau00001.out和orca单点计算的文件orcaSP00001.out，此时执行./molclus并不会读取orcaSP00001.out中的能量，只会读取gau00001.out中的数据来计算自由能。
如果当前文件夹下还有template_SP.inp文件的话，则会根据template_SP.inp重新计算单点能。不知能不能让其跟正常计算时一样，读取orcaSP00001.out的单点能和gau00001.out的自由能校正来计算自由能呢？

sobereva

MercuryLamp 发表于 2023-8-15 12:28
谢谢老师，更新后就没有这个问题了，但还有一个问题想要请教一下您。
如果我将settings.ini设置为：

主页上更新了Molclus 1.11版：

2023-Aug-17：1.11版发布
• 改进了settings.ini里ibkout=-1时的处理：对于且当前目录下有template_SP.inp或template_SP.gjf而自动调用ORCA或Gaussian自动算单点时，如果发现当前目录下有以前备份好的相应文件（如orcaSP00002.out、gauSP00005.out），则Molclus会直接读里面的数据而不会重新计算。

MercuryLamp

sobereva 发表于 2023-8-17 18:52
主页上更新了Molclus 1.11版：

2023-Aug-17：1.11版发布

非常感谢老师