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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2023-9-26 23:53:12 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,使用VMD分析cluster.xyz多帧数据的时候,如何在结构下方显示当前帧的编号和RMSD参数呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-27 03:58:19 | 只看该作者 Only view this author
Donec 发表于 2023-9-26 23:53
请问老师,使用VMD分析cluster.xyz多帧数据的时候,如何在结构下方显示当前帧的编号和RMSD参数呢?

利用北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里提供的我写的这个VMD脚本


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发表于 Post on 2023-9-27 11:34:23 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师!!

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发表于 Post on 2023-11-18 21:21:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我想咨询下“3.6 高精度单点能计算”中,“删掉原先的traj.xyz,把上一节得到的cluster.xyz改名为traj.xyz”是否有笔误?好像上一节结构优化得到的结构文件是isomers.xyz
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-19 01:25:01 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2023-11-18 21:21
Sob老师好,我想咨询下“3.6 高精度单点能计算”中,“删掉原先的traj.xyz,把上一节得到的cluster.xyz改名 ...

isostat处理isomers.xyz后会得到cluster.xyz,我是指这个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-11-19 02:00:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-19 02:25
isostat处理isomers.xyz后会得到cluster.xyz,我是指这个

啊是我理解错了,感谢~
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发表于 Post on 2023-11-29 11:45:43 | 只看该作者 Only view this author
太感谢Sob老师了

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发表于 Post on 2024-3-10 21:17:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-10 21:21 编辑

sob老师好,我正在使用molclus调用MOPAC做几何优化,如图所示,运行了一段时间,一直没变化,isomers.xyz里面也是空白,这种情况是正在运行呢,还是MOPAC调用失败没进行下去呢?



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发表于 Post on 2024-3-10 21:43:50 | 只看该作者 Only view this author
ligninpyrolysis 发表于 2024-3-10 14:17
sob老师好,我正在使用molclus调用MOPAC做几何优化,如图所示,运行了一段时间,一直没变化,isomers.xyz里 ...

检查当前正在跑的进程,有没有MOPAC
检查有没有产生其他输出文件
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-11 07:45:10 | 只看该作者 Only view this author
ligninpyrolysis 发表于 2024-3-10 21:17
sob老师好,我正在使用molclus调用MOPAC做几何优化,如图所示,运行了一段时间,一直没变化,isomers.xyz里 ...

看临时产生的MOPAC的输出文件内容判断。也说不定碰到难收敛导致一直算不完
一般更推荐让molclus调用xtb,不仅本身更快,并行效率也高得多,而且xtb支持的GFN2-xTB比MOPAC支持的半经验方法整体可靠性还更好。
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发表于 Post on 2024-3-11 08:59:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-10 21:43
检查当前正在跑的进程,有没有MOPAC
检查有没有产生其他输出文件

感谢

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发表于 Post on 2024-3-11 09:06:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-11 10:42 编辑
sobereva 发表于 2024-3-11 07:45
看临时产生的MOPAC的输出文件内容判断。也说不定碰到难收敛导致一直算不完
一般更推荐让molclus调用xtb ...

好的老师,我再试一下。


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发表于 Post on 2024-3-22 15:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我正在使用molclus调用ORCA做单点能的计算,从昨晚十点多到现在一直是这个状态,这是还在计算吗还是已经算完了?

12.png (272.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-22 16:52:55 | 只看该作者 Only view this author
ligninpyrolysis 发表于 2024-3-22 15:15
sob老师您好,我正在使用molclus调用ORCA做单点能的计算,从昨晚十点多到现在一直是这个状态,这是还在计算 ...

显然没算完
看任务管理器便知
算到什么程度了自行看orca.out文件内容
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发表于 Post on 2024-3-22 17:11:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-22 16:52
显然没算完
看任务管理器便知
算到什么程度了自行看orca.out文件内容

明白了,感谢sob老师的回答

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