使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

ddddnight

chands 发表于 2022-9-2 20:17
"添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名）"

看到了看到了，谢谢老师！眼神不好！

ddddnight

chands 发表于 2022-9-2 20:17
"添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名）"

老师你好，刚才我用molclus算完之后，用isostat算的时候，输入完geometry threshold就闪退了，没有任何提示，用cmd查看的时候，就一直显示“ Cannot find the file, input again”

chands

ddddnight 发表于 2022-9-2 20:57
老师你好，刚才我用molclus算完之后，用isostat算的时候，输入完geometry threshold就闪退了，没有任何提 ...

文件夹"mix base"重命名为“mix_base”（不留空格）试试。

ddddnight

chands 发表于 2022-9-2 21:11
文件夹"mix base"重命名为“mix_base”（不留空格）试试。

不行，老师，还是一样

SherryLiu

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sobereva

SherryLiu 发表于 2022-9-3 04:28
**** 本内容被作者隐藏 ****

我已更新了Molclus官网上最新的1.9.9.9版修正了此bug

SherryLiu

sobereva 发表于 2022-9-10 14:38
我已更新了Molclus官网上最新的1.9.9.9版修正了此bug

感谢社长的辛勤工作！

linqiaosong

社长是否有支持cp2k的打算，比如用cp2k优化或者计算单点能

sobereva

linqiaosong 发表于 2022-11-4 01:10
社长是否有支持cp2k的打算，比如用cp2k优化或者计算单点能

CP2K算分子体系效率极低，没有支持的意义

wangyueda

卢老师，能不能给ibkchk增加一个选项，把结构优化时优化失败的和成功但是有虚频的chk文件都保留下来，这样方便对有虚频的结构用opt=rcfc接着优化

sobereva

wangyueda 发表于 2022-11-30 23:55
卢老师，能不能给ibkchk增加一个选项，把结构优化时优化失败的和成功但是有虚频的chk文件都保留下来，这样 ...

用opt=rcfc没什么意义，有虚频应该用calcfc

lanthanum

斗胆提两个请求，谢谢社长增加程序功能。
（1）在isostat添加一个-atom [元素名[,原子序号]]功能选项，用以指定计算几何偏差的原子。如果不写-atom选项，默认计算全部原子。
例如isostat -atom C,N,O,1-5,10,13 -Edis 0.5 -Gdis 0.2命令，将当前目录下的isomers.xyz作为输入文件，往cluster.xyz里导出簇，
使用0.5 kcal/mol和0.2埃分别作为归簇的能量和几何偏差判据，几何偏差计算时只计算C,N,O元素以及1-5,10,13号原子。
（2）在molclus参数文件settings.ini已有的参数ibkout中添加一个功能（-1值），表示跳过计算过程，仅将已有的计算输出文件重新生成isomers.xyz。
例如当iprog=1，ngeom=5，ibkout=-1时，将当前目录目录下的gau00001.out至gau00005.out文件，提取其中结构与能量，生成isomers.xyz。

另外，还有两个疑问，恳请社长解答。
（1）2.4节写道“两个isomer的结构差异在isostat中是这样算：根据isomer的原子坐标计算距离矩阵，将其非对角元转化为一维数组形式，并从小到大进行排序，这称为原子间距数组。两个isomer间的结构差异用二者的距离间距数组的差值数组的绝对值的最大值来衡量”，这个值听起来不是RMSD，请问这个值与RMSD有没有换算关系，或者可比性？
（2）2.4节还有“这个簇与与它结构最相近的另一个簇的原子间距偏差最大值(DGmin)”，请问这个DGmin是什么？
在3.4节写道“DGmin是当前构型与与它构型最相近的构型的几何偏差”，仍然没看懂这个DGmin是什么，如果是簇间的偏差，那11个簇应该仅有10个偏差值，实际却输出了11个偏差值？

sobereva

lanthanum 发表于 2023-1-30 18:14
斗胆提两个请求，谢谢社长增加程序功能。
（1）在isostat添加一个-atom [元素名[,原子序号]]功能选项，用 ...

跟RMSD无关，也没有可比性

就是字面意思。每个簇都有一个衡量和其它簇最小偏差的DGmin，有11个簇，自然输出11个DGmin。

lanthanum

sobereva 发表于 2023-1-30 23:53
跟RMSD无关，也没有可比性

就是字面意思。每个簇都有一个衡量和其它簇最小偏差的DGmin，有11个簇，自 ...

谢谢社长解答，继续请教一下，
（1）我看到有些软件用RMSD作为归簇的判据之一。您这个“结构差异用二者的距离间距数组的差值数组的绝对值的最大值来衡量”的归簇效果，与RMSD作判据的归簇效果，相近吗？
（2）假设有三个簇A，B，C，各有两个isomer，A1,A2,B1,B2,C1,C2，其中A1,B1,C1是各簇中挑出来的能量较低者，每个isomer含有10个原子，其原子间距数组有45个元素。
假设有两种计算（n=1 to 45），第一种，DGmin(A)=MIN(MAX(|A1(n)-B1(n)|),MAX(|A1(n)-C1(n)|))，即只计算各簇中能量较低者。
第二种，DGmin(A)=MIN(MAX(|A1(n)-B1(n)|),MAX(|A1(n)-B2(n)|),MAX(|A1(n)-C1(n)|),MAX(|A1(n)-C2(n)|),MAX(|A2(n)-B1(n)|),MAX(|A2(n)-B2(n)|),MAX(|A2(n)-C1(n)|),MAX(|A2(n)-C2(n)|))，
即计算除本簇以外的其他全部isomers。请问是哪一种计算呢？

lanthanum

sobereva 发表于 2023-1-30 23:53
跟RMSD无关，也没有可比性

就是字面意思。每个簇都有一个衡量和其它簇最小偏差的DGmin，有11个簇，自 ...

谢谢社长解答，接上述389楼的问题，关于isostat的运行机制我还有些疑问。
在2.4节写道“isostat会循环输入的.xyz里的每个isomer。对于输入文件里第一个isomer，或者当前isomer和之前已有的所有簇都不相似，那么这个isomer将被作为一个新的簇，此簇的能量、结构也等同于这个isomer。
若当前isomer与之前某个簇相似（能量和结构差异都同时小于自设的阈值），那么这个isomer就被认为归入了这个簇，因此这个簇的容量会+1；
如果与此同时这个isomer的能量比这个簇的能量更低，那么这个isomer将被作为这个簇的代表，即使用这个isomer的能量和结构作为这个簇的能量和结构。”
对这个原理有两个疑问，
（1）如（附图1）所示的三个isomer，其中B和C的“原子间距数组”之差等于零，忽略能量（能量差较小）时将被归到一个簇，但显然两者几何结构差异是巨大的，只用单一判据时也不该归到同一个簇里。
（2）假设已有两个簇A和B，现在新来一个isomer，对A和B都满足阈值要求，那么归到哪个簇？
假设已有一个簇A，含有两个isomer(A1和A2)，A1为能量较低者，现在新来一个isomer，对A1满足阈值要求，对A2不满足阈值要求，那么是否归到A簇？
如果归到A簇，就造成A簇内的偏差越来越大，有可能与其它簇有交叉覆盖（如附图2所示），如果isomer很多并且间距比较均匀，甚至有可能最后全部归成一个簇，而簇内的偏差早就超过阈值了。
为了避免问题（1），有两个解决方案：
（1A）几何结构差异，采用两个isomer之间的RMSD作为判据，缺点是计算量大，并且参照物不同，RMSD也不同。
（1B）几何结构差异，采用两个isomer的“质权的原子距离矩阵元之和”之差作为判据，优点是“质权的原子距离矩阵元之和”是一个分子固有的值（不是数组，不需参照物，方便排序，见方案2C），缺点是不能区分对映异构体。
为了避免问题（2），有三个解决方案：
（2B）把全部isomer先按能量排序（低到高，如果有相同者或没有设能量判据或能量判据过宽时，则按“质权的原子距离矩阵元之和”小到大排序），然后用能量为第一判据，几何差异为第二判据进行归簇。
（2C）把全部isomer先按“质权的原子距离矩阵元之和”排序（小到大，如果有相等者，剔除掉），新来的isomer几何差异总是大于原簇中包含的，然后用几何差异为第一判据，能量为第二判据进行归簇。
（2A）如果不排序，那么必须把新来的isomer和原有的全部簇元素求差（而不是仅与能量最低的那个簇元素求差，计算量大），满足双重阈值者入簇，若对于两个原有的簇都满足阈值，则归入几何差异较小的簇。
我更倾向于用方案2C。
谢谢社长不断改进程序功能。