使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-2 11:49:40

请问sob老师，如果要用两个基组来计算，template.gjf是不是应该改成类似这种格式的
# opt freq b3lyp/genecp em=gd3bj

Template file

0 1
[GEOMETRY]

Zr 0
SDD
****
C H O N P S 0
6-31G*
****

Zr 0
SDD

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-3 03:35:00

无敌菠萝派发表于 2022-6-2 11:49
请问sob老师，如果要用两个基组来计算，template.gjf是不是应该改成类似这种格式的
# opt freq b3lyp/gene ...

是

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-6-3 10:22:16

sobereva 发表于 2022-6-3 03:35
是

谢谢sob老师

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-3 11:27:44

Sober老师，您的这句话“gentor结合molclus：用于分子构象搜索。使用简便，但不支持环状区域构象搜索”中的“环状区域”指的是苯环吗？

snljty2 · 发表于 Post on 2022-6-3 11:39:17

ReviewReview 发表于 2022-6-3 11:27
Sober老师，您的这句话“gentor结合molclus：用于分子构象搜索。使用简便，但不支持环状区域构象搜索”中的 ...

显然是分子整体有个大环，比如环癸烷，你让一个C-C键一转，环两边的基团是相连的，没法固定一边转另一边。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-3 12:23:33

snljty2 发表于 2022-6-3 11:39
显然是分子整体有个大环，比如环癸烷，你让一个C-C键一转，环两边的基团是相连的，没法固定一边转另一边 ...

刚百度看下了环癸烷的分子结构，瞬间懂您意思了，看来我的聚苯乙烯是可以的，这下放心了，谢谢您～

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-4 06:05:58

ReviewReview 发表于 2022-6-3 11:27
Sober老师，您的这句话“gentor结合molclus：用于分子构象搜索。使用简便，但不支持环状区域构象搜索”中的 ...

我很反感同一个问题在好多个地方问

你发的PM

我如果两个地方都回答你，我还得复制粘贴一遍我的回复
如果我就在PM里回答你而帖子里没回答你，别人看了好像以为我对你的问题不理不睬似的

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-4 09:36:02

sobereva 发表于 2022-6-4 06:05
我很反感同一个问题在好多个地方问

你发的PM

哈哈不好意思啊老师，我在帖子里问了之后等了一段时间没有人回所以就又私信了下您，我就是太猴急了，以后注意哈，谢谢Sober老师～

Landyooo · 发表于 Post on 2022-8-18 21:47:59

本帖最后由 Landyooo 于 2022-8-18 21:50 编辑

请教老师一个问题，我使用molclus调用guassian在m062x/6-311+G**优化处理了一批分子，得到18个结构，使用isostat的功能计算得出的1号构像的boltzmann分布在74%。而后使用guassian对18个分子在m062x/def2tzvpp下做单点能计算，根据http://sobereva.com/165的方法，我的计算的自由能是tzvpp下的单点能（-618.355293）加上6-311下得到的Thermal correction to Gibbs Free Energy（为0.303432）之和，然后带入165的表格中计算boltzmann分布，得到3号构像的boltzmann分布是54%最高。这个时候分子最优的构像选择1号构像还是选择3号构像呢？(温度为298.15K)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-19 00:10:00

本帖最后由 wzkchem5 于 2022-8-18 17:12 编辑

Landyooo 发表于 2022-8-18 14:47
请教老师一个问题，我使用molclus调用guassian在m062x/6-311+G**优化处理了一批分子，得到18个结构，使用is ...

最好的做法是两个都选，分别做后续的计算，再把计算结果取Boltzmann平均。
如果出于客观条件限制，必须只挑一个算，那么应该换用更高的理论级别（比如双杂化泛函，能用DLPNO-CCSD(T)最好）来算单点，然后用这个单点能加上自由能校正，再判断。你现在用的m062x/def2tzvpp级别放在10年前可以，放在现在稍微有点低，完全可以换用更高的理论级别算单点能，多费的时间不比你opt freq费的时间多多少，但是误差可能可以小一半。

ddddnight · 发表于 Post on 2022-9-2 18:07:35

本帖最后由 ddddnight 于 2022-9-2 18:12 编辑

老师，我这种情况是怎么回事，明明写了opt

chands · 发表于 Post on 2022-9-2 19:08:43

ddddnight 发表于 2022-9-2 18:07
老师，我这种情况是怎么回事，明明写了opt

gaussian_path：调用Gaussian的命令，比如"/sob/g09/g09"、"D:\study\g16w\g16.exe"。在linux下如果Gaussian已正常安装了，可以只写诸如g09或g16。如果路径中有空格，路径两边必须加上双引号，后同
[注意：如果是Windows版Gaussian，gaussian_path必须指向诸如g09.exe而不能是g09w.exe，因为后者只是前者的一个图形界面而已。另外，运行前还必须进入“控制面板”-“高级系统设置”-“高级”-“环境变量”，添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名），如D:\study\g09w，否则Gaussian没法以命令行方式运行，也因此molclus将没法调用Gaussian。另外，不要用太老的G09版本，比如年代久远的G09 A.01、A.02版可能没法被molclus支持]

http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

snljty2 · 发表于 Post on 2022-9-2 20:11:19

ddddnight 发表于 2022-9-2 20:09
我就是这么做的呀

眼神不太好建议配眼镜，上面特意写了"不是xxx"

chands · 发表于 Post on 2022-9-2 20:17:24

ddddnight 发表于 2022-9-2 20:09
我就是这么做的呀

"添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名）"

ddddnight · 发表于 Post on 2022-9-2 20:21:43

snljty2 发表于 2022-9-2 20:11
眼神不太好建议配眼镜，上面特意写了"不是xxx"

哦哦哦，不好意思，眼神确实不好了，谢谢！十分感谢！我先把上面删掉哈哈

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