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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-3-29 01:00:24 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-3-28 10:25
谢谢老师,请问老师在用不同温度下的速率常数拟合阿伦尼乌斯方程时,应该用带隧道效应校正的速率常数,还 ...

如果已知隧道校正对反应速率常数贡献不可忽略,那么应该用带隧道校正的,因为带隧道校正的速率常数更接近实验速率常数。
如果已知隧道校正对反应速率常数贡献可以忽略,那么可以用不带隧道校正的,也不需要计算带隧道效应校正的速率常数。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-3-29 11:00:52 | 只看该作者 Only view this author
妙角不脆 发表于 2022-3-28 22:32
你再重新跑一下试试,应该是不知道出于啥原因断了。如果是windows版本的话很常见突然断了,然后重新跑一下 ...

好的,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-29 11:20:08 | 只看该作者 Only view this author
耳东宝99 发表于 2022-3-28 22:15
输入文件
%chk=DP.chk
%nproc=12

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-3-29 15:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-29 11:20
Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-3-29 16:08:32 | 只看该作者 Only view this author
【新手提问】请问单点能计算:M06-2X(D3)/6-311+G(2d,p),优化和频率计算:B3LYP-D3(BJ)/6-311G**两者在高斯计算中的关键词是什么呢?试了一下输入M062X/6-311+G(2d,p)是可以运行的,但是加上D3和BJ就会报错(M062XD3/6-311+G(2d,p)),在高斯手册里没有找到,也没找到相关的帖子,还有没有什么渠道可以查各种泛函和基组的关键词写法呀?现在都是通过别人帖子里附上的gif文件积累的,非常不系统。

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发表于 Post on 2022-3-29 16:43:48 | 只看该作者 Only view this author
dier 发表于 2022-3-29 09:08
【新手提问】请问单点能计算:M06-2X(D3)/6-311+G(2d,p),优化和频率计算:B3LYP-D3(BJ)/6-311G**两者在高 ...

参见http://sobereva.com/210
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-29 17:03:22 | 只看该作者 Only view this author

电离能计算

如何从输出文件中获取中性分子能量和一价阳离子能量?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-29 17:21:38 | 只看该作者 Only view this author
王若曦 发表于 2022-3-29 17:03
如何从输出文件中获取中性分子能量和一价阳离子能量?

谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-3-29 20:51:32 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬们
我的体系里有过渡金属 所以添加了赝式基组 但是在高斯里一运行就立马报错 想问问各位大佬们我哪里写错了

输入文件如图 谢谢老师们

202203292050402123..png (17.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202203292050402123..png

202203292050309654..png (19.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202203292050309654..png

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发表于 Post on 2022-3-29 20:52:08 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬们
我的体系里有过渡金属 所以添加了赝式基组 但是在高斯里一运行就立马报错 想问问各位大佬们我哪里写错了

输入文件如图 谢谢老师们

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发表于 Post on 2022-3-29 20:54:25 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬们
我的体系里有过渡金属 所以添加了赝式基组 但是在高斯里一运行就立马报错 想问问各位大佬们我哪里写错了
输入文件如图 谢谢老师们

202203292054194754..png (17.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

202203292054194754..png

202203292054124074..png (19.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202203292054124074..png

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发表于 Post on 2022-3-30 08:25:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-23 08:10

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400(http://bbs.keinsci.com/thread-77 ...

感谢老师,明白了

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发表于 Post on 2022-3-30 10:42:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-29 16:43
参见http://sobereva.com/210

谢谢老师,帖子很有帮助!我是Gaussian 09W的版本,打算用B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)方法进行优化和频率计算,在关键词后面加了em=GD3BJ,但是在计算的时候还是会报错,gif文件附上,可以麻烦老师看一下是有什么问题吗?
CF4-330.gjf (463 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2022-3-30 11:19:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下,I和II是用来对比的,用b3lyp/6-31+G*优化完之后,I的能量是-2076.062026a.u.,II的能量为-2076.059249a.u.,I<II,而用M06/ma-def2-TZVP算完单点后,I的单点能为-2075.512898a.u.,II的单点能为-2075.521846a.u.,I>II,而且大的还挺多,平常都是如果优化的能量大,单点算出来的能量也大,想问一下老师这个结果正常吗?

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发表于 Post on 2022-3-30 15:18:54 | 只看该作者 Only view this author
求教各位老师,第一次跑irc只跑了三个点是什么原因啊?加了maxstep的关键词也没有改变过渡态结果较大就只上传了输入文件

ts-Fecono-c-c2_b3lyp_irc.com

1.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

ts-Fecono-c-c2_b3lyp_irc.log

113.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

ts-Fecono-c-c2.com

1.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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