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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-3-24 16:16:34 | 只看该作者 Only view this author
【新人求助】在一篇论文中看到计算热力学数据用到了CBS-APNO/G3/G4//M06-2X/6-311G++(d,p)这个方法,查了组合方法相关的帖子,还是没搞明白这个方法的构成,在Gaussian中计算也总是无法运行。想问一下这个意思是使用M06-2X/6-311G++(d,p)方法进行优化和频率计算,然后使用CBS-APNO/G3/G4三种方法分别计算热力学数据吗?在gaussian中如何正确地输入关键词?

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发表于 Post on 2022-3-24 16:36:03 | 只看该作者 Only view this author
dier 发表于 2022-3-24 09:16
【新人求助】在一篇论文中看到计算热力学数据用到了CBS-APNO/G3/G4//M06-2X/6-311G++(d,p)这个方法,查了组 ...

贴文献原文上来。从你的描述看我觉得这个方法的写法有问题,因为CBS-APNO、G3、G4本身就自带了结构优化和频率计算,不需要用M06-2X/6-311++G(d,p)(注意加号要写在G前面,文献如果写在后面那是文献写错了)单独做结构优化和频率计算。如果文献的意思是用M06-2X/6-311++G(d,p)的opt freq代替CBS-APNO、G3、G4内置的opt freq方法,那文献应该用文字明确写明,而不能用 单点计算方法//结构优化计算方法 这种记号,因为文献写在//前面的方法本来就既包括了单点计算方法又包括了结构优化计算方法。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-3-24 23:08:28 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,帖子“基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格”中的第一幅TST公式的图中,P的下角标加个0是标准态的意思吗?可以用教科书的θ表示吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-25 08:30:18 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-3-24 23:08
请问老师,帖子“基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格”中的第一幅TST公式的图中,P的下角标加个0是 ...


没有统一写法
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-25 08:38:17 | 只看该作者 Only view this author
成都张雨绮 发表于 2022-3-24 15:04
我想做吸附计算,根据体系吸附前后做的opt frep计算后 ,他出现了Zero-point correction=                  ...

都不是,正经做计算的没人直接读这里的数据
该怎么算热力学量仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
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发表于 Post on 2022-3-25 13:27:18 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,学生理解TDDFT方程中的X矩阵矩阵元即单激发组态函数的组态系数,而Y矩阵矩阵元即去激发的组态系数,不知我的理解是否有误?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-25 15:44:27 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2022-3-25 13:27
请问各位老师,学生理解TDDFT方程中的X矩阵矩阵元即单激发组态函数的组态系数,而Y矩阵矩阵元即去激发的组 ...

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发表于 Post on 2022-3-25 18:21:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-25 08:38
都不是,正经做计算的没人直接读这里的数据
该怎么算热力学量仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地 ...

好滴好滴 谢谢

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发表于 Post on 2022-3-25 18:29:31 | 只看该作者 Only view this author

吸附能的计算

   图一使用高斯计算的用的B3LYP/6-31G(d)       ms用的castep 里的GGA-PBE


因为之前自学计算
先用了ms计算
后寻思高斯计算这种三重态的分子是不是方便些
结果如下
两者计算的共同点:在 氮空位的氮化碳表面的氧气键长都变的更长了
但是我感觉ms这个板块  原始氮化碳的相对能量是不是变化太大了   至今没找到原因  请大家指教

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发表于 Post on 2022-3-25 18:34:00 | 只看该作者 Only view this author
你是不是算CN-O2的时候用的超胞,但是算CN的时候用的单胞?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-25 18:41:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-25 18:34
你是不是算CN-O2的时候用的超胞,但是算CN的时候用的单胞?

我都是先取消了对称性 然后建立了2*2*1的超胞  在这个基础上去做的吸附 和 delete 1个N原子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-25 19:34:01 | 只看该作者 Only view this author
成都张雨绮 发表于 2022-3-25 18:29
图一使用高斯计算的用的B3LYP/6-31G(d)       ms用的castep 里的GGA-PBE

直接把计算用的模型贴出来,省得别人猜、自己缺乏知识又描述不清楚。计算细节全都充分交代清楚,仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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发表于 Post on 2022-3-25 19:55:38 | 只看该作者 Only view this author
成都张雨绮 发表于 2022-3-25 11:41
我都是先取消了对称性 然后建立了2*2*1的超胞  在这个基础上去做的吸附 和 delete 1个N原子

你可以看到你的CN-O2的能量基本上等于CN的能量乘以4再加上O2的能量,所以我怀疑你CN是用1*1*1算的,或者你可能做了2*2*1的计算但是读成了那个1*1*1计算的能量结果
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-25 21:40:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dier 于 2022-3-25 21:43 编辑
wzkchem5 发表于 2022-3-24 16:36
贴文献原文上来。从你的描述看我觉得这个方法的写法有问题,因为CBS-APNO、G3、G4本身就自带了结构优化和 ...
就是这两张图中提到的方法,麻烦老师帮忙看一下,文献DOI号:10.1021/acs.jpca.8b02912,尝试用他的方法来计算,一直没有搞明白,麻烦了老师!

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发表于 Post on 2022-3-25 21:49:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-24 16:36
贴文献原文上来。从你的描述看我觉得这个方法的写法有问题,因为CBS-APNO、G3、G4本身就自带了结构优化和 ...


老师就是这两张图片,来自同一篇论文,文献DOI: 10.1021/acs.jpca.8b02912,我打算借鉴其中的方法来做计算,但是一直没有搞明白。

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