简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-26 14:59:43

KCM@SHU 发表于 2022-8-26 14:57
谢谢老师，方法我都试了一遍，最后加大计算步长解决了，还有老师，我想问一下结构优化的时候如果我想加多 ...

gdiis和cartesian本身就不兼容
此文里说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

注意，使用GDIIS时即便写了cartesian，Gaussian依然会在默认的冗余内坐标下优化。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-26 16:26:17

我想请问一下各位老师gaussian默认计算的坐标和笛卡尔坐标有什么区别吗？我在结构优化的时候发现笛卡尔坐标算结构优化的时间会比默认的坐标计算的时间断，这些相关的知识应该参考什么呢？

chands · 发表于 Post on 2022-8-26 17:58:25

KCM@SHU 发表于 2022-8-26 16:26
我想请问一下各位老师gaussian默认计算的坐标和笛卡尔坐标有什么区别吗？我在结构优化的时候发现笛卡尔坐标 ...

Gaussian默认用内坐标计算
http://bbs.keinsci.com/thread-876-1-1.html

通常内坐标比笛卡尔坐标快，你说的不是一般情况。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-26 18:14:12

sobereva 发表于 2022-8-26 14:59
gdiis和cartesian本身就不兼容
此文里说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

好的，谢谢老师，老师我现在在结构优化的时候遇到了问题，就是我在用低基组试错的时候发现，我加上隐式溶剂之后他又不收敛的，报错还是一样的报错，除了去掉隐式溶剂和修改收敛标准之外的方法都试过了不行，我想问一下老师，对于算钾离子和水配位的结构优化（钾与六个水显式配位）这种情况我是去掉隐式溶剂优化好还是修改收敛标准好呢？

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-26 18:20:13

chands 发表于 2022-8-26 17:58
Gaussian默认用内坐标计算
http://bbs.keinsci.com/thread-876-1-1.html

好的，谢谢老师，老师我还想问一下如果我想在笛卡尔坐标体系降低收敛标准这个输入文件该怎么写呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-26 18:31:54

KCM@SHU 发表于 2022-8-26 11:14
好的，谢谢老师，老师我现在在结构优化的时候遇到了问题，就是我在用低基组试错的时候发现，我加上隐式溶 ...

不要轻易用修改收敛标准的方法，因为把收敛标准改松以后的结果一般是不能用的，到头来还得用默认收敛标准续算才能得到可以发表的结果。
按http://sobereva.com/164的方法依次尝试。针对你的体系，比较可能有效果的方法有（1）如果你用的是SMD溶剂模型，试试改成PCM；（2）降低最大步长

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-8-26 19:33:02

在高斯计算的时候，设置%mem=1000mb,正常运行。可是加上核数=4，以后就报错了，这是咋回事，感谢各位老师。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-26 20:32:24

wzkchem5 发表于 2022-8-26 18:31
不要轻易用修改收敛标准的方法，因为把收敛标准改松以后的结果一般是不能用的，到头来还得用默认收敛标准 ...

老师我溶剂是用scrf关键词调用的应该是PCM吧我记得，老师我想问一下我加了隐式溶剂，那我还有没有必要加色散作用，我想在怀疑是不是因为加了色散作用的原因，之前我没加隐式溶剂和色散作用，基本都是可以收敛的，现在加了溶剂也加了色散作用感觉就收敛不了了，是不是加了色散作用，隐式溶剂里面的水分子与猜测结构的相互作用也会算进去导致他很难收敛呢？

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-26 20:54:31

请问各位老师我之前别的地方看到说我在gaussian view里面构建模型的时候两个原子之间我构建双键和单键对于最后提交计算的时候没有太大影响，我想问一下这个意思是不是gaussian在计算的时候都是会从原子之间的相互作用开始计算，不会根据你构建的键型不一样就用不同的算法是吗？那么构建模型的时候键长对结构优化计算有影响吗？我有时候结构优化之后本来不应该有成键的地方gaussian view 会显示成键这是不是说明我结构构建的模型有问题，应该把不该成键的这两个原子键长加大，再进行结构优化？

ionexchangeC · 发表于 Post on 2022-8-26 21:00:37

KCM@SHU 发表于 2022-8-26 20:54
请问各位老师我之前别的地方看到说我在gaussian view里面构建模型的时候两个原子之间我构建双键和单键对于 ...

分子力学计算会受到初始键连关系的影响，其他所有计算都不受影响。GaussView判断是否成键的阈值并不太合理，所以出现了异常的成键/断键/键类型错误不一定是计算有误，应当结合自己的化学常识等综合判断。

大魔法师 · 发表于 Post on 2022-8-26 21:22:50

本帖最后由大魔法师于 2022-8-26 21:26 编辑

我想问一下各位老师，我自己写程序在wannier基组下做hartree fock自洽计算的时候，对于一个量子点的hubbard模型，结果总是无法收敛，猜测可能是初态选取的问题。请问有什么介绍这wannier基组下hf计算相关的资料呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-26 21:33:41

奶啵啵发表于 2022-8-26 12:33
在高斯计算的时候，设置%mem=1000mb,正常运行。可是加上核数=4，以后就报错了，这是咋回事，感谢各位老师。 ...

贴详细报错信息出来。你这种情况可能的报错原因不唯一，必须看报错信息才能判断原因

大魔法师 · 发表于 Post on 2022-8-26 21:38:29

本帖最后由大魔法师于 2022-8-26 21:43 编辑

这是我的程序，我处理的是一个有限大小网格上的hubbard哈密顿量，同一点位不同自旋的排斥能量设置成1，程序前部分的是关于单粒子哈密顿量的构造，自洽计算在后部分。

hopping.dat (60.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

wannier_mean_field.py (4.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-26 21:45:47

KCM@SHU 发表于 2022-8-26 13:32
老师我溶剂是用scrf关键词调用的应该是PCM吧我记得，老师我想问一下我加了隐式溶剂，那我还有没有必要加 ...

色散是必须加的，因为色散校正只考虑了你画的原子（如果你没加显式溶剂，就是溶质原子；如果你加了显式溶剂，就是溶质原子和显式溶剂原子）彼此之间的色散，没有考虑你画的原子和隐式溶剂之间的色散，后者是隐式溶剂模型里的非极性项干的事情。所以不存在加了溶剂就不能加色散的说法

dingniu2 · 发表于 Post on 2022-8-26 22:02:16

请问sob老师，第一次使用这种高精度热力学复合方法CBS-APNO计算气相小分子CH4，有几个问题请教：
1. 输入文件命令行只写#p CBS-APNO就行了吗？包括几何优化了吗？还用加其它关键词吗？
2.输出文件
CBS-APNO (0 K)= -40.468946 CBS-APNO Energy= -40.466077
CBS-APNO Enthalpy= -40.465133 CBS-APNO Free Energy= -40.486246
这四个数分别是0K的电子能量（-40.468946），298.15K的电子能量（-40.466077），298.15K的焓（ -40.465133），298.15K的自由能（-40.486246），直接读这四个数就行了吗？
3.哪里能查到CBS-APNO这种组合方法具体运算过程是怎么组合的？
以前没用过组合方法，谢谢老师！

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