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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-24 12:24:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-24 08:55
不存在“一般都用了多久”的说法
不同体系不同问题的计算情况千差万别
顶多说一般情况下,一个任务可接 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-24 12:24:46 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-23 21:28
首先得说多大的体系,有什么原子。这个入门贴最后提到的博文建议看一看。
谈谈学量子化学如何正确地入门 ...

收到,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-24 13:50:20 | 只看该作者 Only view this author

【求助】势能面扫描后保存的过渡态初猜结构进行搜索得到的输出文件无法查看结果

各位老师好,如题所示,我进行了柔性扫描后得到如下曲线,我选择了最高点进行了过渡态初猜,得到的输出文件在GaussView6中能打开,却无法显示Result-Vibration,我打开输出文件也找不到报错的地方,想让老师们帮我看看是我柔性扫描就做得不对还是过渡态初猜的输入文件需要修改?

微信图片_20220824134645.jpg (102.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

微信图片_20220824134645.jpg

scan ts.zip

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发表于 Post on 2022-8-24 14:01:34 | 只看该作者 Only view this author
你过渡态的输入文件不加freq,输出文件里当然没有频率。把你找到的过渡态结构跑个freq任务就行

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发表于 Post on 2022-8-24 15:23:29 | 只看该作者 Only view this author
Strange 发表于 2022-8-24 14:01
你过渡态的输入文件不加freq,输出文件里当然没有频率。把你找到的过渡态结构跑个freq任务就行

哦哦哦好的老师,非常感谢!

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发表于 Post on 2022-8-24 15:41:00 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-24 05:21
各位老师我想问一下,我在算K离子和水配位的结构优化的时候,我用显式水配位六个个后再加隐式的水算结构优 ...

最后那是高斯输出的名人名言而已,只不过这条名人名言恰好有error这个词而已。一定要记住,不是所有有error这个词的输出都是报错,有的时候error是误差的意思,有的时候error是一条无关紧要的消息里的一个普通的词而已(就像你现在这个情况)。如果不确定,先划词翻译,翻译出来还是不懂再问。
键长的话,对于离子键取离子半径之和,对于共价单键取原子共价半径之和,对于多重键、或者离子性和共价性兼有的键,需要查阅文献类似体系确定。
连接键的问题参见http://sobereva.com/414
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-8-24 16:04:30 | 只看该作者 Only view this author

求orca5.0.3linux动态版安装包

各路大神有谁可以分享orca5.0.3linux动态版、手册吗?我不知道为什么打不开官网连接,,万分感谢




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发表于 Post on 2022-8-24 16:09:13 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,如图的kisthelp教程里提到对受阻转子的处理:受阻模式的频率值,后面跟上1个受阻能垒。之前在mess里是把扫描二面角得到的某个低频对应的一系列(10°,有36个势能)内转动势能输入作为受阻转子处理,那么在kisthelp里面的受阻能垒怎么计算呢,只有一个值吗?还是和mess同样的做法呢?麻烦老师们解惑,谢谢。

202208241602213337..png (47.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202208241602213337..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 16:13:44 | 只看该作者 Only view this author
halouhapily 发表于 2022-8-24 16:04
各路大神有谁可以分享orca5.0.3linux动态版、手册吗?我不知道为什么打不开官网连接,,万分感 ...

以科研工作者的姿势上网就能打开
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-8-24 16:19:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-24 15:41
最后那是高斯输出的名人名言而已,只不过这条名人名言恰好有error这个词而已。一定要记住,不是所有有err ...

好的,谢谢老师,我以为是错误提示,翻译了一下发现有点不对,以为是自己没理解过来就问问,那老师我的这个link9999就是属于结构优化不收敛是吗?老师我还想问一下最后chk文件和out文件的有什么区别吗?因为我发现我报错后我用gaussian view打开chk文件和out文件发现两个分子构型不一样,我看有的帖子里面说有时候报错了可以在报错的文件上加一些关键词继续跑,这个指的是chk文件还是out文件呢?

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发表于 Post on 2022-8-24 16:29:37 | 只看该作者 Only view this author
想请教在ORCA中加入关键词NBO后产生的.out文件中的NBO部分,生成的.47文件再用gennbo分析的有什么不一样?
不太理解nbo和gennbo的区别。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-24 17:29:46 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-24 16:29
想请教在ORCA中加入关键词NBO后产生的.out文件中的NBO部分,生成的.47文件再用gennbo分析的有什么不一样?
...




以后和波函数分析有关的简单问题去1L提到的http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html里问
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发表于 Post on 2022-8-24 20:09:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想请教一下我之前在这发帖说我在算k离子与水配位,结构优化出错,然后我今天看到我的输出文件里面的能量是下降然后基本就持平的,但是高斯报错报的是link9999,我记得好像这种报错大概率是不收敛是吗?出现了这种能量趋于稳定的现象还能说他是不收敛吗?还是可能存在一些其他问题呢?下面附上我的相关文件
%chk=C:\Users\sxs\Desktop\MCK\k\k_h20.chk
# opt freq pbe1pbe/gen scrf=(solvent=water) geom=connectivity

Title Card Required

1 1
K                  0.90717301    0.18987341    0.00000000
O                  1.54008441    1.45569618    0.00000000
H                  2.50008441    1.45569618    0.00000000
H                  1.21962982    2.36063201    0.00000000
O                  0.16129686   -1.10803051    0.23271563
H                 -0.44728397   -0.41412671    0.49677412
H                 -0.31991579   -1.79658513   -0.23196374
O                  2.22700282   -0.54577486   -0.25001721
H                  3.00311366    0.01202218   -0.15993707
H                  2.45627425   -1.33658536   -0.74362978
O                 -0.28600726    0.77469466    0.40833885
H                 -0.35616633    1.69465912    0.14311612
H                 -0.98415661    0.56737050    1.03380202
O                  1.45968445    0.05188979    1.44748623
H                  0.98168249   -0.09921212    2.26619396
H                  2.39415321   -0.11913913    1.58575132
O                  0.44075773    0.35464907   -1.46054240
H                  0.91007220   -0.23311854   -2.05709345
H                 -0.03387615    1.01579723   -1.96966498

1 2 1.0 11 1.0 17 1.0 8 1.0 5 1.0 14 1.0
2 3 1.0 4 1.0
3
4
5 6 1.0 7 1.0
6
7
8 9 1.0 10 1.0
9
10
11 12 1.0 13 1.0
12
13
14 15 1.0 16 1.0
15
16
17 18 1.0 19 1.0
18
19

K    0
S  6  1.00
  31478.746764      .39838653994E-02
  4726.8876066      .30501759762E-01
  1075.4345353      .15073752622
  303.39811023      .51912939801
  98.327112831      1.0366957005
  33.636222177      .76398963199
S  3  1.00
  65.639209962     -.28242617106
  7.3162592218      1.6914935860
  2.8902580135      1.2965331953
S  3  1.00
  4.5459748965     -.76343555273E-02
  .70404124062      .25635718960E-01
  .28266888959      .16606859208E-01
S  1  1.00
  .29058164020E-01  1.0000000000
S  1  1.00
  .12111638157E-01  1.0000000000
P  5  1.00
  361.22492154      .20906479823E-01
  84.670222166      .15043641740
  26.469088236      .55440061077
  9.2658077615      1.0409009991
  3.3423388293      .67825341194
P  3  1.00
  1.5100876104      .75248191146
  .56568375163      1.3708585031
  .20817008495      .66047633079
P  1  1.00
  .041737   1.000000
D  1  1.00
  0.353            1.0
D  1  1.00
  0.098            1.0
****
H O 0
6-31G*
****

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发表于 Post on 2022-8-24 21:51:59 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-24 13:09
各位老师我想请教一下我之前在这发帖说我在算k离子与水配位,结构优化出错,然后我今天看到我的输出文件里 ...

link9999可能的报错原因极其多。不要只看是哪个link报错的,必须从后往前看整个输出文件,找实际的报错信息。对照http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html判断实际报错原因。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-25 09:20:59 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-24 20:09
各位老师我想请教一下我之前在这发帖说我在算k离子与水配位,结构优化出错,然后我今天看到我的输出文件里 ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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