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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-25 15:23:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-8-25 15:26 编辑

“The combination of multiplicity 1 and  93 electrons is impossible."
写了,电荷数和自旋多重度不配。

关键词得全改一通
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词 http://sobereva.com/331

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://sobereva.com/272

谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-8-25 15:38:15 | 只看该作者 Only view this author
关键词是哪里来的?上次也有一个关键词一模一样的。
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发表于 Post on 2022-8-25 15:41:28 | 只看该作者 Only view this author
casea 发表于 2022-8-25 15:22
自旋多重度和电荷不匹配,你体系电荷设错了

改了一下可以了,谢谢您!!

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发表于 Post on 2022-8-25 15:43:06 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-25 15:23
“The combination of multiplicity 1 and  93 electrons is impossible."
写了,电荷数和自旋多重度不配 ...

不是很懂这个,这个gjf文件是直接用antechamber从mol2转化过来的,我仔细学习研究一下关键词,谢谢!!

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发表于 Post on 2022-8-25 17:04:45 | 只看该作者 Only view this author
您好。请问,我对一个分子优化晶体相(周围分子固定,中心优化)的情况下,使用b3ylp-d3bj-31G(d,P)基组,分子的发射偏离实验值比较大。于是我想用optDFTw去对晶体相里的中心分子调w参数,不知道是否和单分子的做法一样,我用单分子的方法去调晶体相里的单分子就跑到一半不行,我看帖子里只介绍了单分子的过程。第二点,我能否用单分子调的w去直接用来计算晶体相里面的分子的激发态~附件是晶体相调w参数的输入文件。

template.gjf

138.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

晶体相调w参数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-25 19:09:19 | 只看该作者 Only view this author
airxzy 发表于 2022-8-25 15:43
不是很懂这个,这个gjf文件是直接用antechamber从mol2转化过来的,我仔细学习研究一下关键词,谢谢!!

之前我就说过,这是瞎算
该怎么正确计算仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html

诸如此类初级问题不要单独发帖,在简单量化答疑专贴作为回帖问,免得拉低论坛平均讨论质量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-25 19:11:57 | 只看该作者 Only view this author
熊祖平 发表于 2022-8-25 17:04
您好。请问,我对一个分子优化晶体相(周围分子固定,中心优化)的情况下,使用b3ylp-d3bj-31G(d,P)基组, ...

分清楚理论方法和基组
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

当前的体系是对整个体系进行计算,而不是对中心分子进行计算,完全没意义
如果你在背景电荷环境下计算电子激发,w调控也在相同的背景电荷条件下进行
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发表于 Post on 2022-8-26 00:59:42 | 只看该作者 Only view this author

运行gaussian报错

各位老师,我在Dirac集群软件Xshell中使用gaussian,运行后出现错误,这样的错误是因为gaussian里面都没有def2-tzvp这个基组吗?该怎么解决呢?

a2.gjf

494 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

输入文件

a2.log

4.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

输出文件

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发表于 Post on 2022-8-26 01:08:05 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian输入文件里写def2TZVP,文献正式称谓def2-TZVP
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-8-26 09:15:15 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢!

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发表于 Post on 2022-8-26 14:00:39 | 只看该作者 Only view this author
是否有一些口碑较好的,专门收集“实验结果”而非“简单的2D to 3D算法转化”(例如CORINA)的小分子结构数据库呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 14:43:16 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-8-26 14:00
是否有一些口碑较好的,专门收集“实验结果”而非“简单的2D to 3D算法转化”(例如CORINA)的小分子结构数 ...

CSD晶体数据库

注意看此文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
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发表于 Post on 2022-8-26 14:57:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-25 09:20
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

谢谢老师,方法我都试了一遍,最后加大计算步长解决了,还有老师,我想问一下结构优化的时候如果我想加多个关键词怎么写输入文件呢?比如我想在笛卡尔坐标下用opt=gdiis这个该怎么写呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 14:59:43 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-26 14:57
谢谢老师,方法我都试了一遍,最后加大计算步长解决了,还有老师,我想问一下结构优化的时候如果我想加多 ...

gdiis和cartesian本身就不兼容
此文里说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

注意,使用GDIIS时即便写了cartesian,Gaussian依然会在默认的冗余内坐标下优化。


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发表于 Post on 2022-8-26 16:26:17 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下各位老师gaussian默认计算的坐标和笛卡尔坐标有什么区别吗?我在结构优化的时候发现笛卡尔坐标算结构优化的时间会比默认的坐标计算的时间断,这些相关的知识应该参考什么呢?

本版积分规则 Credits rule

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