简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

luckylife · 发表于 Post on 2022-8-23 11:32:32

老师们好，阅读文献时看到下面这张图，请问此图通过GaussView可以画出来吗？还是需要别的软件进行辅助？

chands · 发表于 Post on 2022-8-23 12:03:23

可以。GaussView可以在原子上标元素名，但是那个R(H-Ring)和中间的虚线要用图像处理软件弄一下。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-23 16:26:14

chands 发表于 2022-8-23 10:26
假如你用结合自由能衡量配位能力，是要算(Fe3+) + L = (Fe3+)L的结合自由能（我这里只算气相一个配体的情 ...

好的，谢谢老师，我准备先用低基组优化再用高基组算单点能，也就是说我算不同元素的时候基组不统一得出来的配位能之间是可以比较的吗？

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-23 16:28:55

sobereva 发表于 2022-8-23 10:44
不同元素不需要基组统一
def、def2对Fe都不是赝势基组。直接用def2全电子基组就完了，如果想节约时间考 ...

好的，谢谢老师，老师也就是说不同元素基组不统一算出来的配位结合能是可以比较的是吗?

chands · 发表于 Post on 2022-8-23 16:45:19

KCM@SHU 发表于 2022-8-23 16:26
好的，谢谢老师，我准备先用低基组优化再用高基组算单点能，也就是说我算不同元素的时候基组不统一得出来 ...

当然可以，否则混合基组就不能用了。不过注意算某个反应所有反应物和产物的级别要一致。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-23 17:34:20

KCM@SHU 发表于 2022-8-23 09:26
好的，谢谢老师，我准备先用低基组优化再用高基组算单点能，也就是说我算不同元素的时候基组不统一得出来 ...

可以，但大小最好不要差太多，举个极端的例子，比如一个元素用6-31G*，另一个用aug-cc-pVQZ，那估计不行。如果不确定差多少是多，那就统一把不同元素的基组都取得比较大，因为基组越大，结果对基组大小越不敏感。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-23 17:54:30

chands 发表于 2022-8-23 16:45
当然可以，否则混合基组就不能用了。不过注意算某个反应所有反应物和产物的级别要一致。

好的，谢谢老师

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-23 17:54:52

wzkchem5 发表于 2022-8-23 17:34
可以，但大小最好不要差太多，举个极端的例子，比如一个元素用6-31G*，另一个用aug-cc-pVQZ，那估计不行 ...

好的，谢谢老师

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2022-8-23 18:49:13

请问，我用6-311g**没有找到自旋极化单重态的稳定波函数，用def2-tzvpp能够找到，将这个找到的波函数读取用6-311g**去算程序报错，要怎么解决呀？

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-23 21:14:00

各位老师我想问一下做计算的时候计算机的那些配置参数会影响计算时间，和对应计算机配置条件下，各个泛函和基组的耗时大概是多少呢？感觉每次选择基组都没有概念不能选择最适合自己条件的计算方式？还想问一下大家在正式发文章的时候选用的泛函和基组进行结构优化和单点能的时候一般都用了多久呢？

chands · 发表于 Post on 2022-8-23 21:28:57

KCM@SHU 发表于 2022-8-23 21:14
各位老师我想问一下做计算的时候计算机的那些配置参数会影响计算时间，和对应计算机配置条件下，各个泛函和 ...

首先得说多大的体系，有什么原子。这个入门贴最后提到的博文建议看一看。
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397

yiwei · 发表于 Post on 2022-8-23 22:47:52

请问DM21泛函或者pySCF可以用gpu来计算吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-24 08:55:43

KCM@SHU 发表于 2022-8-23 21:14
各位老师我想问一下做计算的时候计算机的那些配置参数会影响计算时间，和对应计算机配置条件下，各个泛函和 ...

不存在“一般都用了多久”的说法
不同体系不同问题的计算情况千差万别
顶多说一般情况下，一个任务可接受的耗时撑死了也就两三天，还算不完的话应当考虑以其它方式计算或者用更好的计算条件

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-24 08:56:08

WOOOOWOOOO 发表于 2022-8-23 18:49
请问，我用6-311g**没有找到自旋极化单重态的稳定波函数，用def2-tzvpp能够找到，将这个找到的波函数读取用 ...

截图里没体现报错

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-8-24 12:21:42

各位老师我想问一下，我在算K离子和水配位的结构优化的时候，我用显式水配位六个个后再加隐式的水算结构优化，最后报错了，我想问一下我在用gaussian view画构图的时候k离子与水上氧配位成键的键长选择会不会对计算有影响，如果不知道大概键长一般怎么设置呢？还有我在计算的时候我把报错的文件的out文件发现k离子与周围的氧原子的连接键只有五个了，但是别人的文章里面说k离子与水配位式6配位，我用gaussian view 构建的时候也是在K离子周围连了6个水的氧，这是我构型构建问题吗？下面是我的输入文件和报错，我还想问一下报错里面那个ERROR IS A HARDY PLANT... IT FLOURISHETH IN EVERY SOIL.
         MARTIN FARQUHAR TUPPER是什么意思呢？麻烦老师们有空指导一下
%chk=C:\Users\sxs\Desktop\MCK\k\k_h20.chk
# opt freq pbe1pbe/gen scrf=(solvent=water) geom=connectivity

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