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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-20 21:44:47 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-20 13:35
感谢老师!!关于这个的最后一个问题是:
我有必要直接写上int=superfine来预防加了弥散后的可能的难以/ ...

个人觉得没必要。可以先挑一个最难收敛的体系不加int=superfine计算,如果收敛困难,就加上int=superfine,并且以后算其他分子都加;如果收敛没问题,就统一不加int=superfine
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-10-21 08:32:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 16:13
没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的 ...

不好意思老师,我昨天看错了,以为您让我单独发个帖子,谢谢您删除

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发表于 Post on 2022-10-21 08:36:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 16:13
没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的 ...

老师,我重新在原贴上传了计算的输入、输出文件、麻烦您看看。昨天看错了,以为您回复我最好单独发个帖子,不好意思。

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发表于 Post on 2022-10-21 08:54:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-21 08:56 编辑
sobereva 发表于 2022-10-20 16:13
没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的 ...

看了老师适合nosymm的情况:优化、扫描、对称破缺。我把优化时候的方法直接复制过来,没有删掉nosymm,我去掉nosymm之后结尾显示SCF不收敛。尝试了几个办法,其中您不支持的SCF=QC能显示正常的IRC。老师,请问加了SCF=QC的IRC可信吗?

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发表于 Post on 2022-10-21 14:17:25 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 01:54
看了老师适合nosymm的情况:优化、扫描、对称破缺。我把优化时候的方法直接复制过来,没有删掉nosymm,我 ...

只要SCF波函数是稳定的,就可信
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-21 15:32:01 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我计算了环丙烷H提取反应的IRC,并且取其反应物一侧曲线的端点结构进行结构优化,但是优化结束的结构出现了两个虚频。相应的输入输出文件在附件里(RC-H指的是端点结构优化的输入/输出文件),可以请老师们看看问题出在哪里吗?

202210211525141200..png (51.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

IRC

IRC

202210211530545105..png (57.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

反应前复合物RC

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appendix.zip

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发表于 Post on 2022-10-21 15:53:04 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 08:32
老师们好,我计算了环丙烷H提取反应的IRC,并且取其反应物一侧曲线的端点结构进行结构优化,但是优化结束的 ...

http://sobereva.com/278的方法消虚频,如果消不掉,说明是数值误差问题,把优化收敛限设严、格点加大后再试
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发表于 Post on 2022-10-21 19:41:31 | 只看该作者 Only view this author

结构优化,程序报错

老师们,晚上好,请教个问题,这是输入文件和输出的截图(文件太大,传不上来),第一次没有opt=maxcycle=291,结果程序报错,有l9999的错误,加了之后结果和正常的格式都不一样,请教一下,研一学生,可能问的问题比较白痴,老师们,多多包涵!

202210211936103115..png (93.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202210211936103115..png

WF2O-C2H2.gjf

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发表于 Post on 2022-10-21 19:45:15 | 只看该作者 Only view this author
你贴的输出文件部分不包含有效的报错信息。仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html,了解怎么找实际的报错信息在哪,然后按对应的方法解决,如果这篇文章的方法没法解决你的报错,再来问
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-21 19:48:37 | 只看该作者 Only view this author
向上检索  Optimization stop 得到opt stop原因
不如先去看李大博士整理的帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
能解决绝大多数问题了
而且使用MP2做构型优化有些自取其辱了,优化也没必要aug-cc-pVTZ级别
谈谈量子化学中基组的选择 http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 http://sobereva.com/60

计算化学公社有无数适合新手的帖子,好好看一下。

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发表于 Post on 2022-10-21 20:45:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-21 14:17
只要SCF波函数是稳定的,就可信

老师,怎么看IRC计算任务的波函数是否稳定呢?我用关键词 stable并且 guess=read读取IRC计算的.chk文件测试可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-21 20:48:25 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 20:45
老师,怎么看IRC计算任务的波函数是否稳定呢?我用关键词 stable并且 guess=read读取IRC计算的.chk文件测 ...

可以。注意这是对IRC最后一个点而言的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-10-21 20:49:20 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,环丙烷氢提取反应计算的IRC曲线反应物一侧端点结构优化后,进一步扫描图中的1-4-10键角之后,与文献结构仍有较大差异(B4-10:4.79556 vs 文献3.07308;A1-4-10:127 vx文献120);因为当前的键角127是我初步扫描曲线的最低点,所以如果想更接近文献结构,固定该键角扫描键长可以吗?或者老师们认为通过扫描获取较稳定结构的话怎么设置合理呢?谢谢

202210212047147819..png (52.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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发表于 Post on 2022-10-21 20:58:43 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 13:49
请教各位老师,环丙烷氢提取反应计算的IRC曲线反应物一侧端点结构优化后,进一步扫描图中的1-4-10键角之后 ...

B4-10比文献长得太多了,估计是因为和文献理论级别不统一,比如忘加色散校正了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2022-10-21 21:00:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-21 20:48
可以。注意这是对IRC最后一个点而言的

老师,再追问一下,①我用输出文件里最后一个SCF Done后的能量在IRC曲线上找,发现他是产物一侧的端点结构,那么我做的IRC对应的最后一个点就是产物一侧的结构。这样的话如果结果稳定,是不是也不能表示IRC计算的SCF波函数稳定呢?②如果在IRC计算的时候就输入关键词SCF=QC stable,这样是不是每一步的波函数稳定性都会判断?

本版积分规则 Credits rule

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