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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-13 19:56:36 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2022-10-13 19:41
锌配合物优化原子挤成一堆,不收敛。
初始结构直接采用晶体结构,中心金属二价锌离子,两个羧 ...

自旋多重度如何是3?配体有开壳吗?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

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发表于 Post on 2022-10-13 20:21:27 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-13 19:56
自旋多重度如何是3?配体有开壳吗?

是我考虑错了,羧酸配体电荷-1,配体应该也是闭壳的,Zn2+ d10构型,配合物应该是电中性、单重态。单重态同样遇到锌周围原子挤成一堆,不收敛。

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发表于 Post on 2022-10-13 20:28:35 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2022-10-13 20:21
是我考虑错了,羧酸配体电荷-1,配体应该也是闭壳的,Zn2+ d10构型,配合物应该是电中性、单重态。单重态 ...

方便贴出输入输出文件吗?
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发表于 Post on 2022-10-13 20:32:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 primashen 于 2022-10-13 20:37 编辑
chands 发表于 2022-10-13 20:28
方便贴出输入输出文件吗?
关键词行加 SCF(novaracc,noincfock)后出现,后又使用了笛卡尔坐标,还是不行

file:///C:/Users/asus/Desktop/QQ截图20221013203107.pngGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     2 -     1 -    25
Tors failed for dihedral    25 -     1 -     2 -     8
Tors failed for dihedral     2 -     1 -    25 -    26
Tors failed for dihedral     2 -     1 -    25 -    27
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g16/l103.exe at Sun Oct  9 10:28:18 2022.
Job cpu time:       0 days 18 hours 42 minutes 46.1 seconds.
Elapsed time:       0 days  1 hours 23 minutes  7.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     83 Int=      0 D2E=      0 Chk=     15 Scr=      1



QQ截图20221013203107.png (82.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

QQ截图20221013203107.png

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发表于 Post on 2022-10-13 21:49:34 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2022-10-13 13:32
关键词行加 SCF(novaracc,noincfock)后出现,后又使用了笛卡尔坐标,还是不行

GradGradGradGradGradGrad ...

FormBX had a problem表示程序用的还是内坐标,且因为三原子共线导致结构优化失败。原因是当用GDIIS时,即使指定笛卡尔坐标,程序也自动改用内坐标。解决方法是去掉GDIIS。
截图的问题是SCF不收敛,但是结合你贴出的结构,原子都挤在Zn附近判断,最可能的原因是你输入文件里赝势没指定对。仔细对照http://sobereva.com/60检查输入文件格式,包括空行的数量和位置都不能错
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-10-13 22:59:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-13 15:24
是否用分块方法和是否是周期性运算没有必然联系
关键在于作者是把一个无穷大的体系分成无穷多个块算的, ...

wzkchem5老师您好,刚看到您这篇回帖,目前看到两篇学位学位论文通过分块对分子晶体展开了讨论,都是将有限大的体系来进行分块,他们分别以单个晶胞、单个分子作为一个分块,文章中的相关描述见附图。我现在能计算不考虑分子间相互作用时分子的能量,对分块情况有了大致的了解,但是具体怎么将这些相互作用在Gaussian中如何进行操作还不是很明白,不知您是否有什么建议或者恳请您指点一下。第一篇:[1]罗鸿远. 基于计算机模拟技术的药物分子奥氮平多晶型研究[D].上海交通大学,2020.DOI:10.27307/d.cnki.gsjtu.2020.001154.



第二篇:[2]石曼. 基于分块量子化学方法的分子晶体NMR化学位移计算[D].华东师范大学,2021.DOI:10.27149/d.cnki.ghdsu.2021.000870.



谢谢wzkchem5老师。

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发表于 Post on 2022-10-14 02:28:06 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-13 15:59
wzkchem5老师您好,刚看到您这篇回帖,目前看到两篇学位学位论文通过分块对分子晶体展开了讨论,都是将有 ...

真空里的单体、二体能量你肯定会算,至于怎么加背景电荷,看http://sobereva.com/579
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-10-14 09:30:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-13 21:49
FormBX had a problem表示程序用的还是内坐标,且因为三原子共线导致结构优化失败。原因是当用GDIIS时, ...

谢谢老师,已经收敛,是赝势没有设置合适。

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发表于 Post on 2022-10-14 09:58:48 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我想计算RESP电荷,我可以在B3LYP/6-31G*下优化,之后再用B3LYP/6-311G**算单点来得到RESP电荷么?(因为我之前已经对我的结构用B3LYP/6-31G*优化过了,不是很想重新优化,但不知道最终得到的结构可靠么?)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 11:00:18 | 只看该作者 Only view this author
liang666 发表于 2022-10-14 09:58
请问老师,我想计算RESP电荷,我可以在B3LYP/6-31G*下优化,之后再用B3LYP/6-311G**算单点来得到RESP电荷么 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-14 11:19:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-14 02:28
真空里的单体、二体能量你肯定会算,至于怎么加背景电荷,看http://sobereva.com/579

谢谢wzkchem5老师 您分享的这篇帖子真的太详细了,我会认真学习的。

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发表于 Post on 2022-10-14 11:24:50 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2022-10-14 11:34:53 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,在扫描图片1里这个双自由基的二面角时候,遇到New curvilinear step not converged.Error imposing constraints报错,观察每一步的二面角度数变化,发现他并没有按照10°的增幅变化,例如第一/二个点度数由-58.78883变为-87.20056(图2),请问这是“步子扯得太大”的问题吗?谢谢老师

202210141134029883..png (60.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 12:19:08 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 11:34
请教各位老师,在扫描图片1里这个双自由基的二面角时候,遇到New curvilinear step not converged.Error im ...

为什么扫4-1-2-3,扫4-3-2-1多好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-14 12:47:22 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想请问一下,我怎么可以让Gaussian的输出文件里面显示电子占据轨道,并显示这个轨道是成键还是反键轨道呢?

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