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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-24 19:52:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-24 19:29
如果其他作用都不变,只有库伦吸引作用变强了,那分子确实会更稳定。问题是很难只改变库伦吸引作用而不改 ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-24 20:25:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-24 15:22
opt以后的结构是否仍然和原文献定性一致?
原文献的计算理论级别是什么?

老师,我在原贴附上了文献的计算方法,文献里指出IRC是在“B3LYP/6-31G(d)”水平计算的,那么优化应该就是该方法。老师您指的结构定性一致是什么意思呢?用文献结构单独freq计算是有虚频的。

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发表于 Post on 2022-10-24 21:42:00 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-24 13:25
老师,我在原贴附上了文献的计算方法,文献里指出IRC是在“B3LYP/6-31G(d)”水平计算的,那么优化应该就 ...

虚频多大?可能这个过渡态的能垒本来就是特别低的,理论级别稍微变一下就变成无垒反应了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-25 00:03:16 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2022-10-24 11:54
各位老师,我想在GaussView6里面显示一个分子的结构。为了不被遮挡,想选取一部分为Ball&Stick,  另一部分 ...

gview的Tools - Select layer里可以设置high、medium、low layer,gview可以对这三层分别设置不同显示方式。不过跟VMD的无限灵活性相比差得远
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-25 01:23:50 | 只看该作者 Only view this author
尛瞐尛 发表于 2022-10-24 18:23
我是才接触高斯,用的是并行超算,做的是二氧化硅团簇掺铋,想先做优化,之后算荧光光谱,做优化的报错信息 ...

明显是输入文件格式有严重问题
你没上传gjf文件,没法说
总是不要上传chk,对于别人完全没意义
另外,给内存绝对不要那么吝啬,尤其是freq对内存消耗很高,64核给区区16GB内存完全莫名其妙,注意看下文关于分配内存的部分
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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发表于 Post on 2022-10-25 09:21:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-25 01:23
明显是输入文件格式有严重问题
你没上传gjf文件,没法说
总是不要上传chk,对于别人完全没意义

好的,谢谢sober老师!

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发表于 Post on 2022-10-25 09:34:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 尛瞐尛 于 2022-10-25 10:01 编辑
sobereva 发表于 2022-10-25 01:23
明显是输入文件格式有严重问题
你没上传gjf文件,没法说
总是不要上传chk,对于别人完全没意义

sober老师,这是我的输入文件,能帮我看看吗?感激不尽!

Bi0.gjf

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slurm-3011228.out

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发表于 Post on 2022-10-25 10:14:25 | 只看该作者 Only view this author
尛瞐尛 发表于 2022-10-25 09:34
sober老师,这是我的输入文件,能帮我看看吗?感激不尽!

呀,你把Bi原子放进硅酸团簇了。Bi大概率不是以原子形成掺杂,你有文献/表征数据吗?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2022-10-25 10:28:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-25 00:03
gview的Tools - Select layer里可以设置high、medium、low layer,gview可以对这三层分别设置不同显示方 ...

好呢,谢谢老师指点!
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2022-10-25 10:30:47 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-25 10:14
呀,你把Bi原子放进硅酸团簇了。Bi大概率不是以原子形成掺杂,你有文献/表征数据吗?

有的,老师,这是我最近的一篇参考文献,他也是高斯做的

9.Bi~0掺杂石英光纤发光特性研究.caj

4.64 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2022-10-25 10:39:34 | 只看该作者 Only view this author
尛瞐尛 发表于 2022-10-25 09:34
sober老师,这是我的输入文件,能帮我看看吗?感激不尽!

感谢老师,我的错误找到了

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发表于 Post on 2022-10-25 14:02:00 | 只看该作者 Only view this author

opt freq的相关问题

请问下,如果我的一个反应分子用了opt=calcall,freq,那我的另外一个反应要用opt=calcall,freq吗?还是说用默认opt,freq的就可以了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-25 14:15:58 | 只看该作者 Only view this author
wurui 发表于 2022-10-25 14:02
请问下,如果我的一个反应分子用了opt=calcall,freq,那我的另外一个反应要用opt=calcall,freq吗?还是说 ...

不需要统一
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发表于 Post on 2022-10-25 14:36:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-10-25 14:40 编辑
尛瞐尛 发表于 2022-10-25 09:34
sober老师,这是我的输入文件,能帮我看看吗?感激不尽!

segmentation violation有很多原因。比如内存溢出,比如访问了不存在的分区,诸如此类。这个得慢慢查。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-10-25 15:04:54 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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