简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

white-album

wzkchem5 发表于 2022-10-22 18:14
苯环上的氢漏画了。画上氢原子，重新算

啊谢谢老师

函数与激情

卢老师我想请教下，对于一个两个NO2自由基形成N2O4的过程，如果使用CCSD(T)计算能量的话，是不是双自由基应采用UCCSD(T)，而N2O4采取RCCSD(T)计算能量呢？

wzkchem5

函数与激情 发表于 2022-10-22 16:50
卢老师我想请教下，对于一个两个NO2自由基形成N2O4的过程，如果使用CCSD(T)计算能量的话，是不是双自由基应 ...

对，不过自由基应该分开再算一下

sobereva

函数与激情 发表于 2022-10-22 23:50
卢老师我想请教下，对于一个两个NO2自由基形成N2O4的过程，如果使用CCSD(T)计算能量的话，是不是双自由基应 ...

我不晓得你说的过程是什么。如果是比如由远及近的扫描过程，可以所有点都用UCCSD(T)，当体系是闭壳层时结果自动回归到RCCSD(T)的情况

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-22 11:12
请问老师，对于图片里的①环丙烷氢提取反应 cC3H6 + O = cC3H5 + OH 的高压极限速率常数HPL如何计算呢？② ...

以G(cC3H6)+G(O)作为反应物的自由能，照常计算自由能垒，然后代入以下表格里作为双分子反应即可算出来
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html）

由于涉及氢转移，注意要考虑隧道效应

ZH123456

老师您好，我用gaussian view构建好了结构并且设置了片段,Linux系统下计算，采用片段组合波函数，之前2个C的尝试成功，现在想尝试8个C的，在寻找稳定波函数时报错122，请老师指点
这是我的输入文件
%chk=E-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p ub3lyp/6-31+g(d,p) nosymm scf=qc guess=fragment=2

E-SP256-R-Fe3+

2 6 0 2 0 5
C(Fragment=1)      000
C(Fragment=1)     000
C(Fragment=1)      000
C(Fragment=1)     000
C(Fragment=1)      000
C(Fragment=1)     000
C(Fragment=1)     000
C(Fragment=1)     000
S(Fragment=2)    000
O(Fragment=2)     000
O(Fragment=2)     000
O(Fragment=2)     000
F(Fragment=1)     000
F(Fragment=1)      000
F(Fragment=1)      000
F(Fragment=1)     000
F(Fragment=1)     000
F(Fragment=1)    000
F(Fragment=1)     000
F(Fragment=1)     -000
Fe(Fragment=2)   000


--Link1--
%chk=E-SP256-R.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p ub3lyp chkbasis guess=read geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm stable=opt scf=qc

报错文件如下：
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Sat Oct 22 22:36:55 2022, MaxMem=   536870912 cpu:        10.8
(Enter /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l122.exe)
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI=-1 IRwCP=  731 ICalc=  2 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     3854808
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     1655666
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 1 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     1655666
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc= -1 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=      556095
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     1655666
FinFrg:  NACore=    42 NAVal2=    89 NAVal1=     5 NBCore=    42 NBVal2=    89 NBVal1=     0
          NA=   136 NB=   131 NAE=   135 NBE=    130
Bad data into FinFrg.
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l122.exe at Sat Oct 22 22:36:55 2022.
Job cpu time:       0 days  1 hours 25 minutes 22.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    212 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1

谢谢老师

wzkchem5

电荷写错了吧，总电荷为什么不等于片段电荷之和？

ZH123456

wzkchem5 发表于 2022-10-23 18:40
电荷写错了吧，总电荷为什么不等于片段电荷之和？

谢谢老师，我真的太粗心了

wy标点人生

各位老师，我想在GaussView6里面显示一个分子的结构。为了不被遮挡，想选取一部分为Ball&Stick,  另一部分其他大的基团想选Wireframe，但是我发现不能这样选，只能整体改变。老师们有什么其他办法或者软件吗？

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2022-10-23 04:16
以G(cC3H6)+G(O)作为反应物的自由能，照常计算自由能垒，然后代入以下表格里作为双分子反应即可算出来
...

好的，谢谢老师

糖糖糖豆9988

请教一下老师们，利用文献提供的过渡态结构，①在um62x 6-311G**和文献的b3lyp 6-31G计算级别分别进行opt+freq计算。两种情况都没有虚频，请问这样该如何调整结构呢？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-24 07:49
请教一下老师们，利用文献提供的过渡态结构，①在um62x 6-311G**和文献的b3lyp 6-31G计算级别分别进行opt+f ...

opt以后的结构是否仍然和原文献定性一致？
原文献的计算理论级别是什么？

尛瞐尛

我是才接触高斯，用的是并行超算，做的是二氧化硅团簇掺铋，想先做优化，之后算荧光光谱，做优化的报错信息如图，以下是输入文件和输出文件,恳请各位老师指导一下！感激！

liang666

请问各位老师，对于普通有机体系，分子内库伦相互吸引作用越强，分子体系越稳定，这个说法对么？

wzkchem5

liang666 发表于 2022-10-24 11:56
请问各位老师，对于普通有机体系，分子内库伦相互吸引作用越强，分子体系越稳定，这个说法对么？

如果其他作用都不变，只有库伦吸引作用变强了，那分子确实会更稳定。问题是很难只改变库伦吸引作用而不改变其他作用，比如你要比较两个分子，你把其他的效应比如位阻、共轭、键级等等都分析一遍，很可能会发现这些因素的作用远大于库伦作用的影响。
这个就好比有人说，每天早上从吃煎饼改成吃馒头，更有利于在北京买房。理论上正确，但是其他因素对你存款的影响远大于早饭省的那几块钱，所以这个说法即便正确也是没用的。