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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-10-21 11:25:17 | 只看该作者 Only view this author
老师想请教您一下,问题是这样的,我想要A+B加成反应成键C-O中其他原子对其成键的参与程度。我首先对反应前驱体COMPLEX、过渡态以及产物做了NBO计算,6-311+g(d,p) um062x pop=nboread,末尾加了$NBO NAOMO $END然后分析了产物中C-O成键BD发生的轨道,然后利用Multiwfn计算了各个原子对这个轨道的参与程度。比如产物log文件中O-Calpha和Beta的成键(BD)均在第16号轨道"从 (Occupancy)   Bond orbital/ Coefficients/ Hybrids"读取的,然后就利用Multiwfn计算了一下各个原子在alpha和Beta的第16号轨道的组成占有情况(8.7)。我不知道我这个做对不对,我底子薄得很边学边弄,感觉有些概念还是有点浑。麻烦您指导一下。谢谢您了。

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发表于 Post on 2016-10-21 15:16:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-18 04:33
光说lxxxx出错没用,得看具体提示。
8成是几何优化出现震荡而难以收敛,做法看
量子化学计算中帮助几何 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-10-21 20:58:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-21 00:09
你没有正确理解变分原理。变分原理是基函数越完备能量越低。

您的意思是变分函数是指基组越精确能量越小吗?
能量的大小和泛函的精度没关系吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-22 02:48:18 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-10-21 20:58
您的意思是变分函数是指基组越精确能量越小吗?
能量的大小和泛函的精度没关系吗

基组越大越完备,对于满足变分原理的方法能量越低。
没关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-22 04:04:29 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-21 11:25
老师想请教您一下,问题是这样的,我想要A+B加成反应成键C-O中其他原子对其成键的参与程度。我首先对反应 ...


如果你考察的是NBO程序产生的BD当中各原子的贡献,这不需要Multiwfn,NBO的输出中直接就告诉你这是由哪两个原子组成的,以及各自贡献百分比是多少。
你考察MO当中各个原子的贡献的时候才需要那么写$NBO NAOMO $END,并放进Multiwfn里分析。
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发表于 Post on 2016-10-22 07:46:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-22 04:04
如果你考察的是NBO程序产生的BD当中各原子的贡献,这不需要Multiwfn,NBO的输出中直接就告诉你这是由哪 ...

谢谢老师,我把几个概念搞混了。我其实想知道其他原子的离域对这个键的影响。就利用NBO先看了生成物的成键轨道,再在reoder 处找到实际轨道号,再做了NAO,利用Multiwfn 计算了轨道组分。这样做对吗?谢谢老师了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-22 08:42:47 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-22 07:46
谢谢老师,我把几个概念搞混了。我其实想知道其他原子的离域对这个键的影响。就利用NBO先看了生成物的成 ...

考察离域的影响你就看NBO里的E2的输出
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发表于 Post on 2016-10-22 08:46:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-22 08:42
考察离域的影响你就看NBO里的E2的输出

好的,老师,这个我再看看。非常感谢您。

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发表于 Post on 2016-10-22 10:32:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我有一个有机分子比较大,柔性比较大,请问如何才能找到最稳定的构型。
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-22 13:26:53 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-10-22 10:32
sob老师,我有一个有机分子比较大,柔性比较大,请问如何才能找到最稳定的构型。
谢谢老师

用molclus等程序做构象搜索
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发表于 Post on 2016-10-23 00:45:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!
看了TST计算表格里关于反应路径简并度的批注,说是表格里的自由能,Q在计算时都不应考虑转动对称数,而应在反应路径简并度中体现,如果计算自由能和Q的时候已经考虑了转动对称数,也应写1。这里我是根据什么来判断高斯计算自由能时到底有没有考虑转动对称数呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-23 03:16:07 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-23 00:45
Sob老师,您好!
看了TST计算表格里关于反应路径简并度的批注,说是表格里的自由能,Q在计算时都不应考虑 ...

输出文件找这样的段落
Principal axes and moments of inertia in atomic units:
                           1         2         3
     Eigenvalues --     6.34470  46.19888  52.54357
           X            0.00000   0.00000   1.00000
           Y            0.00000   1.00000   0.00000
           Z            1.00000   0.00000   0.00000
This molecule is an asymmetric top.
Rotational symmetry number  2.
Rotational temperatures (Kelvin)     13.65137     1.87480     1.64842
Rotational constants (GHZ):         284.44879    39.06461    34.34752
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发表于 Post on 2016-10-23 21:47:51 | 只看该作者 Only view this author
请问在控制MCSCF的指令中

Iop(5/17=20000000) Do SA and prepare for SA-CPMCSCF
Iop(5/17=30000000) Do SA and prepare for Gradient of Energy difference
Iop(5/17=40000000) Do SA and prepare for SA Second Derivative Computation (terms involving 2nd order orbital rotation derivatives not included).

cpmcscf,能量差梯度,二阶导数算法相比较各适用于什么情况。

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发表于 Post on 2016-10-24 10:13:02 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我优化一个化合物,晶体结构配位方式和输入卡,优化后怎么跑?可否指点一下?

L1-V.gjf

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L1-V.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 12:18:31 | 只看该作者 Only view this author
vangogh 发表于 2016-10-24 10:13
Sob老师,我优化一个化合物,晶体结构配位方式和输入卡,优化后怎么跑?可否指点一下?

不都已经跑完了,正常结束了
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