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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-18 04:33:20 | 只看该作者 Only view this author
Dykily 发表于 2016-10-17 09:53
优化结构时,总是输出报错(l9999),把结果重新计算还是报错,请问该怎么解决?

光说lxxxx出错没用,得看具体提示。
8成是几何优化出现震荡而难以收敛,做法看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-18 04:34:34 | 只看该作者 Only view this author
april_91 发表于 2016-10-17 11:13
sob老师,请教您一个问题:
如果想计算O2和团簇相互作用形成的体系的总能量,但是由于O2是三线态,而那个 ...

可以单、三重态都优化看看谁最低,估计是前者
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-18 04:36:12 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-17 15:43
老师,请教您一下,我在做大气化学关于Criegee中间体的有关计算,最简单的是CH2OO这样子的结构,文献表明它 ...


U结合guess=mix不一定保证能得到开壳层单重态。stable测试的结论往往更可信
可以M06-2X/6-311G**时用stable测试一下是否闭壳层单重态稳定
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发表于 Post on 2016-10-18 07:30:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-18 04:36
U结合guess=mix不一定保证能得到开壳层单重态。stable测试的结论往往更可信
可以M06-2X/6-311G**时用s ...

嗯嗯,现在有点怀疑那文献说法是否准确,我试试看,非常感谢您。

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发表于 Post on 2016-10-18 10:30:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-18 04:34
可以单、三重态都优化看看谁最低,估计是前者

谢谢sob老师的回答。
单、三线态都进行了计算,三线态的能量更低一些,但是感觉把整体设为三线态不是很准确,因为和O2弱相互作用的团簇是单线态的,所以又尝试了一下将整个体系设置为两个Fragments,分别设置电荷和线态,输入文件如下:
3 3 3 1 0 3
O(Fragment=1)      0.81679500    0.43950800    0.84452500
H(Fragment=1)      1.72475700    0.24326000    0.49349000
O(Fragment=1)      0.09275700   -0.79908000   -1.48675800
H(Fragment=1)      0.39228900   -1.72496500   -1.55138200
O(Fragment=1)     -0.87163500   -1.71143800    0.91822400
H(Fragment=1)     -1.55493900   -2.40408400    0.84921500
O(Fragment=1)     -2.53663200   -0.44144300   -0.84662000
H(Fragment=1)     -3.42962200   -0.25195000   -0.50298200
O(Fragment=1)     -1.83450600    0.79978100    1.48393800
H(Fragment=1)     -2.11338700    1.73153300    1.55872500
O(Fragment=1)     -0.85085800    1.71613800   -0.91074900
H(Fragment=1)     -0.16183500    2.40290000   -0.83962800
H(Fragment=1)     -0.18944900   -2.03888200    1.53375300
H(Fragment=1)      0.40145200   -0.34088600   -2.29042700
H(Fragment=1)      0.92817700    0.89581100    1.69797800
H(Fragment=1)     -1.52793700    2.04910700   -1.52892300
H(Fragment=1)     -2.12479600    0.34715300    2.29781300
H(Fragment=1)     -2.64739700   -0.89796700   -1.70150800
Al(Fragment=1)    -0.84861000    0.00481900    0.00840400
O(Fragment=2)      4.50711400    0.08098000    0.12395300
O(Fragment=2)      3.34379200   -0.09365400   -0.14218600

这样计算得到的能量和整体设为三线态的能量基本相同
设为两个Fragments的计算方法正确吗?是不是这样计算结果更为准确?

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发表于 Post on 2016-10-18 14:19:03 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-10-17 15:43
老师,请教您一下,我在做大气化学关于Criegee中间体的有关计算,最简单的是CH2OO这样子的结构,文献表明它 ...

请问一下,单重态为什么还有可能是开壳层?

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发表于 Post on 2016-10-18 15:45:01 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2016-10-18 14:19
请问一下,单重态为什么还有可能是开壳层?

http://sobereva.com/82

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发表于 Post on 2016-10-18 19:40:07 | 只看该作者 Only view this author

谢谢,您知道这篇博文里在计算自旋极化单重态的混合HOMO与LUMO那一段,“对于ψα_HOMO,将ψ_HOMO和ψ_LUMO的系数加和后为(1.45097,-0.18947),”括号里的值是如何得到的吗?

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发表于 Post on 2016-10-18 21:31:51 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-11 14:55
我的,我再用老师说的方法试试。

第二个问题我的意思是:过渡态的虚频模式正确,但是跑irc的时候没跑 ...

Sob老师,我按照你的建议:1. 在B3LYP/6-31G*下结合PCM模型发现每个反应位点均可以找到过渡态,但是用其作为初猜,接着用M062X/6-31G*结合SMD找过渡态都出现氢原子跑回反应物上去,这是怎么回事?
2.后来老板让我在气相下找过渡态,然后在溶剂化模型下算单点就可以了。那么对于找过渡态时所用的反应物R1、R2 的结构,我是用气相下优化的R1、R2,还是应该用隐式溶剂模型下优化的R1、R2 的结构,然后在气相下找过渡态?

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发表于 Post on 2016-10-19 08:02:28 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-19 08:51:53 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-18 21:31
Sob老师,我按照你的建议:1. 在B3LYP/6-31G*下结合PCM模型发现每个反应位点均可以找到过渡态,但是用其 ...

M062X的时候把步长上限改小点,calcfc乃至calcall。也可以做柔性扫描看对应方向有无极大点。也不排除本身M062X此时就没过渡态的可能

找过渡态跟反应物有什么关系。死活非得用QST2的话,溶剂模型对结构影响很小,用哪种都一样
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发表于 Post on 2016-10-20 15:18:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好
第一次做IRC时,超过了最大步长,我加上了GS2, 出现了以下错误,是什么意思呢

QQ截图20161020141411.png (17.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

QQ截图20161020141411.png

QQ截图20161020141400.png (8.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

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发表于 Post on 2016-10-20 19:47:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,B3LYP==>M06-2X==>B2PLYP按照这个顺序精度越来越高,于是我分别用这三种方法计算了同一个结构的单点能(相同基组),但是得到的能量值得顺序却是E(B3LYP)<M062X<B2PLYP。按照变分原理不应该是精度越高的泛函得到的能量值越低吗?可以比较精度不同的DFT方法吗?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-21 00:08:38 | 只看该作者 Only view this author
shangfang 发表于 2016-10-20 15:18
老师,你好
第一次做IRC时,超过了最大步长,我加上了GS2, 出现了以下错误,是什么意思呢

甭用GS2,效率太低
“超过了最大步长”不知道你说的什么,直接贴报错提示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-21 00:09:25 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-10-20 19:47
sob老师,B3LYP==>M06-2X==>B2PLYP按照这个顺序精度越来越高,于是我分别用这三种方法计算了同一个结构的单 ...

你没有正确理解变分原理。变分原理是基函数越完备能量越低。
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