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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-10-24 13:50:08 | 只看该作者 Only view this author
输入是%mem=128mw
%nprocshared=4
%chk=m062x-47.chk
#  m062x/6-31g(d) td(nstates=5)  scrf=(solvent=water) opt
报错为 DiagDN has N=   741 LTot=  2255 but NE2=     3 cannot use DSYEVD.
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/programs/g09/l502.exe at Mon Oct 24 14:52:52 2016.
请问老师改怎么解决?

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发表于 Post on 2016-10-24 14:16:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-23 03:16
输出文件找这样的段落
Principal axes and moments of inertia in atomic units:
                    ...

嗯嗯,非常感谢老师的回复,我的输出文件里有这样的段落,那是不是就说明我计算自由能时已经考虑了转动对称数,不用公式σ=σ(R)*n(R)/ [σ(TS)*n(TS)]计算了,直接把反应路径简并度设为1就可以了?

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发表于 Post on 2016-10-24 14:23:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-24 12:18
不都已经跑完了,正常结束了

Sob老师,可能我的表达不到位,这个结果是跑完了,但是结果和晶体结构差比较多,晶体中,酰胺的氧有参与配位,和输入卡的结构类似,我怎么要固定酰胺氧的配位或者是固定某个二面角,怎么设置输入卡?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 15:36:04 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-24 14:16
嗯嗯,非常感谢老师的回复,我的输出文件里有这样的段落,那是不是就说明我计算自由能时已经考虑了转动对 ...

不光要看有这样的段落,还要确保确实数值是对的。只要你的体系高斯已经正确认出了点群,那肯定没错。
没判断错转动对称数的情形,反应路径简并度就设1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 15:36:23 | 只看该作者 Only view this author
Dykily 发表于 2016-10-24 13:50
输入是%mem=128mw
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%chk=m062x-47.chk

解决SCF不收敛问题的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 15:42:14 | 只看该作者 Only view this author
vangogh 发表于 2016-10-24 14:23
Sob老师,可能我的表达不到位,这个结果是跑完了,但是结果和晶体结构差比较多,晶体中,酰胺的氧有参与 ...


用晶体结构当初始结构,用B3LYP(推荐也尝试BP86),过渡金属用SDD,其它的用6-311G**,之后再去和实验对比。当前级别不佳

固定二面角就opt=modredundant,末尾空一行写比如2 4 6 12 F就代表优化过程中冻结2-4-6-12二面角。
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发表于 Post on 2016-10-24 16:56:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-24 15:36
不光要看有这样的段落,还要确保确实数值是对的。只要你的体系高斯已经正确认出了点群,那肯定没错。
没 ...

数值是错的,我需要自己算反应路径简并度。那自由能怎么办,高斯计算时已经考虑了转动对称数,只是它判断错了,那我还可以用该自由能来进行计算吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-25 07:11:17 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-10-24 16:56
数值是错的,我需要自己算反应路径简并度。那自由能怎么办,高斯计算时已经考虑了转动对称数,只是它判断 ...

你就基于配分函数来算就完了,自行修正判断错的转动对称数。
或者把结构在gview对称化后再做opt freq,高斯判断对了点群自然也就能给出正确的转动对称数
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发表于 Post on 2016-10-25 08:15:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-24 15:42
用晶体结构当初始结构,用B3LYP(推荐也尝试BP86),过渡金属用SDD,其它的用6-311G**,之后再去和实验 ...

多谢sobereva 老师的指点。我捣鼓下再联系您。

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发表于 Post on 2016-10-25 16:33:51 | 只看该作者 Only view this author
请问在控制MCSCF的指令中

Iop(5/17=20000000) Do SA and prepare for SA-CPMCSCF
Iop(5/17=30000000) Do SA and prepare for Gradient of Energy difference
Iop(5/17=40000000) Do SA and prepare for SA Second Derivative Computation (terms involving 2nd order orbital rotation derivatives not included).

cpmcscf,能量差梯度,二阶导数算法相比较各适用于什么情况。

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发表于 Post on 2016-10-25 20:47:23 | 只看该作者 Only view this author

请问老师 BP86-D3/def2-SVP 是什么方法和基组

BP86应该是加上DFT-D3校正了吧
def2-SVP又是什么基组
这个方法和基组的精度高么
谢谢

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发表于 Post on 2016-10-25 20:49:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2016-10-25 20:50 编辑

垂死挣扎级别:STO-3G  (极小基)
低保级别:3-21G  (最烂2-zeta基组)
可接受级别: def2-SV(P) ≈ 6-31G* < def2-SVP ≈ 6-31G** ≈ pcseg-1   (2-zeta基组)
不错级别:6-311G** <= def-TZVP (一般3-zeta基组)
理想级别: def2-TZVP < def2-TZVPP ≈ pcseg-2    (高档3-zeta基组)
高精度计算: def2-QZVP ≈ pcseg-3  (4-zeta基组)
另外,def2 系列能算的原子范围很广,从 H-La, Hf-Rn

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-26 04:04:40 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2016-10-25 20:47
BP86应该是加上DFT-D3校正了吧
def2-SVP又是什么基组
这个方法和基组的精度高么

BP86-D3就是BP86加DFT-D3校正
def2就是2367L说的

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发表于 Post on 2016-10-26 11:34:09 | 只看该作者 Only view this author
老师,对于静态相关比较强的体系,之前看您提到主张用一些纯泛函,比如M06-l计算比较合理,之前没太考虑静态相关,直接就用M06-2X/6-311g(d,p)做了优化计算,现在想依靠单点计算把这块补回来,老师有没有什么泛函比较推荐,我的体系原子数在18-27之间,主要碳氧氢为主。您有什么好建议么?之前查的别人用的CASSCF或者是CASPT2/aug-cc-pVTZ;还用过B3LYP, BH&HLYP, M05, and M06-2X,基组配的 aug-cc-pVTZ,我的体系比他们的大,算不动,谢谢老师了

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发表于 Post on 2016-10-26 12:24:14 | 只看该作者 Only view this author
上面问题描述有点问题,B3LYP, BH&HLYP, M05, and M06-2X,基组配的 aug-cc-pVTZ,做的结构优化,单点用的CCSD(T)/ aug-cc-pVTZ,MN15-L,M11-L, 和M06-L,基组用的MG3S(这个貌似guassian里面没有),谢谢老师

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