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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-26 11:28:37 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2017-10-25 15:40
老师,我还有另外一个问题。
当我算的体系里面有单电子存在时,是选择unrestricted还是restricted-open ...

用非限制性开壳层来算。除非有特殊目的,否则不要用RO。
自旋多重度大于1的体系高斯默认用非限制性开壳层形式计算
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发表于 Post on 2017-10-26 17:12:59 | 只看该作者 Only view this author
文献使用基组:The quasi-relativistic ECPs developed by Hay and Wadt were used forthe transition metals with a split valence basis set [441/2111/21] for W
[441/2111/21]表示SPD的收缩度分别为441211121
https://bse.pnl.gov/bse/portal网查到Hay-Wadt 的三种赝势基组,分别为Hay-WadtMB n+1)、Hay-Wadt VDZ n+1)和Hay/Wadt N-1),其中前两个完全相同,第三个只有赝势定义。其中Hay-Wadt VDZ n+1)的基组部分,如下
! Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP  EMSL  Basis Set Exchange Library   10/25/17 9:21 PM
! Elements                             References
! --------                             ----------
! K - Au: P. J. Hay and W. R. Wadt, J.Chem. Phys. 82, 299 (1985).
!        P. J. Hay (Private Communication).
****
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S   3   1.00
     2.1370000            -1.3916151        
     1.3470000             1.7510261        
     0.4366000             0.4694647        
S  4   1.00
     2.1370000             1.2985088        
     1.3470000            -1.8102429        
     0.4366000            -1.0844531        
     0.1883000             1.2580618        
S  1   1.00
     0.0518000             1.0000000        
P  3   1.00
     3.0050000            -0.2405563        
     1.2280000             0.7364092        
     0.4415000             0.4881487        
P  2   1.00
     0.4010000            -0.1497499        
     0.0900000             1.0707463        
P  1   1.00
     0.0280000              1.0000000        
D  2   1.00
     0.9519000             0.4985265        
     0.3270000             0.6111110        
D  1   1.00
     0.1054000             1.0000000        
****
原始文献中基组部分,如下图
问题:
1. 基组交换网上基组部分可以写为[341/321/21]
2. 基组交换网上基组部分和基组原始文献中对应部分为什么不一样?
3. 如何根据原始文献建构[441/2111/21]基组?
谢谢!

基组.png (53.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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发表于 Post on 2017-10-26 22:32:05 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我在气相中优化一个反应的产物优化成功了,但是用smd溶剂模型在溶剂中,这个产物每次都优化成了反应物,这种情况怎么解释呢?说明没有办法生成这个产物吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-26 22:39:02 | 只看该作者 Only view this author
thinkpower 发表于 2017-10-26 22:32
请问sob老师,我在气相中优化一个反应的产物优化成功了,但是用smd溶剂模型在溶剂中,这个产物每次都优化成 ...

气相和溶剂下的势能面形状有可能定性不同,你可以再试其它泛函,如果结论都一样,说明溶剂下就是这种情况。如果感兴趣,可以做键长扫描进一步分析势能面特征。

PS:上传较大文本文件时务必先压缩以降低下载耗时并节约论坛空间
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发表于 Post on 2017-10-27 21:13:28 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,做静电势填色图的色彩刻度值的单位是什么?
转移电子的单位是什么,为什么有的用a.u.,有的用e,这两个用哪个好些?

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发表于 Post on 2017-10-27 21:44:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想请问HOMO-LUMO gap 的问题:
我使用B3LYP/6-311G(d,p)的方法对于结构进行了优化,然后用了M062X/def2tzvp的方法对能量进行了校正。那我可以读M062X/def2tzvp方法下的HOMO-LUMO gap 么?可以读取没有进行优化的作业中的gap值么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-28 01:33:55 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-10-27 21:44
sob老师,我想请问HOMO-LUMO gap 的问题:
我使用B3LYP/6-311G(d,p)的方法对于结构进行了优化,然后用了M0 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-28 01:34:59 | 只看该作者 Only view this author
computational 发表于 2017-10-27 21:13
请问老师,做静电势填色图的色彩刻度值的单位是什么?
转移电子的单位是什么,为什么有的用a.u.,有的用e ...

单位取决于你用的程序,a.u.、eV、kcal/mol都挺常见的
电子转移量单位用a.u.和e都是一码事,a.u.是原子单位制,里面的电荷量单位就是e (elementary charge)
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发表于 Post on 2017-10-28 06:32:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-28 01:34
单位取决于你用的程序,a.u.、eV、kcal/mol都挺常见的
电子转移量单位用a.u.和e都是一码事,a.u.是原子 ...

谢谢老师,那么用gview画出来的静电势色彩刻度值的单位是哪个?

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发表于 Post on 2017-10-28 08:32:57 | 只看该作者 Only view this author

请问sob老师,pbe方法优化得到的gap值,与pbe优化所得到的结构用m06方法算单点得到的gap值,能够进行趋势的分析比较么?因为m06并没有进行优化,我不清楚这样的比较有没有意义。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-28 12:30:56 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-10-28 06:32
谢谢老师,那么用gview画出来的静电势色彩刻度值的单位是哪个?


a.u.
记住高斯及相关程序里,凡是没直接写单位的,基本都是a.u.
搞不清楚的话实际上和Multiwfn的定量分子表面分析功能输出的对照也可以立刻弄清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-28 12:34:16 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-10-28 08:32
请问sob老师,pbe方法优化得到的gap值,与pbe优化所得到的结构用m06方法算单点得到的gap值,能够进行趋势 ...

可以比
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发表于 Post on 2017-10-28 19:24:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-10-28 19:32 编辑

老师,我看了NBO结果的解释(图一),图二红色筐子里面的数字代表单键、双键。蓝色框里面的1代表一个单键,2代表另一个单键。绿色筐子里面的1、2呢?这个是孤对电子,说单双键,是不是不好理解?另外,second order perturbation theory是不是主要说的是分子内成键和反键轨道之间的相互作用(图三)?
实例是HC(=O)H的NBO结果。

1.jpg (89.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图二

图二

2.jpg (106.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

图一

图一

3.jpg (76.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2017-10-28 21:04:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问:
1.在使用homo-lumo gap讨论团簇是否稳定的时候,是用优化结构得到的gap好,还是在优化基础上算单点得到的gap好呢?
2.我算的团簇在pbe方法优化下得到的gap为1eV左右,对于这个结构在m062X方法下算单点,gap值是7eV左右,用哪个讨论更好,或者更接近真实情况呢?
3.这个团簇从我计算的gap值上来说,是稳定还是不稳定呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-28 21:16:46 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-10-28 19:24
老师,我看了NBO结果的解释(图一),图二红色筐子里面的数字代表单键、双键。蓝色框里面的1代表一个单键, ...

括号内的序号用于区分涉及相同中心的多个NBO
要不然诸如7和8号NBO都叫LP(O),符号上没法区分

E2分析是考察Lewis与非Lewis型NBO之间的作用,不是说非得是BD和BD*间的超共轭作用
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