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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-3 15:23:07 | 只看该作者 Only view this author
flumense 发表于 2017-10-31 09:52
可是我之前没写noeigen的时候,跑IRC结果报了l9999的错误:
Optimization stopped.
    -- Wrong numbe ...

你看手册就知道,noeigen是对于opt的,不是对于IRC的
做IRC用的几何结构必须是过渡态结构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-11-3 15:36:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-3 15:18
1 别用QST2就完了,总是费力不讨好,虽然方法看起来很好

2 任何结构下都有对应的波函数,只不过化学结 ...

知道了 多谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-3 16:51:38 | 只看该作者 Only view this author
无耻狡辩 发表于 2017-11-2 22:38
请问ADF中的积分精度如何选取,有什么对应说法吗?如计算NBO或frag.时,应该如何选取?

用默认就完了,NBO结果不会对这有多敏感。
想要更小的DFT数值误差就用比默认更高级别的格点,更多讨论看
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-3 17:30:55 | 只看该作者 Only view this author
zhanghuize 发表于 2017-11-2 11:47
大家好,我在基于S0找T1态时,算的的结果显示的不是T1,而是MC态,自旋密度大于1,请问有什么办法可以解决 ...

意义不明。
所谓的MC态是按特征来分的,S0、T1是按自旋多重度来分的。很多文献的用词很含糊
你设0 3,或0 1下用TD(triplet),得到的必然是T1态
如果T1势能面上某些区域属于你所说的T1态,修改初始结构后再去优化并判断特征。
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发表于 Post on 2017-11-3 19:00:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。请问,我用B3LYP/6-311+G*优化,用M062X/aug-cc-pVTZ算单点,如果想考虑M062X方法下的Gibbs自由能校正能,是用M062X得到的log文件中的HF能量加上B3LYP下log文件中的“Thermal correction to Gibbs Free Energy”吗?

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发表于 Post on 2017-11-3 21:22:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-3 16:51
用默认就完了,NBO结果不会对这有多敏感。
想要更小的DFT数值误差就用比默认更高级别的格点,更多讨论看 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-11-3 23:16:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ccccn345 于 2017-11-4 01:37 编辑

谢谢,那默认的小数点位数可以加关键词修改设置吗?应该如何设置?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-4 03:15:20 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2017-11-3 23:16
谢谢,那默认的小数点位数可以加关键词修改设置吗?应该如何设置?

意义不明。高斯输出的位数明显比这个多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-4 03:16:05 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-11-3 19:00
sob老师,你好。请问,我用B3LYP/6-311+G*优化,用M062X/aug-cc-pVTZ算单点,如果想考虑M062X方法下的Gibbs ...

两种泛函计算量都在一个数量级,不要用不同的泛函,否则必被刁难
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发表于 Post on 2017-11-4 10:39:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-3 15:23
你看手册就知道,noeigen是对于opt的,不是对于IRC的
做IRC用的几何结构必须是过渡态结构。

是不是说明我过渡态的结构还不够优化?
可是观察虚频的振动方向是已经连接反应物和产物了的。。。

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发表于 Post on 2017-11-4 13:52:39 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师 我想问下 ROHF(限制性开壳层波函数)怎么会存在,限制性轨道表明2电子占同一空间轨道,而开壳层表明一个空间轨道被一个电子占据,这不互相矛盾了嘛

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发表于 Post on 2017-11-4 15:58:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-4 03:16
两种泛函计算量都在一个数量级,不要用不同的泛函,否则必被刁难

非常感谢

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发表于 Post on 2017-11-5 17:21:54 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。我用PBE优化,得到的结构用MP2算单点时,出现502错误,我使用SCF=QC,Normal结束,请问,我得到的一定是基态能量吗?如果不是,需要怎么做呢?

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发表于 Post on 2017-11-5 18:18:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问在用大方法算单点的时候,读取小方法下优化结构的最后一部坐标和读chk文件有区别吗?或者哪个更好?

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发表于 Post on 2017-11-5 22:08:34 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教您一个问题
我在服务器上计算一个结构单点的时候出现了问题

输入文件为

%chk=hf.chk
%nproc=1
%mem=4gb
#p hf/6-31g(d,p) pop=naturalorbitals

Title Card Required

0 3
C                  1.19177602    1.28614599    0.00000000
H                  1.31302572    2.35415302    0.00000000
H                  2.09481978    0.69859047    0.00000000
C                  0.00000000    0.71694824    0.00000000
H                 -0.91125957    1.28903682    0.00000000
C                 -0.14627895   -0.75391980    0.00000000
O                 -1.19548964   -1.31495721    0.00000000
H                  0.79434879   -1.31716925    0.00000000

输出文件为

-bash: BASH_FUNC_module(): line 0: syntax error near unexpected token `)'
-bash: BASH_FUNC_module(): line 0: `BASH_FUNC_module() () {  eval `/usr/bin/modulecmd bash $*`'
-bash: error importing function definition for `BASH_FUNC_module'
vncserver: The HOME environment variable is not set.
No such service
No such service

但是我尝试了用b3lyp的DFT方法计算其他结构时一切正常

请问这是怎么回事?应该如何来处理呢?
谢谢老师

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