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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-10-23 21:10:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,先前的IRC跑完了,因为关键词没有加NoEigenTest所以报错停了。
但是对于已跑完的结果进行分析发现,IRC只跑了一边:过渡态到反应物的一边。。。以下是我IRC的关键词,请问这是什么原因,需要怎样修改?
#p irc=(calcfc,maxpoints=20,stepsize=10,LQA) b3lyp/6-31+g(d)
geom=connectivity

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-23 23:58:58 | 只看该作者 Only view this author
computational 发表于 2017-10-23 20:47
请问老师,当使用pbe-d3/6-311g(d,p)方法优化时,出现103错误,“Maximum of*** iterations exceeded in ...

上传压缩后的输出文件,光看这个难说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-24 00:00:00 | 只看该作者 Only view this author
computational 发表于 2017-10-23 18:33
谢谢sob老师,对于我算的过渡金属氧化物团簇和小分子的相互作用,它们之间很多情况为弱相互作用,也有个 ...

1 BJ阻尼的更好,但如果用BJ阻尼的做振动分析,要用G09 E.01及之后版本
2 ma-TZVP指的就是ma-def2-TZVP,Truhlar他们这么叫
3 加了弥散更好。如果直接用def2-TZVP,一定要做counterpoise校正
4 完全可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-24 00:00:27 | 只看该作者 Only view this author
flumense 发表于 2017-10-23 21:10
sob老师好,先前的IRC跑完了,因为关键词没有加NoEigenTest所以报错停了。
但是对于已跑完的结果进行分析 ...

Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-24 00:00:57 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-10-23 17:37
老师,multiwfn里面讨论CDA,计算片段轨道里面某一个轨道的贡献时,只显示图片里面407-700的非占据轨道,其 ...

看手册5.5节
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-24 00:01:35 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-10-23 17:31
谢谢sob老师!那是否可以理解成Cu-O表示的氧化铜是形成了类似双键的结构呢?

算个Mayer键级就清楚了

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发表于 Post on 2017-10-24 09:22:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-24 00:00
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

谢谢sob老师~

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发表于 Post on 2017-10-24 15:52:50 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用赝势SDD方法与基组,有的文献中只说SDD,有的文献提到MWB,是说这个SDD赝势可分为多种选择吗?那么不同的过渡金属SDD赝势具体用哪一个呢?我主要用gaussian 09和orca计算。

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发表于 Post on 2017-10-24 18:30:16 | 只看该作者 Only view this author
三价铝离子和水分子之间电子密度重叠图如下。
问题一:对电子密度重叠的cub文件进行全空间积分是不是得到铝水键上的电子布居数?
问题二:电子密度重叠图靠近铝,是不是可以说明在形成铝水体系时由水分子向铝离子转移电子?
问题三:电子密度重叠对应于SAPT能量分解中的静电成份?电子密度重叠越大,静电成份越大?

谢谢!


overlap.jpg (130.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2017-10-24 19:55:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,分子轨道里面的某一个轨道可以认为它是由哪个分子的原子之间的σ或者π键构成的吗?如下图所示,文中认为一个分子的HOMO是由dπ构成的,另一个分子结构的LUMO是由ar-CN的σ*和CN的π*构成。如何判断这个HOMO,LUMO的分子轨道是由这些σ*或者π*构成。是通过观察分子轨道的性质吗?如果这个分子轨道的利于程度比较高怎么办?定域化?

1.jpg (51.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1.jpg

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发表于 Post on 2017-10-24 21:57:23 | 只看该作者 Only view this author

求大神指点! 用B3LYP-D3方法优化结构时输入文件得命令应该怎么写????谢谢。

%NProcShared=10
Will use up to   10 processors via shared memory.
%mem=12GB
----------------------------------------------------------------------
#p opt=cartesian freq B3LYP/genecp EmpiricalDispersion=GD3 optcyc=400
scfcyc=400
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
LYP/genecp EmpiricalDispersion=GD3 optcy
                               '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr=   54
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g09b01/g09/l1.exe at Tue Oct 24 19:52:45 2017.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1






















这是我提交的文件后输出的文件,可是不知道该怎么改正,跪求大神指点。



3A.log

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发表于 Post on 2017-10-24 22:07:11 | 只看该作者 Only view this author
#P B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
看这里http://sobereva.com/210
流年似水,浮生如梦。

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发表于 Post on 2017-10-25 01:49:46 | 只看该作者 Only view this author
输入没错,但Empiricaldispersion在Gaussian 09 D.01之后才能用,你的版本不能用。

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发表于 Post on 2017-10-25 08:35:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,理解电子结构的时候老是停留在以前老师讲过的一些概念,但是这些概念理解现在的专业问题时好像都有问题。比如,σ键是由原子轨道头碰头作用,π键是由肩并肩作用。认为原子轨道的p轨道与其他轨道作用时,要么不杂化,要么杂化,杂化就考虑sp,sp2等等。这样是不是不对?

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发表于 Post on 2017-10-25 08:48:13 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-10-25 01:49
输入没错,但Empiricaldispersion在Gaussian 09 D.01之后才能用,你的版本不能用。

谢谢。
那麻烦再问一下是必须得输Empiricaldispersion这个命令才是对的吗。
有没有别的法子可以在gaussian09 上算B3LYP-D3。

本版积分规则 Credits rule

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