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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-11-9 20:14:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-9 15:51
HF没有自然轨道的概念,或者说其自然轨道就是HF轨道,去掉那个关键词

谢谢老师
其实我只是想计算casscf,但是计算前需要用hf得到轨道能级排序
直接写hf/basisset就可以吗?不需要加其他关键词吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2017-11-9 21:50:07 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我有个问题想请教一下,就是我用PBE/aug-cc-pvdz算硫酸单体和硫酸二聚体,算出来ΔG是-3.0,我是用硫酸二聚体的G减去单个硫酸G的2倍算的,加了D3校正之后是-5.7,用PBE/6-311++G(3df,3pd)算出来是-4.5,师姐们用M062X/6-311++G(3df,3pd)算出来的是-8.4,看文献里给的都是-8左右,请问老师们这可能是怎么回事呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-9 22:06:08 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-11-8 22:57
sob老师好。想请教您一下怎么把理论计算的结果与真实反应条件关联起来。
一.例如我如果通过理论计算找出了 ...

这得结合基本化学知识。理论计算通常是把问题、模型、条件化简到最容易计算模拟的情况,现实情况和模拟用的模型/条件越接近,计算结论和实际相符的可能性越大。而诸如浓度这种统计问题,本身是在量化里没法考虑的(量化研究的相当于微观瞬间过程)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-9 22:07:45 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-11-9 20:14
谢谢老师
其实我只是想计算casscf,但是计算前需要用hf得到轨道能级排序
直接写hf/basisset就可以吗? ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-9 22:09:47 | 只看该作者 Only view this author
圣人惠 发表于 2017-11-9 21:50
各位老师,我有个问题想请教一下,就是我用PBE/aug-cc-pvdz算硫酸单体和硫酸二聚体,算出来ΔG是-3.0,我是 ...


aug-cc-pvdz基组太烂,这么小体系至少得3-zeta
PBE-D3拼不过M06-2X
别学你师姐,6-311++G(3df,3pd)太恶心
直接用M062X/ma-TZVP结合counterpoise(用aug-cc-pVTZ更理想),算出来多少就是多少。要更好的结果可以双杂化泛函或者CCSD(T)
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发表于 Post on 2017-11-9 23:03:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,计算casscf时,常用到guess=alter来互换轨道,将感兴趣的轨道提到前线放入cas中,那么请问互换之后,能级发生改变了吗?分子还处于基态吗?

另外,书里面是从sto-3g算起,然后再用6-31G,请问这是为了收敛吧?一般都是这么做的吗?感觉好麻烦

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-11-10 09:49:01 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,之前提的问题您可能没有看到,在此冒昧的再发一遍:
1.石墨烯及C3N4体系掺杂或改性的计算类文献中,往往是直接将杂原子替换进去。但是譬如将N原子替入石墨烯,应该会造成周围C原子的不饱和(类似的还有掺杂引起断键,也会造成相邻原子不饱和);而实际情况下,存在不饱和原子的体系应该是不稳定的。那这样的计算体系是否合理?
2.同样是这类体系下,往往是3重态比单重态更稳定(验stable),是否可以理解为不饱和原子处的电子难以与系统内其它电子配对所致?
3.人为补足不饱和原子(比如加上H原子),与保持原体系不变,哪个更为合理?
之前一直是照着文献进行的计算,突然想到了这些,难以得出结论。还请老师指点。
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2017-11-10 10:54:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-11-9 22:09
aug-cc-pvdz基组太烂,这么小体系至少得3-zeta
PBE-D3拼不过M06-2X
别学你师姐,6-311++G(3df,3pd) ...

非常感谢sob老师的回复

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发表于 Post on 2017-11-10 13:52:34 | 只看该作者 Only view this author
您好,在计算中出现两个问题无法解决,自己已经试过较多方法,但是始终算不出来,所以像大家请教,谢谢,期待您的回复。
其一:中间体的三重态(1,3)已经找到,但是在此基础上算(1,1r)时出现虚频,解决方法是1、手动调节,2、Manual displacement (0.3,0.5)3、坐标相加(输入坐标*0.3+虚频坐标)但是虚频还存在。(1,1r)的结构为PathD_7_1_1_f_1r文件所示。
其二:过渡态15-16(1,3)找到,链接为PathD_16-15_NH_1_2,在此基础上算(1,1)链接为PathD_15-16_1_1r_1,没有虚频。解决方法是1、用M06泛函计算,但是虚频很小,位置不对。2、扫描15(1,1r),出现高点,但是计算过渡态的时候虚频不正确。
以上是我的问题。由于时间紧急,期待老师和各位师兄师姐指点,谢谢。

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发表于 Post on 2017-11-10 15:13:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,书上写双精度基组是由两组收缩函数组成,每个收缩函数由一个或多个原函数(primitive)按照一定方式线性叠加而成。
请问,
1. 两组收缩函数是线性叠加的吗?
2. 两组收缩函数的i+j+k值相同吗?

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-11-10 16:26:17 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,能够通过理论计算来模拟分子的EPR谱,如果可以的话有什么软件能够实现?

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发表于 Post on 2017-11-10 16:58:39 | 只看该作者 Only view this author
我在计算[CuCl4]2-这个阴离子的时候,用Multiwfn计算输出的键级矩阵文件中有:1)Bond order matrix for alpha electrons; 2)Bond order matrix for beta electrons; 3)Bond order matrix for all electrons; 4)Bond order matrix from mixed density这四部分数据,请问一下我在讨论总键级的时候是应该取哪一部分的数据?
谢谢。

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发表于 Post on 2017-11-10 17:20:11 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。高斯09计算 CHELPG电荷:
1.命令行是 (1):pop=(chelpg,dipole) scf=(direct,tight),还是(2):pop=(chelpg,ReadRadii)?如果都不对,请问老师命令行该如何写。
2.两种不同的命令行都尝试计算了一下,总是出现错误
“Breneman (CHELPG) radii used.
GetVDW:  no radius for atom   1 atomic number  22.
Error termination via Lnk1e in /home/g09-d01/g09/l602.exe‘’这是什么原因呢?是要输入半径么?如果是,需要去哪查么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 17:53:56 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-11-10 17:20
sob老师,你好。高斯09计算 CHELPG电荷:
1.命令行是 (1):pop=(chelpg,dipole) scf=(direct,tight),还 ...

直接写pop=CHELPG
当提示缺少原子半径的时候,再用pop=(chelpg,ReadRadii),并且输入文件末尾空一行指定缺少半径的原子,诸如写Br 1.8代表给Br用1.8埃半径。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-11-10 17:54:22 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-11-10 16:58
我在计算[CuCl4]2-这个阴离子的时候,用Multiwfn计算输出的键级矩阵文件中有:1)Bond order matrix for al ...

对于最新版本,如果Bond order matrix for all electrons后面的结果大小合乎化学直觉,用这个
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