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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-11 05:02:53 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-7-10 15:31
sobereva老师您好,我现在想算一个反应的KIE值,请问下老师这个应该怎么用高斯计算呢?

在不同同位素设定下分别计算k,然后相除
不同同位素下自由能垒算出来是不同的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-7-11 09:21:26 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师好,我按照您说的做RO,但是SCF特别难以收敛。我尝试了先做非限制性的单点,再读取chk文件的方法,还有先做非限制性优化和频率计算在读取chk文件都不能成功收敛。由于没有用弥散函数,所以也没尝试您SCF 收敛帖子里的前几种方法。后来用了scf=xqc关键词但是会报错。想看看能不能重复文章结果,所以也没有改方法和基组。想问您一下,RO的计算是不可以用scf=xqc关键词吗?还有就是这种情况下您有没有什么推荐的可以尝试的解决方法呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2018-7-11 09:31:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-11 05:02
在不同同位素设定下分别计算k,然后相除
不同同位素下自由能垒算出来是不同的

关键词还是OPT GREQ吗?还是需要加其他关键词?KIE值就相当于不同同位素下的△G相除?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-12 06:16:14 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-7-11 09:31
关键词还是OPT GREQ吗?还是需要加其他关键词?KIE值就相当于不同同位素下的△G相除?

没有greq关键词
怎么算k这里说得很清楚
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310

并且仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-12 06:17:37 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-7-11 09:21
Sob老师好,我按照您说的做RO,但是SCF特别难以收敛。我尝试了先做非限制性的单点,再读取chk文件的方法 ...

不能用
尝试其它泛函、其它基组,如果能收敛,当当前级别的初猜,博文里说了
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发表于 Post on 2018-7-12 09:22:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-12 06:17
不能用
尝试其它泛函、其它基组,如果能收敛,当当前级别的初猜,博文里说了

谢谢老师回复,我再尝试一下。有几个自旋的问题想问您一下。
第一个是如果我计算出一个原子上的自旋布居是3.85,可不可以说这个原子带4个自旋向上的单电子,也就是想问您一下Mulliken原子自旋布居的单位可以认为是电子个数吗?
第二个问题是如果我算出一个N原子上自旋布居为-0.36,可不可以说这个氮原子上有一个自旋向下的单电子,并表现为一个氮自由基的性质呢,虽然从数值上看这个数和-1还有不小差距,但是体系中绝大部分的负自旋好像都集中在了N上,不知道可不可以认为此时N上有一个向下自旋的单电子。
第三个问题是我在算一个烷烃拔氢生成烯丙基自由基的过程时,在算过渡态时碳链上的自旋布居加起来是-0.5左右,再看拔氢结束后,整个烯丙基自由基碳链上的自旋布居就变成了正的0.2左右。想问您一下这个过程中间是发生了自旋翻转吗?还有就是自旋布居只有0.2的话可以认为这是一个自由基吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2018-7-12 10:02:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-12 06:17
不能用
尝试其它泛函、其它基组,如果能收敛,当当前级别的初猜,博文里说了

还有一个小问题想问下老师,就是优化时用gdiis关键词会不会影响能量结果,就是体系中如果用了gdiis是所有结构都需要加上这个关键词还是说这里不统一也无所谓呢。谢谢老师

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发表于 Post on 2018-7-12 11:08:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-12 06:16
没有greq关键词
怎么算k这里说得很清楚
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格

谢谢老师的回复,我再仔细看看。

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发表于 Post on 2018-7-13 16:36:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,想请问您对于确定第几激发态哪种方法准确性更好 我用td算双自由基 但是s2态出现了三重态

捕获.PNG (48.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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发表于 Post on 2018-7-13 19:01:18 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我算过渡态先做了一个scan,确实出现了一个顶点。但是用这个点始终算不出过渡态,该怎么办?(虚频只是振动)

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发表于 Post on 2018-7-13 20:13:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,这个CO与催化剂上O原子(sub_o2)反应的路径,计算反应速率常数的话,是不是用单分子的计算公式,因为CO与sub_o2形成了稳定的中间体?

QQ截图20180713200648.jpg (33.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

QQ截图20180713200648.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-13 20:56:30 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-7-12 10:02
还有一个小问题想问下老师,就是优化时用gdiis关键词会不会影响能量结果,就是体系中如果用了gdiis是所有 ...

不会
不用统一
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-13 20:58:26 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-13 20:13
sob老师,这个CO与催化剂上O原子(sub_o2)反应的路径,计算反应速率常数的话,是不是用单分子的计算公式, ...

细节不明
貌似双分子更妥
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-13 21:00:24 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2018-7-13 19:01
老师好,我算过渡态先做了一个scan,确实出现了一个顶点。但是用这个点始终算不出过渡态,该怎么办?(虚频 ...


"虚频只是振动"意义不明
尝试其它初猜
如果scan是指柔性扫描,应当说柔性扫描,不要说scan,否则会令别人以为是刚性扫描,而刚性扫描对于确定过渡态初猜没用
即便是柔性扫描,也不代表有个极大点就总是适合作为过渡态初猜,必须人工检查结构是否靠谱
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-13 21:02:29 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-7-13 16:36
sob老师,想请问您对于确定第几激发态哪种方法准确性更好 我用td算双自由基 但是s2态出现了三重态

看不懂你的问题
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