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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-7 04:25:10 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-7-6 21:50
sob老师  有关guess=read的使用   因为不想改写之前的chk文件   就用%oldchk=xxx.chk   但计算的时候  直接 ...

版本太老,还不支持%oldchk
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-7-7 12:35:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2018-7-7 18:31 编辑
sobereva 发表于 2018-7-4 23:48
看轨迹变化和能量、受力曲线,如果都有收敛的趋势,一般最后都能收敛到阈值以下,即正常结束

老师,这是我搜索过渡态的输出&输入文件,尚未优化成功,希望是催化剂上的氧原子和NO分子反应为NO2。   我有三个问题:1)我在搜索过渡态时,发现受力会很快达到收敛的阈值,但是位移就很难达到阈值,请问老师这是高斯优化的机制问题,还是说我的催化剂本身的结构特点呢?    2)在opt的过程中,能量曲线几乎未发生震荡,但是受力剧烈震动,这时候是否果断Kill掉任务,换方法? 3)老师您提到了轨迹的问题,是否可以理解为TS优化过程中,原子的移动背离了我们设想的反应路径中的TS 。比如:NO与O只是轻微变化,但是催化剂却在剧烈变形时,这时选择Kill掉任务

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-7 13:44:52 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-7 12:35
老师,这是我搜索过渡态的输入和输出文件,尚未优化成功,希望是催化剂上的氧原子和NO分子反应为NO2。    ...


如置顶的新人必读贴以及首页的公告栏所示,超过500KB的文本文件必须压缩后再上传,你的附件已经删了
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发表于 Post on 2018-7-7 17:56:34 | 只看该作者 Only view this author
请问用molpro中的CASSCF方法优化完结构,并进行了频率计算之后怎么找过渡态啊??

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发表于 Post on 2018-7-7 18:33:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-7 13:44
如置顶的新人必读贴以及首页的公告栏所示,超过500KB的文本文件必须压缩后再上传,你的附件已经删了

老师,附件已经压缩好了,请您对我的问题指导下。多谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-7 18:43:50 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-7 12:35
老师,这是我搜索过渡态的输出&输入文件,尚未优化成功,希望是催化剂上的氧原子和NO分子反应为NO2。    ...

1 势能面比较平坦的情况容易这样
2 结合结构和受力的变化看,从十几步开始震荡已经明显了,跑下去没戏
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发表于 Post on 2018-7-7 18:56:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-7 18:43
1 势能面比较平坦的情况容易这样
2 结合结构和受力的变化看,从十几步开始震荡已经明显了,跑下去没戏

是的老师,我的体系在找过渡态的时候,经常会出现位移不收敛的情况。那么在这种势能面平坦的情况下,切换成RFO或是GDIIS方法,对受力收敛的结构进行优化,有没有大概率解决问题的可能性?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-7 19:46:47 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-7 18:56
是的老师,我的体系在找过渡态的时候,经常会出现位移不收敛的情况。那么在这种势能面平坦的情况下,切换 ...


RFO没用。GDIIS有帮助,但没法说大概率。用更精确的Hessian矩阵概率更大,但很昂贵
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发表于 Post on 2018-7-7 20:04:59 | 只看该作者 Only view this author

自旋密度图

老师您好:
我想问一下用高斯怎么画自旋密度图呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-7 21:12:37 | 只看该作者 Only view this author
xueduomei 发表于 2018-7-7 20:04
老师您好:
我想问一下用高斯怎么画自旋密度图呢?

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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发表于 Post on 2018-7-7 23:49:35 | 只看该作者 Only view this author
老师好,想请问一下在计算激发态的轨道时,并不仅仅是homo-lumo而是由多个轨道共同贡献,这一般和什么有关系呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-8 04:09:04 | 只看该作者 Only view this author
mly12345 发表于 2018-7-7 23:49
老师好,想请问一下在计算激发态的轨道时,并不仅仅是homo-lumo而是由多个轨道共同贡献,这一般和什么有关 ...

电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230

你搞清楚CIS方法的原理,就自然而然知道为什么
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发表于 Post on 2018-7-8 08:47:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-7 21:12
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353

谢谢老师

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发表于 Post on 2018-7-8 22:15:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近看文献有很多这种带有分子轨道的电子结构分析图,作者能从这个图里说明反应过程当中配合物电子结构的变化,深层次的解读反应机理。我用文章中的方法基组做结构优化,看分子轨道,因为开壳层单重态,三重态,五重态等的轨道都是α,β轨道分别输出的,感觉直接从分子轨道上也无法看出图中的成对电子的信息呀。想知道如果想画出和下面图中类似的电子结构分析图需要采用什么分析手段,谢谢老师
  

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-9 06:36:22 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-7-8 22:15
Sob老师好,最近看文献有很多这种带有分子轨道的电子结构分析图,作者能从这个图里说明反应过程当中配合物 ...


那就用RO来算,alpha和beta就不单独输出了

还有一种叫做双正交化的方法,关键词是pop=biortho,可以让U计算给出的alpha和beta都强行匹配上,但是此时轨道能量就没了,而且轨道占据数不再是整数。并不适合当前问题
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