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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-1 00:19:25 | 只看该作者 Only view this author
赵小壮 发表于 2019-2-28 22:52
sob老师您好,在键解离能的计算中用的原理及公式如图所示。
请问公式是在0k下推导的,然而gaussian中输出 ...

别看这截图
你算什么温度下的BDE,当然用什么温度下的焓。0K的时候显然没用,谁也不会去研究0K时候的BDE
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-3-1 09:45:13 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问,问题1,在一个水溶性配体铜催化醇氧化体系,为研究在水相中进行,水是否会对其能垒产生影响?在分子结构中添加水分子,结果如下,起始物能量11比0多6.2,不加水时认为最后一条路径是优势路径,但是加上水之后,不考虑起始能量差,结果不变,但是考虑能量差,第一条路径变成优势路径,这样的结果可以证明水会增加234条路径的能垒,降低第一条路径的能垒,并且改变优势路径吗?
问题2,还是这个体系,在进行几何优化,单点计算,得到体系的能垒,结合布局分析,分子轨道分析,键长分析,得出体系的优势路径,请问老师还可以对其进行什么分析。体系是水相中铜催化醇氧化成醛,Cu为主催化剂,TEMPO为助催化剂。
期待老师的回复,谢谢老师

水.txt

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发表于 Post on 2019-3-1 10:18:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-1 00:19
别看这截图
你算什么温度下的BDE,当然用什么温度下的焓。0K的时候显然没用,谁也不会去研究0K时候的BDE

谢谢sob老师,请问我计算BDE这种思路对吗?
第一步,中等基组优化分子
第二步,好基组进行单点能计算找分子生成焓
第三步,中等基组优化分子
第四步,好基组进行单点能计算找片段生成焓
一,三步;二,四步的方法基组必须一样对吗?

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发表于 Post on 2019-3-1 11:33:17 | 只看该作者 Only view this author

过渡态震荡不收敛

这是我的输入文件
%chk=TS211.chk
%nprocshared=16
%mem=30GB
# maxdisk=30GB
#p opt=(ts,modredundant,noeigentest,gdiis) freq=noraman b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=dichloromethane)
Title Card Required
0 1
C                 -2.69778700   -0.64006100   -1.96417300
H                 -2.95868700   -1.02014000   -2.94276000
C                 -1.97358200   -1.35732900   -0.96139500
H                 -1.59727100   -2.36700300   -1.05785400
C                 -1.87446100   -0.55106400    0.19903400
H                 -1.36983100   -0.81295400    1.11870500
C                 -3.06335400    0.62598100   -1.44791500
H                 -3.60279200    1.41179000   -1.95638400
C                 -2.45982300    0.76227300   -0.11045200
C                 -5.85279200   -0.43993800   -0.10476400
H                 -6.36407200    0.42912000   -0.49667700
C                 -5.59943400   -1.65655800   -0.80690800
H                 -5.87514800   -1.86999500   -1.83124800
C                 -4.87823300   -2.52817800    0.06318700
C                 -5.29181100   -0.56678000    1.20162800
H                 -5.29865200    0.19621200    1.96984700
C                 -4.68833100   -1.85309400    1.30702000
H                 -4.16039300   -2.24054700    2.16830800
Fe                -3.82821600   -0.79000700   -0.24201000
C                 -2.86068900    1.84577500    0.84429000
O                 -3.51412800    2.79648800    0.43885100
C                 -2.35610700    1.76112800    2.26609000
H                 -1.29005700    2.02238400    2.28697300
H                 -2.45348000    0.75162200    2.67711500
H                 -2.90623100    2.47089300    2.88689800
H                 -1.18996300    1.37972900   -0.72272900
Al                 1.92177600    1.68974000   -0.17864100
Cl                 2.17354400   -0.49521000   -0.63522700
Cl                -0.05242000    2.07912000   -1.32963700
Cl                 1.58329500    2.02053900    1.87514700
Al                 4.19386100   -1.45407700    0.19478800
Cl                 5.18028900    0.18259700    1.13411500
Cl                 5.12035500   -2.18569900   -1.57590500
Cl                 3.47789300   -2.96402100    1.51487500
Cl                 3.29955500    2.88365600   -1.23370400
H                 -4.51432000   -3.51604700   -0.18681400
B 26 29 D
B 27 29 D
B 9 26 D
这是我的输出文件错误提示

Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep= 216
    -- Flag reset to prevent archiving.


Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /public1/home/pg3231/g09/l9999.exe at Fri Mar  1 06:26:16 2019.
Job cpu time:  3 days 19 hours 35 minutes 38.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    495 Int=      0 D2E=      0 Chk=     17 Scr=      1
问题1:我这种寻找过渡态方法对吗?
2:这种方法寻找过渡态遇到现在这种能量震荡厉害而且不收敛怎么改?
谢谢

1.jpg (69.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1.jpg

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发表于 Post on 2019-3-1 11:35:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-3-1 11:39 编辑

用modredundant来找过渡态有特殊原因吗?或者是从别人哪里抄来的关键词?

另外读如下两篇博文。

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

另外计算时,尤其是耗时较长的计算时,一定要在计算过程中监测能量、收敛限、几何结构(如果用calcall或者recalc,再加上频率)的变化,不要放着不管白浪费时间,你的这个计算很可能不超过50步就应该停止了

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发表于 Post on 2019-3-1 11:38:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好:打扰了,请教一个问题,用什么方法或软件可以分析出如下两个过渡态能量(他们的原子数和电子数相同)高低的原因?

问题.PNG (14.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

两个过渡态

两个过渡态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-1 11:42:59 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-3-1 11:35
用modredundant来找过渡态有特殊原因吗?或者是从别人哪里抄来的关键词?

另外读如下两篇博文。

去掉modredundant,去掉
B 26 29 D
B 27 29 D
B 9 26 D
这些都完全多余

写noraman完全多余,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

注意监控优化过程,如果最后结构有过渡态的模样但是因为震荡而不容易收敛,仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-1 11:49:50 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-3-1 11:38
sob老师您好:打扰了,请教一个问题,用什么方法或软件可以分析出如下两个过渡态能量(他们的原子数和电子数 ...

这太抽象
分析无非是从成键特征角度讨论
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发表于 Post on 2019-3-1 15:42:58 | 只看该作者 Only view this author

gaussian16默认的计算温度

本帖最后由 15whyhq 于 2019-3-1 15:50 编辑

gaussian16默认的计算温度是0 K 吗?还是298 K ?还有各热力学数据是一样的温度吗?谢谢!

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发表于 Post on 2019-3-2 10:22:33 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想问一下对于含富勒烯结构的分子进行量子化学结构优化应该选用DFT的哪种理论计算方法好呢?用gaussian09软件计算,优化完结构后还要进行化学位移的计算,结构为在一个C60上加成两个小分子。

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发表于 Post on 2019-3-2 10:25:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-1 11:49
这太抽象
分析无非是从成键特征角度讨论

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-2 15:13:04 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2019-3-1 15:42
gaussian16默认的计算温度是0 K 吗?还是298 K ?还有各热力学数据是一样的温度吗?谢谢!

手册里都写明了,计算时候也都直接输出了当前用的温度和压力,直接看输出文件立马便知
默认常温常压

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-2 15:14:30 | 只看该作者 Only view this author
fengwu 发表于 2019-3-2 10:22
老师您好,想问一下对于含富勒烯结构的分子进行量子化学结构优化应该选用DFT的哪种理论计算方法好呢?用gau ...

优化用常用的B3LYP就可以
化学位移的计算看
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354http://bbs.keinsci.com/thread-4434-1-1.html
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发表于 Post on 2019-3-3 12:45:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问下 课题组想买NBO程序,它有哪些购买途径呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-3 16:23:04 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2019-3-3 12:45
sob老师,请问下 课题组想买NBO程序,它有哪些购买途径呀?

去官网,上面写着
最简单的方式是直接通过visa信用卡付款
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