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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-3-3 21:49:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-3 16:23
去官网,上面写着
最简单的方式是直接通过visa信用卡付款

好滴 谢谢sob

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发表于 Post on 2019-3-4 14:24:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shiyanan 于 2019-3-4 15:40 编辑

老师好~最近发现自己有很多基础知识有漏洞,向您请教:1.多次细读才发现opt=tight int=untrafine freq会同时把freq收敛限设严,那要避免这种情况的话是要必须将opt和freq分开算吗?2.之前用了opt=tight int=untrafine freq关键词,结果如下图所示,如果按默认的收敛标准看,freq已收敛,可以直接这样判断吗?还是需要重新把freq收敛限按默认重算?3.因为后面要势能曲线扫描,m06-2x性能要好,但之前opt freq都用的pbe0,可否用pbe0的优化结构用m06-2x算一下单点能,作为势能曲线的单点能值(即扫描依旧用pbe0,能量取m06-2x的),这样可以吗?4.知道同批能量比较要用相同的积分格点精度,那柔性扫描时需要加int=untrafine关键词吗?5.同时opt freq耗时会比先opt后freq耗时多吗?谢谢您了~

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发表于 Post on 2019-3-4 15:13:31 | 只看该作者 Only view this author

量子化学相关计算

老师,您好,我有一个问题,就是有没有一种方法可以直接计算分子的介电常数或者利用其它参数比较两个分子介电常数的大小,谢谢啦,辛苦

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发表于 Post on 2019-3-4 15:30:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2019-3-4 15:54 编辑

老师,关于homo和lumo相互作用有一问题请教。类似的反应体系比较时,C-H键要断裂,C-H键σ*反键轨道的lumo轨道能量值是高了容易断裂还是,低了容易断裂?轨道分析时multiwfn给出的lumo/homo gap 能说明什么问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-4 16:45:29 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2019-3-4 15:13
老师,您好,我有一个问题,就是有没有一种方法可以直接计算分子的介电常数或者利用其它参数比较两个分子介 ...

做动力学模拟

在论坛首页google框搜索“计算介电常数”
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-4 16:46:54 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-3-4 15:30
老师,关于homo和lumo相互作用有一问题请教。类似的反应体系比较时,C-H键要断裂,C-H键σ*反键轨道的lumo ...

通常来说分子轨道与某个键并没有直接对应关系,就算以轨道角度考察也应当用定域化轨道,看
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html

如果假定某个轨道与某个键可以对应,那么键被削弱的时候,通常对应的空轨道(反键轨道)能级会降低,而占据轨道(成键轨道)能级会升高,导致gap减小。
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发表于 Post on 2019-3-4 16:48:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!打扰了,请教您几个问题:我们平时用chemdraw画的过渡态和中间体连起来的曲线叫什么名字,是势能面吗?它和势能面是个什么关系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-4 16:51:16 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2019-3-4 14:24
老师好~最近发现自己有很多基础知识有漏洞,向您请教:1.多次细读才发现opt=tight int=untrafine freq会同 ...

是ultrafine不是untrafine
1,2 按照默认的opt收敛限考察opt=tight freq后输出的当前数值就行了

3 如果你是指柔性扫描,这么做不是不可以,原理上说得通。但如果opt freq也用M06-2X则可以避免和某些审稿人解释的麻烦

4 柔性扫描的每一步本来就是限制性优化。柔性扫描过程可以用不同积分格点精度,对限制性优化影响一般不大,但至少得到能量的时候还是得把积分格点精度统一。

5 不会,反倒还节约耗时,因为此时freq自动读取opt的收敛的波函数当初猜
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发表于 Post on 2019-3-4 16:58:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-4 16:51
是ultrafine不是untrafine
1,2 按照默认的opt收敛限考察opt=tight freq后输出的当前数值就行了

谢谢老师,明白啦

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发表于 Post on 2019-3-4 22:52:15 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问柔性扫描中途终止,如下图报错该怎么解决,是要用cartesian坐标吗?我看柔性扫描应该用冗余内坐标的,不知如何解决。还有我这个沿二面角扫的,反应物二面角是-179.93905°,产物二面角是-7.31130°,我设18步,每步10°合理吗?(想从-180°扫到0°的,这样就可以把反应物和产物这两个点放在势能曲线里面而不是势能曲线端点,但是反应物是-179.93905°,不知道可不可以设置-180°到0°),麻烦您啦~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-5 00:59:25 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2019-3-4 22:52
老师好,请问柔性扫描中途终止,如下图报错该怎么解决,是要用cartesian坐标吗?我看柔性扫描应该用冗余内 ...

就是因为中途出现了有三个原子排成直线的情况。用opt=cartesian的话没法做柔性扫描,所以没有绝对有效的避免方法,只能根据实际情况看怎么避免,实在不行就不用opt=modredundant做柔性扫描,而是手动做限制性优化来达到等效目的。

这么扫本身没问题。如果非要有180和0的话,那一开始就把初始结构的结构的二面角设为0
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发表于 Post on 2019-3-5 10:08:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-4 16:46
通常来说分子轨道与某个键并没有直接对应关系,就算以轨道角度考察也应当用定域化轨道,看
Multiwfn的轨 ...

HOMO和LUMO(包括somo和somo)之间相互作用时,是不是轨道能量越接近相互之间越容易作用?

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发表于 Post on 2019-3-5 14:56:47 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好,我在利用gaussian view建立一个团簇模型时,计算结果的团簇总是键消失了,这样是否说明模型不合理呢?我上传了输入文件和输出文件,希望您可以给点建议。还有就是文献中有提到考虑溶剂效应,会使用IEFPCM溶剂模型,这个我明白,但是后面文章中又提到添加9个水分子在络合团簇周围,说增加的水会影响计算得到的红外光谱。 这9个水分子应该如何添加?是在gaussian view作图时自己手动添加吗?文献中的描述如下。

1.png (41.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

输出图

输出图

无标题.png (46.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

输入图

输入图

无标题.png (184.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

无标题.png

goethite.gjf

1.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-5 19:25:32 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-3-5 10:08
HOMO和LUMO(包括somo和somo)之间相互作用时,是不是轨道能量越接近相互之间越容易作用?

原理上,从能量角度来说,是如此
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-5 19:50:29 | 只看该作者 Only view this author
yq1123088 发表于 2019-3-5 14:56
Sob老师,您好,我在利用gaussian view建立一个团簇模型时,计算结果的团簇总是键消失了,这样是否说明模型 ...

你的关键词完全是错的。自定义基组和赝势得用genecp。你当前等于用的是6-31G算的,此时结果垃圾得根本没法要。也别把gview显示的成键当回事,仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛空间、加快下载速度。你的超标的附件已经删了,请以后注意。

根本没必要在周围再加水,当前的模型本身已经可以了。

没有gaussian view的写法,是GaussView
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