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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-23 21:39:47 | 只看该作者 Only view this author
Lemon- 发表于 2019-2-23 21:33
输入文件%chk=re_II_Fe_III_2state_5_freq1.chk #p ub3lyp/genecp freq  SCRF=(SMD,Solvent=Generic,Read)  ...

明显输入文件格式不对
直接贴出来输入文件才能回答
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-23 21:45:26 | 只看该作者 Only view this author
heheda 发表于 2019-2-23 10:11
请问deltamu的计算公式是什么?也就是激发态与基态偶极矩的差,以前在sob老师的帖子里看到过,当时没保存, ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-2-24 10:46:01 | 只看该作者 Only view this author

求助

本帖最后由 gyr1327 于 2019-2-24 10:46 编辑

用同样的结构,电荷和自旋多重度优化激发单重态的时候可以顺利进行。在优化激发三重态结构的时候,老是显示电荷和自旋多重度有问题,看见之前的帖子也有类似问题,但又不完全一样,帖子中有电荷和自旋多重度有问题时,服务器就不会计算,我老是在计算了好几个小时之后,才会显示出电荷和自旋多重度有问题,我上传了我的输入文件和输出文件的结果。而且我尝试过把电荷自旋多重度修改成0 3计算也是同样的问题。希望大家可以指教。

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发表于 Post on 2019-2-24 13:51:12 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师g09不支持TDDFT二阶解析导数是意味着TDDFT不能用opt=calcall解决不收敛吗?什么是二阶解析导数呢?

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发表于 Post on 2019-2-24 17:51:24 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,通常做反应机理画的平面图,有反应物、中间体、过渡态、产物有横线表示,之间用线连上,纵坐标是能量,这种图应该叫什么图,能叫势能面吗?

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发表于 Post on 2019-2-24 22:33:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-23 21:39
明显输入文件格式不对
直接贴出来输入文件才能回答

输入文件是以下,谢谢老师
%chk=re_II_Fe_III_2state_5_freq1.chk
#p ub3lyp/genecp freq   SCRF=(SMD,Solvent=Generic,Read)   scfcyc=400 scf=vshift=300

re_II_Fe_III_2state_5_freq1

1 2
Fe1      83.348671   27.679977   34.075153         
C2       83.560997   29.409000   40.490002         
C3       84.407516   28.461586   39.615349         
C4       84.199829   28.627184   38.138775         
N5       84.337700   29.846458   37.488949         
C6       83.878624   27.741695   37.141632         
C7       84.102814   29.670803   36.169765         
N8       83.822403   28.400486   35.926323         
C9       78.747002   28.423000   29.796000         
C10      78.661034   28.092489   31.284555         
N11      79.027664   26.705595   31.581476         
C12      78.227730   25.744869   32.018127         
N13      76.881325   25.864035   31.980375         
N14      78.766922   24.636126   32.559284         
C15      83.702133   24.376993   35.015907         
C16      80.145592   27.653091   35.191849         
C17      82.865402   30.839907   32.780285         
C18      86.650345   27.846500   33.313568         
N19      82.165382   26.283342   34.931274         
C20      82.470970   24.978086   35.248913         
C21      81.334770   24.331024   35.887653         
C22      80.347778   25.279518   35.966839         
C23      80.877068   26.485811   35.357384         
C24      78.968773   25.151638   36.541473         
C25      81.289001   22.907000   36.369999         
N26      81.805740   29.006193   33.992149         
C27      80.560539   28.796377   34.517586         
C28      79.683258   29.909508   34.205471         
C29      80.409851   30.792349   33.443821         
C30      81.755608   30.223507   33.348957         
C31      78.254372   30.018393   34.650440         
C32      79.898003   32.080002   32.834000         
N33      84.556396   29.106636   33.251511         
C34      84.172165   30.341358   32.784599         
C35      85.334000   31.082256   32.333607         
C36      86.438667   30.287579   32.532318         
C37      85.922813   29.020283   33.076931         
C38      85.346191   32.471176   31.764679         
C39      87.860001   30.759001   32.223000         
N40      84.864273   26.350367   34.136230         
C41      86.158112   26.607786   33.746643         
C42      86.949837   25.378929   33.840652         
C43      86.111931   24.380491   34.287556         
C44      84.819916   25.018826   34.490536         
C45      88.401054   25.278889   33.475872         
C46      86.390999   22.896999   34.526001         
H47      85.471054   28.601469   39.854183         
H48      84.176659   27.421453   39.866699         
H49      83.686638   26.683523   37.212471         
H50      84.136208   30.459633   35.436069         
H51      83.800323   30.461868   40.302349         
H52      78.498871   29.476316   29.634136         
H53      78.058235   27.813408   29.201656         
H54      77.657265   28.283611   31.677092         
H55      79.340950   28.732319   31.853813         
H56      80.022530   26.422394   31.515959         
H57      76.296745   25.185858   32.441357         
H58      76.437157   26.542730   31.384645         
H59      79.794891   24.592024   32.580414         
H60      78.256424   23.767298   32.506512         
H61      83.808105   23.332897   35.287022         
H62      79.134422   27.654434   35.581951         
H63      82.709549   31.816036   32.335091         
H64      87.712067   27.886614   33.093002         
H65      78.810280   24.169180   36.992470         
H66      78.784447   25.901264   37.319427         
H67      78.200066   25.287632   35.770851         
H68      80.309387   22.658594   36.784447         
H69      82.033180   22.722818   37.153763         
H70      77.692184   29.098190   34.452778         
H71      78.181572   30.209356   35.728340         
H72      77.736450   30.836622   34.144165         
H73      80.198372   32.958614   33.418385         
H74      84.353378   32.925236   31.732048         
H75      85.990677   33.136909   32.351917         
H76      85.739555   32.473953   30.741011         
H77      88.118340   31.625143   32.842541         
H78      88.793343   24.278643   33.674397         
H79      89.011589   25.989634   34.045456         
H80      88.564171   25.491508   32.412697         
H81      85.764900   22.269932   33.881618         
H82      87.434799   22.655188   34.314316         
Cl83     82.794395   25.640162   31.831013         
O84      82.901665   27.221546   32.287376         
O85      81.273766   25.170977   31.675886         
H86      83.752083   29.217466   41.549534         
H87      82.492134   29.268782   40.303471         
H88      81.495232   22.196812   35.560009         
H89      80.282028   32.221439   31.818548         
H90      78.807068   32.080307   32.781414         
H91      88.606720   29.982399   32.407978         
H92      87.945908   31.064938   31.174713         
H93      86.186790   22.614626   35.564873         
H94      84.575729   30.725718   37.924080         
H95      79.759598   28.253344   29.418238


Fe   0
S    3 1.00
   6.42200000000000      -0.391371139258586     
   1.82600000000000       0.769344841456132     
  0.713500000000000       0.493181437696794     
S    3 1.00
   1.82600000000000      -6.874575142314664E-002
  0.713500000000000      -0.233692561637600     
  0.102100000000000        1.11324671544387     
S    1 1.00
  3.630000000000000E-002   1.00000000000000     
P    3 1.00
   19.4800000000000      -4.702823696558029E-002
   2.38900000000000       0.624884100527061     
  0.779500000000000       0.472254207696161     
P    1 1.00
  7.400000000000000E-002   1.00000000000000     
P    1 1.00
  2.200000000000000E-002   1.00000000000000     
D    4 1.00
   37.0800000000000       3.290002242104181E-002
   10.1000000000000       0.178741826179523     
   3.22000000000000       0.448765748357368     
  0.962800000000000       0.587636124347783     
D    1 1.00
  0.226200000000000        1.00000000000000     
****
C    0
S    6 1.00
   3047.52488000000       1.834737131704337E-003
   457.369518000000       1.403732281303965E-002
   103.948685000000       6.884262226394978E-002
   29.2101553000000       0.232184443215682     
   9.28666296000000       0.467941348434683     
   3.16392696000000       0.362311985336561     
SP   3 1.00
   7.86827235000000      -0.119332419774609       6.899906659055292E-002
   1.88128854000000      -0.160854151696183       0.316423960956676     
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SP   1 1.00
  0.168714478200000        1.00000000000000        1.00000000000000     
D    1 1.00
  0.800000000000000        1.00000000000000     
****
N    0
S    6 1.00
   4173.51146000000       1.834772160318956E-003
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   142.902093000000       6.858655181192305E-002
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   12.8202129000000       0.469069948081543     
   4.39043701000000       0.360455199062661     
SP   3 1.00
   11.6263618600000      -0.114961181702832       6.757974387681374E-002
   2.71627980700000      -0.169117478562843       0.323907295888869     
  0.772218396600000        1.14585194703804       0.740895139745803     
SP   1 1.00
  0.212031497500000        1.00000000000000        1.00000000000000     
D    1 1.00
  0.800000000000000        1.00000000000000     
****
H    0
S    3 1.00
   18.7311369600000       3.349460433798892E-002
   2.82539436500000       0.234726953485906     
  0.640121692300000       0.813757326151141     
S    1 1.00
  0.161277758800000        1.00000000000000     
P    1 1.00
   1.10000000000000        1.00000000000000     
****
Cl   0
S    6 1.00
   25180.1000000000       1.832959847817274E-003
   3780.35000000000       1.403419883480120E-002
   860.474000000000       6.909739426314233E-002
   242.145000000000       0.237451980285390     
   77.3349000000000       0.483033959895781     
   26.2470000000000       0.339855971783230     
SP   6 1.00
   491.765000000000      -2.297391416587545E-003  3.989400879233022E-003
   116.984000000000      -3.071371893829297E-002  3.031770668178748E-002
   37.4153000000000      -0.112528069385591       0.129880028624551     
   13.7834000000000       4.501632775738116E-002  0.327951072277874     
   5.45215000000000       0.589353363399388       0.453527099953856     
   2.22588000000000       0.465206286849436       0.252154055572799     
SP   3 1.00
   3.18649000000000      -0.251828027966700      -1.429931471914665E-002
   1.14427000000000       6.158925140847123E-002  0.323572333072508     
  0.420377000000000        1.06018432769216       0.743507765337364     
SP   1 1.00
  0.142657000000000        1.00000000000000        1.00000000000000     
D    1 1.00
  0.750000000000000        1.00000000000000     
****
O    0
S    6 1.00
   5484.67166000000       1.831074429935815E-003
   825.234946000000       1.395017219951100E-002
   188.046958000000       6.844507809760077E-002
   52.9645000000000       0.232714335991843     
   16.8975704000000       0.470192897983518     
   5.79963534000000       0.358520852987433     
SP   3 1.00
   15.5396162500000      -0.110777549523202       7.087426823162325E-002
   3.59993358600000      -0.148026262699129       0.339752839151594     
   1.01376175000000        1.13076701534061       0.727158577324449     
SP   1 1.00
  0.270005822600000        1.00000000000000        1.00000000000000     
D    1 1.00
  0.800000000000000        1.00000000000000     
****
  
  1 0
Fe1-ECP     2   10
  component            1
    3
    1   392.614978700   -10.000000000
    2    71.175697900   -63.266751800
    2    17.732028100   -10.961333800
  component            2
    5
    0   126.057189500     3.000000000
    1   138.126425100    18.172913700
    2    54.209885800   339.123116400
    2     9.283796600   317.106801200
    2     8.628908200  -207.342164900
  component            3
    5
    0    83.175949000     5.000000000
    1   106.055993800     5.953593000
    2    42.828493700   294.266552700
    2     8.770180500   154.424463500
    2     8.039781800   -95.316424900

eps=4.0
epsinf=4.1

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8422#
发表于 Post on 2019-2-25 05:56:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-2-25 05:58 编辑

请按照论坛主页上大字写的要求,修改你的帖子标题以反映想问的问题。
请上传输出文件。
另外注意你的计算路径里写了两个opt

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8423#
发表于 Post on 2019-2-25 09:04:43 | 只看该作者 Only view this author

两个YES,正常结束


         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000004     0.000450     YES
RMS     Force            0.000001     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.198896     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.033962     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-1.598308D-06
Optimization completed on the basis of negligible forces.
    -- Stationary point found.
两个YES,正常结束,这个结构正常吗?需要重新调整继续有优化吗?
# opt=calcall b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=dichlorome
thane) int=ultrafine


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8424#
发表于 Post on 2019-2-25 09:55:22 | 只看该作者 Only view this author
最大位移和方均根位移还没收敛,可以适当放宽收敛限,详见《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》http://sobereva.com/164
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

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8425#
发表于 Post on 2019-2-25 10:08:39 | 只看该作者 Only view this author
lijiayisjtu 发表于 2019-2-25 09:55
最大位移和方均根位移还没收敛,可以适当放宽收敛限,详见《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》ht ...

好的谢谢

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8426#
发表于 Post on 2019-2-25 11:26:44 | 只看该作者 Only view this author
这是符合高斯的收敛标准的,不需要重新优化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 12:36:14 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-2-25 09:04
Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000004    ...

仔细看了此文就懂了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 12:36:41 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-2-24 17:51
请问老师,通常做反应机理画的平面图,有反应物、中间体、过渡态、产物有横线表示,之间用线连上,纵坐标是 ...

在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320http://bbs.keinsci.com/thread-2676-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 12:37:33 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2019-2-24 13:51
请问sob老师g09不支持TDDFT二阶解析导数是意味着TDDFT不能用opt=calcall解决不收敛吗?什么是二阶解析导数 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-1169-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 12:41:51 | 只看该作者 Only view this author
Lemon- 发表于 2019-2-24 22:33
输入文件是以下,谢谢老师
%chk=re_II_Fe_III_2state_5_freq1.chk
#p ub3lyp/genecp freq   SCRF=(SMD, ...

仔细阅读
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
了解怎么恰当自定义溶剂。只定义eps和epsinf没法写generic

坐标后头别空两行,只能空一行,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

大段输入文件以后直接作为附件上传,勿直接贴出来,否则太占版面
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