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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-3-6 08:52:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-5 00:59
就是因为中途出现了有三个原子排成直线的情况。用opt=cartesian的话没法做柔性扫描,所以没有绝对有效的 ...

好的老师

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8492#
发表于 Post on 2019-3-6 13:53:17 | 只看该作者 Only view this author

高斯l1.exe报错

高斯中输入头文件如下,其中体系中有C,N Li原子,但是优化时出现了l1.exe报错,想请教一下大家什么原因?
%NProcShared=16
%chk=6-li-1.chk
%mem=16GB
#p opt b3lyp/6-311++G(3df,-3pd)

Title Card Required

0 2

报错提示如下:
%NProcShared=16
Will use up to   16 processors via shared memory.
%chk=6-li-1.chk
%mem=16GB
-------------------------------
#p opt b3lyp/6-311++G(3df,-3pd)
-------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p opt b3lyp/6-311++G(3df,-3pd)
                            '
Last state= "GCL"
TCursr=      3523 LCursr=        27
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/Gauss/Gauss09.E01/g09/l1.exe at Wed Mar  6 13:29:17 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

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8493#
发表于 Post on 2019-3-6 14:21:16 | 只看该作者 Only view this author
3dp前面多了一个-号?

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8494#
发表于 Post on 2019-3-6 14:22:47 | 只看该作者 Only view this author

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8495#
发表于 Post on 2019-3-6 15:22:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在进行最低激发三重态(T1)结构优化时,算到最后,提示
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1970.43572105     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.13D-04     -V/T= 2.0068
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.0000 <S**2>= 2.0154 S= 1.0051
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     2.0154,   after     2.0001
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public/apps/g09/l502.exe at Tue Feb 26 03:55:02 2019.

我的输入文件是
%chk=DTPMCl-C-TD-T-OPT-H.chk
# opt=cartesian td b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

请问我该如何解决这个问题呢?

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8496#
发表于 Post on 2019-3-6 16:06:14 | 只看该作者 Only view this author
请问有机物的同分异构体的载流子迁移率、重组能等性能会相差很多吗

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8497#
发表于 Post on 2019-3-6 20:07:33 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,1.用CBS-QB3热力学组合方法计算过渡态能量时输入是不是应该是#p CBS-QB3 opt=(calcfc,ts,noeigen)
如果不写calcfc,ts,noeigen显然优化出的极小点吧?2. G4(MP2)-6X与CBS-QB3方法对于有机体系而言哪个稍微好一点呢
自己决定自己的DNA

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8498#
发表于 Post on 2019-3-6 20:41:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2019-3-6 20:43 编辑

sob老师您好。我最近的一篇文章修稿。两个审稿人对我计算的NPA电荷结果不满意。审稿人让我列举出,造成计算得到的电荷和经典电荷之间差距的原因。您有相关的文献吗,我一直不是很清楚应该如何查找。我导师列了一下咱们计算电荷的公式,并且我们也说了相关领域的大牛也计算的结果和我们的差不多。但是审稿人还不很满意...

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8499#
发表于 Post on 2019-3-6 21:26:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-5 19:50
你的关键词完全是错的。自定义基组和赝势得用genecp。你当前等于用的是6-31G算的,此时结果垃圾得根本没 ...

好的,谢谢社长,已经全部修改过来。以后会注意上传文件大小的问题。当时文献里面选择添加水,是因为与实验的原位红外数据拟合效果不好。如果考虑与实验数据拟合,需要在周围添加水的话,请问应该如何进行添加?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-7 02:29:21 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2019-3-6 13:53
高斯中输入头文件如下,其中体系中有C,N Li原子,但是优化时出现了l1.exe报错,想请教一下大家什么原因?
...

明显基组写得不对,写6-311++G(3df,3pd)
然而这基组是个绝对的垃圾,远不如用更便宜一点结果还更好的ma-TZVP
仔细看
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340http://bbs.keinsci.com/thread-3487-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-7 02:30:26 | 只看该作者 Only view this author
yq1123088 发表于 2019-3-6 21:26
好的,谢谢社长,已经全部修改过来。以后会注意上传文件大小的问题。当时文献里面选择添加水,是因为与实 ...

再加额外的水我并不认为会对与实验相符程度有多大改进,反倒加显式水还得考虑不同溶剂层排布,麻烦得很。不去加额外的水一般也不会有审稿人吐槽
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-7 02:31:17 | 只看该作者 Only view this author
roseeesor 发表于 2019-3-6 15:22
sob老师您好,我在进行最低激发三重态(T1)结构优化时,算到最后,提示
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1970. ...

解决SCF不收敛问题的方法
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alien 发表于 2019-3-6 16:06
请问有机物的同分异构体的载流子迁移率、重组能等性能会相差很多吗
可能会相差很多
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sob老师您好。我最近的一篇文章修稿。两个审稿人对我计算的NPA电荷结果不满意。审稿人让我列举出,造成计算 ...

审稿人缺乏理论化学最基本常识还瞎指手画脚
多找些原子电荷的计算文章、介绍原子电荷的综述和书籍让他自己看
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QuantumHan 发表于 2019-3-6 20:07
请问老师,1.用CBS-QB3热力学组合方法计算过渡态能量时输入是不是应该是#p CBS-QB3 opt=(calcfc,ts,noeigen ...

1 是。对
2 前者
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