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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-7-17 11:15:02 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我有一个关于自旋多重度的问题,输入文件结构如图(噻吩α位的H转移到β位上),他的自旋多重度应该是多少呢?C:\Users\mgg2\Desktop

C1-C2.png (25.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2019-7-17 15:27:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 haos314 于 2019-7-18 08:36 编辑

感谢社长大大
// 20190718: 我找到答案了http://sobereva.com/221

/*  原问题:
     一般来说,红外计算用
     b3lyp/6-311+g** + d3(bj)
     的误差大概在多少?
*/

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发表于 Post on 2019-7-17 15:55:02 | 只看该作者 Only view this author

请教各位大佬一个问题,谢谢大家!

就是我在一个32核的服务器上安装了一个Windows版的gaussian09软件,然后就是一直不能运算,就算到301就算不下去了,如下面显示的这样:
Leave Link  301 at Wed Jul 17 15:28:59 2019, MaxMem=   33554432 cpu:       0.0
我后面算了一个很简单的水分子还是卡在这一步,所以想请教一下各位大佬怎么解决这个问题

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发表于 Post on 2019-7-17 16:03:25 | 只看该作者 Only view this author
F:\hzj

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9305#
发表于 Post on 2019-7-17 16:04:42 | 只看该作者 Only view this author
具体的运算是这样的
Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
                17-Jul-2019
******************************************
%chk=C:\G09W\TEST1\CH4.chk
%nprocshared=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
------------------------------------
#P b3lyp/6-31g geom=connectivity OPT





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发表于 Post on 2019-7-17 16:08:13 | 只看该作者 Only view this author
就是单纯的运算不了,一直停在301步那里,并没有显示出错

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发表于 Post on 2019-7-17 22:24:10 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想要计算在反应A+B=C+D溶剂模型下的反应的吉布斯自由能,我先计算(1)气相下优化A+B复合物并做振动分析,得到气相下自由能,(2)然后在这个优化好的结构下计算带着溶剂模型和不带情况下的单点能的差值,将(1)(2)相加,对C+D也这么计算。最后将反应物和产物求差。还是分开先计算(1)气相下优化A并做振动分析,得到气相下自由能,(2)然后在这个优化好的结构下计算带着溶剂模型和不带情况下的单点能的差值,将(1)(2)相加,对B、C、D也这么计算。最后将反应物和产物求差。这两种方法选那种?还是说老师有更好的方法,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-7-18 15:21:38 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,看过帖子“使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图”,我的chk文件是fchk不是fch。
请问老师:1.直接改文件后缀,还是将bat文件中的fch换成fchk?
1.如果将bat文件fch全换了fchk,其它还有要修改的吗?

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发表于 Post on 2019-7-18 15:39:15 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-18 15:21
请问老师,看过帖子“使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图”,我的chk ...

1.改哪个都可以
2.(1.)【误】不用改其他的啦,名称要完全对应,让软件能认得,其他按照操作来就行
确定一下你的输入文件是chk文件还是fchk文件,如果是chk文件得转换一下或者设置一下settings.ini里的formchkpath

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发表于 Post on 2019-7-18 17:56:14 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,VMD中画出静电势iso和极值点图后,发现有些原子间与Gaussianview成键显示不一样,请问老师这时如何批量调节这类原子间成键的阈值?

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发表于 Post on 2019-7-18 20:46:27 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我现在算自然跃迁轨道,找到了适合描述S1到S0之间荧光的一对轨道。现在想问您一下,如何判断这两个轨道哪个属于S0哪个属于S1呢,是标号小的属于S0,标号大的属于S1吗?谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-18 21:58:15 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-18 17:56
请问老师,VMD中画出静电势iso和极值点图后,发现有些原子间与Gaussianview成键显示不一样,请问老师这时如 ...

用dynamic bonds方式显示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-18 21:59:15 | 只看该作者 Only view this author
call_77 发表于 2019-7-17 11:15
老师您好,我有一个关于自旋多重度的问题,输入文件结构如图(噻吩α位的H转移到β位上),他的自旋多重度 ...

1和3都算算,哪种能量低是哪个
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-18 22:00:12 | 只看该作者 Only view this author
帅金1号 发表于 2019-7-17 15:55
就是我在一个32核的服务器上安装了一个Windows版的gaussian09软件,然后就是一直不能运算,就算到301就算不 ...

仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

这是Windows 32bit版的bug,已知对于某些XEON CPU有问题,没法解决。64bit版本没此问题
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Jameslzy 发表于 2019-7-18 20:46
Sob老师好,我现在算自然跃迁轨道,找到了适合描述S1到S0之间荧光的一对轨道。现在想问您一下,如何判断这 ...

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