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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-7-19 14:02:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 23:30
做了固定,必然优化不到势能面极小点,自然很可能伴随着虚频。要消除只能放开冻结

谢谢老师,就是说优化时只能放开固定,才能在进一步频率计算时候消除虚频呗

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9332#
发表于 Post on 2019-7-19 15:58:30 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,想问一下开壳层体系   我想让α和β的能量严格相等(在Gauss view中类似单重态那样显示)  然后再单个电子在HOMO上。这个操作可以实现吗?

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9333#
发表于 Post on 2019-7-19 16:16:50 | 只看该作者 Only view this author

求助如何查看反应路径中的反应热△H?

在得到LOG文件以后如何查看反应热或键能△H?

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9334#
发表于 Post on 2019-7-19 16:19:41 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-7-19 15:58
老师们好,想问一下开壳层体系   我想让α和β的能量严格相等(在Gauss view中类似单重态那样显示)  然后 ...

已经解决   写ro即可   例如ROB3LYP

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发表于 Post on 2019-7-19 16:59:06 | 只看该作者 Only view this author

请问老师计算金属原子优化遇到问题怎么办

老师您好,请问用高斯,分别计算铁钴镍铜锌原子时发现问题应该怎么办?也没有输出报错信息,其中锌是Normal输出,但是没有优化路径
输入文件为
%mem=2GB
%nproc=1
# opt b3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3

co

0 2
Co                -1.23225810   -0.13548387    0.00000000


输出文件的末尾为
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1382.46059092     A.U. after    1 cycles
            NFock=  1  Conv=0.89D-10     -V/T= 2.0010
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 1.2165 S= 0.7110
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     1.2165,   after     0.7505
Density matrix has only Abelian symmetry.
Density matrix has only Abelian symmetry.
Calling FoFJK, ICntrl=      2127 FMM=F ISym2X=1 I1Cent= 0 IOpClX= 1 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
***** Axes restored to original set *****
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
      1       27          -0.000000000   -0.000000000   -0.000000000
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max     0.000000000 RMS     0.000000000

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Search for a local minimum.
Step number   2 out of a maximum of   20
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Mixed Optimization -- En-DIIS/RFO-DIIS
Swapping is turned off.
Update second derivatives using D2CorN and points    2
The second derivative matrix:
                          X1        Y1        Z1
           X1           0.00000
           Y1           0.00000   0.00000
           Z1           0.00000   0.00000   0.00000
ITU=  0  0
     Eigenvalues ---
En-DIIS/RFO-DIIS IScMMF=        0 using points:     2    1
RFO step:  Lambda=-5.96046448D-09.
RFO step:  ModMin= 1 Lambda=-5.96046448D-09 EMin= 0.00000000D+00
Using NR instead of RFO step for point 1.
RFO step:  ModMin= 1 Lambda=-5.96046448D-09 EMin= 0.00000000D+00
Using NR instead of RFO step for point 2.



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发表于 Post on 2019-7-19 17:43:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-7-19 17:45 编辑

opt是指几何结构优化,一个原子就是一个点,没有几何结构(键长键角二面角),不需要进行结构优化,更无需色散校正。直接算单点即可。对原子进行结构优化,容易暴露不专业性。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2019-7-19 18:36:03 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-7-19 17:43
opt是指几何结构优化,一个原子就是一个点,没有几何结构(键长键角二面角),不需要进行结构优化,更无需 ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-19 22:08:26 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-7-19 16:19
已经解决   写ro即可   例如ROB3LYP

也可以用双正交化,往往是更好的选择
用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448http://bbs.keinsci.com/thread-11377-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-19 22:08:51 | 只看该作者 Only view this author
小名卉卉 发表于 2019-7-19 16:16
在得到LOG文件以后如何查看反应热或键能△H?

不是直接输出的,是自己单独计算的,论坛首页google框搜索,有大把的资料
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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吕安琪 发表于 2019-7-19 14:02
谢谢老师,就是说优化时只能放开固定,才能在进一步频率计算时候消除虚频呗

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dingniu2 发表于 2019-7-19 10:52
谢谢老师,我的意思是VMD中如何改变某两种原子的默认成键距离?

改不了
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black6159 发表于 2019-7-19 09:59
各位老师好,我想请问一下,计算旋光值得时候,添加cphf=rdfreq关键词与不添加的区别在哪里,为什么两种方 ...

没试过,也许是波长无穷大的极限情况,看具体输出
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dingniu2 发表于 2019-7-19 09:15
请问老师,看过“在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法”帖子中,cub MIO等值面数值分别为 ...

默认值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-19 22:21:58 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-7-19 11:30
老师,我读了一篇利用高斯进行ADMP的计算,然后按照其计算精度自己写了个输入文件,但是有几点疑问:1,文 ...

1 算到哪个点,就算哪个点的能量和受力。这和先拟合出势能面再跑动力学是相对的
2 不太建议。=7还可以
3 没明显错误
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发表于 Post on 2019-7-20 09:53:33 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,AIM拓扑分析BCP输出中没有H(r)/ρ(r)与V(r)/G(r),修改settings.ini中的iuserfunc。请问写成iuserfunc=17,35,这样写对吗?17与35之间是用逗号吗?

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