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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-15 20:23:33 | 只看该作者 Only view this author
吃西瓜的佩奇 发表于 2019-7-15 19:48
请问sob老师,我用第一种方法时,优化用了opt=tight int=ultrafine关键词,而频率分析只加了freq,结果还 ...

优化用了ultrafine则freq也必须用ultrafine
文中也说了,freq的时候对收敛限的满足情况不应当是看tight的情况的,而是应当看相对于默认收敛限情况的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-15 20:39:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-15 20:23
优化用了ultrafine则freq也必须用ultrafine
文中也说了,freq的时候对收敛限的满足情况不应当是看tight ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-15 21:02:47 | 只看该作者 Only view this author

高斯错误分析

请问论坛大神们


End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.

End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.





End of Minotr F.D. properties file   721 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file   722 does not exist.
End of Minotr F.D. properties file   788 does not exist.


是什么意思

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发表于 Post on 2019-7-15 21:29:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-15 19:40
不能写成PBE0,仔细看
Gaussian16里用PBE0关键词计算的实际上是PBE0-DH双杂化泛函
http://bbs.keinsci. ...

谢谢老师!可以顺利跑起来啦~

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发表于 Post on 2019-7-15 21:59:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!请问:
加入BSSE计算分子之间的弱相互作用能时,发现相互作用能为正值,这表示什么意思?如何分析分子之间的相互作用能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-15 23:48:48 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-7-15 21:59
老师,您好!请问:
加入BSSE计算分子之间的弱相互作用能时,发现相互作用能为正值,这表示什么意思?如何 ...

说明计算方式不合理,比如没在恰当级别下优化等等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-15 23:49:04 | 只看该作者 Only view this author
hzhxjck 发表于 2019-7-15 21:02
请问论坛大神们

不用管,不是报错。含义开发者清楚,对用户没意义。
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发表于 Post on 2019-7-16 03:07:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-15 19:40
还是照常算结合能

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-16 11:38:09 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算

为什么有的任务(a)算的时间是其他b任务(b)的好几倍
但是任务(a)log文件中只算了3步
其他(b)任务算了20+步

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发表于 Post on 2019-7-16 13:28:08 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2019-7-16 15:24:26 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问计算相互作用能E=E(AB)-E(A)-E(B)时,这里的E(A)和E(B)是读取单个分子优化时得到的单点能,还是通过对优化出来的AB分子在一起的构象分别删去A或B分子后计算A或B的单点能?

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发表于 Post on 2019-7-16 15:52:05 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近在优化激发态S1结构的时候,有一个结构一直在做l914步骤,几十个小时也不下来。其他相似的结构三五个小时就能正常结束。想问下老师这可能是什么原因导致的问题?可以通过什么手段解决?谢谢老师。
输入文件的命令行如下:
# B3LYP/TZVP opt td(nstates=10) em=gd3bj

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发表于 Post on 2019-7-16 16:05:19 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!在对比阅读Gaussian用户手册和Thermochemistry in Gaussian文件时,有一处问题颇感缠绕,没太想通:
一方面,根据Gaussian用户手册,G=H-TS=E(电子)+E(ZPE)+E(vib)+E(rot)+E(trans)+RT-TS;
另一方面,根据Thermochemistry in Gaussian文件G=E(电子)+G(corr)=E(电子)+E(elec)+E(vib)+E(rot)+E(trans)+RT+TS;
则此处E(ZPE)似应等于E(elec),但二者的含义显然不同(“zero-point energy of the molecule” v.s. “internal energy due to electronic motion”),不知道是学生没有将哪个符号的意义理解清楚呢?
谢谢!

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发表于 Post on 2019-7-16 16:17:37 | 只看该作者 Only view this author
老师好!用Gaussian计算有机小分子(结构类似于)的红外光谱,使用
# opt freq b3lyp/6-311+g** EmpiricalDispersion=GD3BJ
正确吗?溴离子是否也应该参与计算?对于IR的计算,m062x的表现会比b3lyp+D3BJ好吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-16 16:34:51 | 只看该作者 Only view this author
hzhxjck 发表于 2019-7-16 11:38
为什么有的任务(a)算的时间是其他b任务(b)的好几倍
但是任务(a)log文件中只算了3步
其他(b)任务 ...

“高斯计算”这种标题是严重违规的,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

你的问题没有任何有效的信息,说不清楚就直接上传压缩后的输出文件来说明
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