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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-18 22:08:07 | 只看该作者 Only view this author
zxxzyxy 发表于 2019-7-17 22:24
老师您好,我想要计算在反应A+B=C+D溶剂模型下的反应的吉布斯自由能,我先计算(1)气相下优化A+B复合物并 ...

第二种方法
因为A+B、C+D都是指的两个分子无穷远离的状态,而非复合物状态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-18 22:27:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 22:08
第二种方法
因为A+B、C+D都是指的两个分子无穷远离的状态,而非复合物状态

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-18 22:48:50 | 只看该作者 Only view this author

固定结构优化后作频率计算出现虚频

各位老师好,我在优化分子结构的时候固定了分子的部分结构,再做频率计算的时候一直有虚频,请问这种固定结构后作频率计算的虚频是不是没有办法消除?出现虚频是不是正常现象?

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发表于 Post on 2019-7-18 22:56:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 21:58
用dynamic bonds方式显示

谢谢老师!还有一个问题请教,密度差绘制帖子没有介绍VMD中绘制过程,http://sobereva.com/483中的脚本哪一个适合在VMD中绘制密度差?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-18 23:27:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-18 22:56
谢谢老师!还有一个问题请教,密度差绘制帖子没有介绍VMD中绘制过程,http://sobereva.com/483中的脚本哪 ...

第5个例子不就是VMD里绘制密度差的例子。用的vmd脚本都是相同的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-18 23:30:14 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2019-7-18 22:48
各位老师好,我在优化分子结构的时候固定了分子的部分结构,再做频率计算的时候一直有虚频,请问这种固定结 ...

做了固定,必然优化不到势能面极小点,自然很可能伴随着虚频。要消除只能放开冻结
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发表于 Post on 2019-7-18 23:31:40 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师回复。

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发表于 Post on 2019-7-19 08:47:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 22:08
第二种方法
因为A+B、C+D都是指的两个分子无穷远离的状态,而非复合物状态

sob老师,在第二种方法,第一步计算气相下自由能,需要比6-311g(d,p)更好的基组吗?如果需要的话,用def2tzvp基组计算可以吗?还有一个问题,计算完气相下自由能+单点能的差值后还需要+溶剂模型下的ZPE吗?

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发表于 Post on 2019-7-19 09:15:12 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,看过“在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法”帖子中,cub MIO等值面数值分别为默认值0.05和-0.05,ubiso 0.015把当前载入的格点数据的正值和负值部分分别设为0.015和-0.015,这个0.015是Isovalue,那么第一步的0.05是什么?谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-7-19 09:59:03 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想请问一下,计算旋光值得时候,添加cphf=rdfreq关键词与不添加的区别在哪里,为什么两种方法计算的旋光值差距很大,如果不添加cphf=rdfreq关键词,按polar=optrot直接计算得出的结果是什么波长下的数值,非常感谢!

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发表于 Post on 2019-7-19 10:06:10 | 只看该作者 Only view this author

求助:DMol3无法计算氢质子能量,有无其他方法

利用DMol3计算氢质子(H+,charge调为1),计算报错如下:ERROR: The total number of electrons is   0.000000000000000E+000   DMol3 can not run for this case.

质子的确没有电子,请问,那么如何计算H+氢质子的能量呢。想在DMol中考察H质子对分子的攻击情况。

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发表于 Post on 2019-7-19 10:09:23 | 只看该作者 Only view this author
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2019-7-19 10:24:27 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-7-19 10:09
http://bbs.keinsci.com/thread-1495-1-1.html老生常谈。

能量为零,感谢

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发表于 Post on 2019-7-19 10:52:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 21:58
用dynamic bonds方式显示

谢谢老师,我的意思是VMD中如何改变某两种原子的默认成键距离?

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发表于 Post on 2019-7-19 11:30:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-7-19 15:46 编辑

老师,我读了一篇利用高斯进行ADMP的计算,然后按照其计算精度自己写了个输入文件,但是有几点疑问:1,文献中on the fly 是什么意思,影响基组在输入文件的书写吗    2,原子数很多时,在admp计算时,是否可以写上关键词scf=conver=6,降低每一步电子收敛精度提高速度吗(计算时发现scf不太容易收敛)?  3,辛苦老师审阅下俺的input.gjf是否有明显的错误,计算模拟的300K温度下的汞吸附。

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文献原文

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input.gjf

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