简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

郭德来 · 发表于 Post on 2020-7-20 10:22:14

sobereva 发表于 2020-7-18 11:08
你都不说节点有多少内存，没法回复

若无特殊情况，节点有多少剩余内存就分配多少

节点内存24GB

郭德来 · 发表于 Post on 2020-7-20 10:26:59

我的反应是丙酰氯和氯自由基反应，生成氯丙酰氯和氯化氢，反应是A+B-----C+D，关于能量的计算我是算E(A+B)呢，还是E(A)+E(B)呢

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-20 10:56:16

郭德来发表于 2020-7-20 10:26
我的反应是丙酰氯和氯自由基反应，生成氯丙酰氯和氯化氢，反应是A+B-----C+D，关于能量的计算我是算E(A+B) ...

以后发帖时不要用“计算单点能”这种不合要求的标题，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

如果计算反应过程的能量变化并且与实验对比，四个物质分开算

郭德来 · 发表于 Post on 2020-7-20 11:02:30

sobereva 发表于 2020-7-20 10:56
以后发帖时不要用“计算单点能”这种不合要求的标题，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.htm ...

好的，谢谢老师，那么我优化时加弥散了，那么，我算单点是不是也必须加弥散

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-7-20 21:07:32

本帖最后由欢乐多于 2020-7-20 21:08 编辑

老师您好，实验发现三氟乙酸和盐酸能够发生下面反应，而乙酸不能发生下面反应，怎么用量子化学解释这种现象？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 00:29:53

郭德来发表于 2020-7-20 11:02
好的，谢谢老师，那么我优化时加弥散了，那么，我算单点是不是也必须加弥散

虽然并不需要统一，但优化都加了，就没有理由对基组要求更高的单点任务不加弥散

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 00:35:29

欢乐多发表于 2020-7-20 21:07
老师您好，实验发现三氟乙酸和盐酸能够发生下面反应，而乙酸不能发生下面反应，怎么用量子化学解释这种现象 ...

如果只是酸性不同导致H+浓度层面的问题，不是靠量子化学解释的。或者说顶多拿量化算一下算的pKa来予以说明

successjiang · 发表于 Post on 2020-7-21 15:02:48

请问（1）分子动力学和分子力学有什么区别么？
（2）我听说分子动力学是解决大尺度体系下用到的模拟分子热运动的方法，是说忽略了粒子的量子性用牛顿力学的方法去解决分子运动的问题么？可BOMD是说用波恩-奥本海默近似来进行分子动力学模拟，可是我查了一下，波恩-奥本海默近似是说解薛定谔方程的时候将核的运动和电子运动分开考虑吧，那这不还是用了量子力学的观点去解决分子动力学的问题么？谢谢大家

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-7-21 21:51:06

老师，您好，Gaussian做优化+振动分析的输出文件显示Elapsed time 为 14 min，而实际时间用30 min，这是怎么回事？

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-7-21 21:56:21

老师，您好，Gaussian 做优化+振动分析的输出文件Elapsed time 显示时间14 min，而实际用时30 min。而跑IRC的Elapsed time与实际用时显示一致，这个是怎么解释？

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-21 21:56:21

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-21 22:00 编辑

欢乐多发表于 2020-7-21 21:51
老师，您好，Gaussian做优化+振动分析的输出文件显示Elapsed time 为 14 min，而实际时间用30 min，这是怎 ...

这是两步任务，最后的Elapsed time是freq的，不包含opt的时间。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 22:16:11

successjiang 发表于 2020-7-21 15:02
请问（1）分子动力学和分子力学有什么区别么？
（2）我听说分子动力学是解决大尺度体系下用到的模拟分子热 ...

当前问题不属于量子化学问题。之后有这类问题请到分子模拟板块发帖问

1 分子力学是对原子间相互作用的描述。分子动力学是模拟技术，研究能量、粒子位置等属性随时间演化。二者不是一个层面上的概念。经典力场的分子动力学就是将分子力学与分子动力学相结合。
2 BO近似下核的量子效应就被忽略了。
严格的量子力学模拟动力学问题叫做量子动力学，核和电子都以量子力学方式考虑。

renxka · 发表于 Post on 2020-7-22 09:01:23

优化二面角出现错误提示：General basis read from cards:  (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbolD
请问怎么解决？

原始输入文件为：
%chk=PPPyDPPT1.chk
%mem=16GB
%nprocshared=8
#p opt=cartesian b3lyp/genecp scf=xqc

Title Card Required

0 1
C                -2.82287700 -0.33748100 0.00147500
C                -3.64861800 0.80559300 -0.01517800
C                -5.02588900 0.66235100 -0.01338000
C                -5.57782300 -0.63658100 0.00556300
N                -4.79535500 -1.73935500 0.02170200
C                -3.47951500 -1.59081800 0.01950100
C                -7.02697700 -0.81997600 0.00819200
C                -8.01977900 0.15864900 -0.00475000
C                -9.29628000 -0.46751100 0.00401600
C                -9.08877400 -1.90500800 0.02325500
N                -7.66630400 -2.05606600 0.02494100
C                -8.22774200 1.59576700 -0.02364900
N                -9.65113300 1.74633900 -0.02513600
C             -10.28843400 0.51096700 -0.00852400
C             -11.74260100 0.32897100 -0.00541200
N             -12.52102300 1.42895900 -0.01919700
C             -13.84341100 1.27060300 -0.01645800
C             -14.49688400 0.03076800 -0.00010300
C             -13.67503300 -1.10350900 0.01414200
C             -12.29310700 -0.96884100 0.01167000
C             -15.99967800 -0.06768900 0.00197200
O                -7.45840200 2.55446500 -0.03673500
O                -9.85878400 -2.86317600 0.03612500
C                -7.09496500 -3.39845000 0.04243000
C             -10.22318700 3.08854900 -0.04311400
H                -3.20101000 1.79407700 -0.02914200
H                -5.67351300 1.53418900 -0.02595000
H                -2.88622100 -2.50320000 0.03254400
H             -14.43188000 2.18814500 -0.02800200
H             -14.11761400 -2.09665600 0.02723300
H             -11.64675000 -1.84156600 0.02269600
H             -16.46409200 0.92215600 -0.01110400
H             -16.36272600 -0.62083800 -0.87179800
H             -16.36184600 -0.59712300 0.89067500
H                -6.47698500 -3.57461500 -0.83881200
H                -6.47730800 -3.55178500 0.92814700
H                -7.94463300 -4.08247400 0.05111800
H             -10.84199600 3.24021000 -0.92821100
H             -10.84102500 3.26430000 0.83820100
H                -9.37402800 3.77319000 -0.05292300
Zn                4.68010900 0.07045200 -0.00031300
N                3.14301900 1.45693100 -0.00224200
C                3.27445500 2.82807900 -0.05236800
C                1.80327000 1.18151300 -0.03169700
C                1.96010800 3.42870000 -0.12565500
C                1.05353600 2.41187500 -0.10622900
H                1.76428200 4.48815700 -0.19044900
H                -0.02351300 2.47838100 -0.14872100
N                6.05845100 1.61355600 -0.03569700
C                5.78353800 2.96072400 -0.01851600
C                7.42259500 1.48184000 0.00476700
C                7.02445300 3.70050200 0.04775200
C                8.03525000 2.78587900 0.05577800
H                7.10835000 4.77573700 0.09258000
H                9.09910600 2.96623100 0.10149100
N                6.21649100 -1.31545000 0.03517100
C                6.08813200 -2.68440200 0.01968800
C                7.55857200 -1.03778600 -0.00494700
C                7.40148900 -3.28650100 -0.04437800
C                8.30801300 -2.26844800 -0.05319400
H                7.60063400 -4.34656900 -0.08673700
H                9.38519400 -2.33337300 -0.09637400
N                3.30107300 -1.47345700 0.00249600
C                3.57935000 -2.82245600 0.05251000
C                1.93945300 -1.34377400 0.03165600
C                2.33731800 -3.56109500 0.12510800
C                1.32654800 -2.64773500 0.10572800
H                2.25681400 -4.63552900 0.18940100
H                0.26288200 -2.82973500 0.14785500
C                4.49298800 3.53978500 -0.04458500
C                1.22551200 -0.11597400 0.00002200
C                -0.19226800 -0.19227100 0.00027800
C                -1.41071700 -0.25506500 0.00066600
C                4.86737700 -3.39884400 0.04547200
C                8.13573000 0.25683000 -0.00085300
C                9.56234100 0.33390200 -0.00301400
C                10.77442900 0.39954900 -0.00560600
C                12.23081100 0.47823400 -0.00805100
H                12.63400500 0.43682000 1.01075400
H                12.67114500 -0.35126700 -0.57279700
H                12.57654500 1.41241200 -0.46462200
C                4.93678800 -4.88233100 0.05889900
C                4.56349900 -5.75803900 -0.92864000
S                5.49819600 -5.76681800 1.46639000
C                4.72723800 -7.14146900 -0.58736100
H                4.18693000 -5.41963300 -1.88845100
C                5.22345600 -7.28855600 0.68098800
H                5.44730600 -8.21133400 1.19979900
C                4.40227100 5.02203000 -0.05763500
C                3.93257200 5.85199000 0.92829900
S                4.87051500 5.96250300 -1.46295900
C                3.94713000 7.24507900 0.58750400
H                3.59086700 5.47459900 1.88661400
C                4.42961900 7.44532200 -0.67886600
H                4.55424600 8.38700100 -1.19702800
C                4.39769100 -8.27844500 -1.51720600
H                4.59763000 -9.24560500 -1.04846400
H                3.34177500 -8.26039500 -1.81111700
H                4.98911700 -8.22390500 -2.43858300
C                3.49262600 8.33940100 1.51581200
H                3.58796300 9.32257500 1.04745400
H                2.44387400 8.20664800 1.80586700
H                4.08317900 8.34934000 2.43931300

D 2 1 73 72 S 18 10.000000

C H N S O 0
6-31g(d,p)
****
Zn 0
lanl2dz
****

Zn 0
lanl2dz

snljty · 发表于 Post on 2020-7-22 10:08:03

renxka 发表于 2020-7-22 09:01
优化二面角出现错误提示：General basis read from cards: (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbolD
请 ...

基组和赝势挪到扫描变量的前面试试。
不要用LanL2DZ，这个基组太菜。

阿di达思 · 发表于 Post on 2020-7-23 14:52:40

本帖最后由阿di达思于 2020-12-11 14:13 编辑

请问老师：算不同过渡金属与有机分子的作用，应根据高斯输出文件中的哪个参数来判断哪种金属效果更好？

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