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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-7-14 21:14:08 | 只看该作者 Only view this author
请问,Gaussian View手动搭建好初始的模型后,在正式跑较高精度量化程序优化之前,有没有好的方法对它进行一个粗略的预优化?来使得手动搭建的结构更合理化,以减少正式跑量化程序的优化时间?我知道Clean可以做到这一点,clean的原理是什么呢?而且有时候clean完之后的结构很怪,感觉还不如不clean。除此之外,是否还有更可靠的方法做到这一点,具体是如何实现的?谢谢大家。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-15 08:39:40 | 只看该作者 Only view this author
successjiang 发表于 2020-7-14 21:14
请问,Gaussian View手动搭建好初始的模型后,在正式跑较高精度量化程序优化之前,有没有好的方法对它进行 ...

用半经验或者xtb啊
想图更便宜用Gaussian做UFF力场的优化

clean是基于非常垃圾的力场做的粗略优化,结果离谱的情况非常多,所以别盲目用那个。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-15 08:40:50 | 只看该作者 Only view this author
逸风舞摆 发表于 2020-7-14 18:35
现在想计算随着两个阴离子距离的变化,它们之间能量是如何变化的?请问,用什么程序比较好,Gaussian的DFT ...

Gaussian或ORCA
对精度要求不特高就用DFT

做法看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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发表于 Post on 2020-7-15 09:35:49 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我试图想用Gaussian软件做H2分子在Fe表面的吸附,Fe的表面构建想采用构建团簇的方式进行,请问用PBE0/SDD/6-311G**级别的计算是否合理,如果合理的话自洽场很难收敛的问题应该怎么解决,我试图用了sob老师关于自洽场收敛的关键词中的scf=novaracc,scf=noincfock,和scf=vshift=x

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发表于 Post on 2020-7-15 11:09:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-15 08:39
用半经验或者xtb啊
想图更便宜用Gaussian做UFF力场的优化

谢谢sob老师,我看到您在另一篇贴文里面也提到了UFF预先优化。可以通过设置Gaussian View的Calculation scheme来很方便的实现。我想请问,UFF的关键词设置#p UFF=qeq opt geom=connectivity就可以了么?这个设置是通用的么?

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发表于 Post on 2020-7-15 12:32:15 | 只看该作者 Only view this author
请问用自己的笔记本i7-9750H的CPU(6核12线程),8G的内存,用Linux的Gaussian 09E01 B3LYP/6-31+G**做30个原子左右的结构优化,之后按照社长博文的方法做福井函数,同是6核心的情况下,我现在只能给4G的内存,如果再加一个8G的内存条,把计算时给的内存提升到12G是否会加快速度减少时间呢,毕竟自己的本子时间长了也心疼。因为现在组里没有工作站,我也是第一个想要做这方面的,所以只能先用自己的笔记本电脑跑一跑,做成了才能要求老师买个工作站。
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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发表于 Post on 2020-7-15 12:33:54 | 只看该作者 Only view this author
您好,各位老师,计算化合反应298K~1000K内的反应速率常数,可以用Gaussian或MS算吗?
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发表于 Post on 2020-7-15 13:28:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有一个问题一直以来都困扰着我,当我们设计一个未知的团簇时,需要寻找异构体和过渡态,从而确定未知团簇的基态结构与稳定性。另外,通过文献的学习,我发现ADMP也可以判断一个结构的稳定性。因此,我有如下几个问题:
1.对于所设计的团簇,如果我们没有确定它是不是热力学最稳定的结构,但ADMP证明它在各种温度下都是稳定的,那这样的情况下研究材料的应用性有意义吗?
2. 当我们做了全局搜索后,有时候会找不到某个过渡态,能不能使用ADMP确定它是否稳定呢?如果在模拟的过程中不容易转化成为别的构型,能不能说明该材料足够稳定而不做过渡态呢?
3.模拟时我看文献中最多研究2000fs,如果真的可以通过ADMP去判断,审稿人会质疑所研究的时间短,不足以证明材料真实的稳定性吗?

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发表于 Post on 2020-7-15 14:41:57 | 只看该作者 Only view this author
请教老师们一个问题,我想算两个分子片的相互作用能,将两个分子片内部原子冻结,但是两个片段之间的距离等坐标可以优化,这个用Gaussian怎么算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 08:11:02 | 只看该作者 Only view this author
小磊磊爱无机 发表于 2020-7-15 14:41
请教老师们一个问题,我想算两个分子片的相互作用能,将两个分子片内部原子冻结,但是两个片段之间的距离等 ...

Gaussian没法令片段为刚性。ORCA可以实现
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 08:12:14 | 只看该作者 Only view this author
Yan_njit 发表于 2020-7-15 12:33
您好,各位老师,计算化合反应298K~1000K内的反应速率常数,可以用Gaussian或MS算吗?

M$算这个是垃圾中的垃圾。能算分子体系的主要就是Dmol3,有多差劲这里写得没法更清楚了http://sobereva.com/508

Gaussian显然可以

用Shermo基于Gaussian输出文件计算不同温度的自由能垒代入我的算k的Excel表格就完了,仔细看了就懂了:
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 08:14:35 | 只看该作者 Only view this author
崔振莹 发表于 2020-7-15 09:35
请问sob老师,我试图想用Gaussian软件做H2分子在Fe表面的吸附,Fe的表面构建想采用构建团簇的方式进行,请 ...

如果是物理吸附,必须加色散校正

没有可补充的
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 08:14:52 | 只看该作者 Only view this author
successjiang 发表于 2020-7-15 11:09
谢谢sob老师,我看到您在另一篇贴文里面也提到了UFF预先优化。可以通过设置Gaussian View的Calculation s ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 08:16:21 | 只看该作者 Only view this author
ChemG 发表于 2020-7-15 12:32
请问用自己的笔记本i7-9750H的CPU(6核12线程),8G的内存,用Linux的Gaussian 09E01 B3LYP/6-31+G**做30个 ...

若无必要甭加弥散函数,纯粹瞎浪费时间,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

加内存对普通泛函做优化的速度没帮助,仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html
对于此类任务,内存大小只影响能不能跑,只要能跑,加多大都一样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-16 08:22:47 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2020-7-15 13:28
sob老师,有一个问题一直以来都困扰着我,当我们设计一个未知的团簇时,需要寻找异构体和过渡态,从而确定 ...

不要去刻意强调ADMP,ADMP只是AIMD当中并不流行的一种,Gaussian中的ADMP的局限性非常大,连个像样的热浴都没有。

1、2 有限的模拟条件下AIMD只能判断很短暂时间内的动力学稳定性。而且实际AIMD模拟的时间尺度很有限,更没法以此确定是不是热力学最稳定的。热力学最稳定需要通过genmer+molclus、xtb退火+molclus、USPEX等方式做团簇构型搜索。所以AIMD只能对应用性提供一定的信息
3 可能会。目前模拟十几甚至几十ps并没多大难度。跑到十几ps而且模拟方式得当的话一般不会有人说什么。

顺带一提,这篇文章里我通过AIMD论证了18碳环的动力学稳定性
一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章
http://sobereva.com/524http://bbs.keinsci.com/thread-15792-1-1.html
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