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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-7-16 08:46:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-16 08:12
M$算这个是垃圾中的垃圾。能算分子体系的主要就是Dmol3,有多差劲这里写得没法更清楚了http://sobereva.c ...

非常感谢sob老师的指导!
Just for love

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发表于 Post on 2020-7-16 10:00:51 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,xtb计算出来的能量是传统意义上的零点能还是像半经验方法一样是生成热

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发表于 Post on 2020-7-16 10:49:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-16 08:16
若无必要甭加弥散函数,纯粹瞎浪费时间,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
...

感谢sob老师的指导,只是看到别人文献里这么做我就想着跟他一样了,看来最重要的还是补足基础,不能人云亦云。
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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发表于 Post on 2020-7-16 14:04:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-16 08:14
如果是物理吸附,必须加色散校正

没有可补充的

好的老师,谢谢老师,那我再反复试一试

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发表于 Post on 2020-7-16 14:57:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jslo 于 2020-7-16 15:14 编辑

老师,您在《DFT交换相关泛函库的使用方法》(http://sobereva.com/211)中说到:
“特别注意的是libxc定义交换相关能的形式为E_xc=∫ρ*ε(ρ(r),σ(r))dr,给出的泛函值是ε项而非积分号里的整体,因此还需要再乘以ρ才和Density functional repository给出的泛函值一致。但libxc对泛函的导数的定义和Density functional repository则完全一样,数值能直接对应。”

这是怎么得到的?我查找了libxc官网的手册没有这方面的介绍,不知道自己应该去哪里找到这些详细的信息。另外,在4.3.x网站手册中说到:

where
\epsilonϵ is the energy per unit volume.

这是不是说明4.3.x版本输出的泛函值是积分括号里的整体了?
谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-7-16 16:08:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-11 12:28
这里有详述
DFT交换相关泛函库的使用方法
http://sobereva.com/211

老师,我看了这篇文章,以及CPL,199,557,都是直接说Exc依赖于σ,而不是▽ρ,使用σ代替▽ρ有什么优点?

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发表于 Post on 2020-7-16 16:25:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-16 08:22
不要去刻意强调ADMP,ADMP只是AIMD当中并不流行的一种,Gaussian中的ADMP的局限性非常大,连个像样的热浴 ...

十分感谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-17 09:45:01 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2020-7-16 10:00
请问sob老师,xtb计算出来的能量是传统意义上的零点能还是像半经验方法一样是生成热

传统。
但注意xtb忽略了内核电子,所以和一般计算的能量数量级相差很大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-17 09:53:28 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-7-16 16:08
老师,我看了这篇文章,以及CPL,199,557,都是直接说Exc依赖于σ,而不是▽ρ,使用σ代替▽ρ有什么优点 ...

σ是无量纲的。
XC泛函里经常有指数、三角函数等,里面的变量必须是无量纲的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-17 09:54:11 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-7-16 14:57
老师,您在《DFT交换相关泛函库的使用方法》(http://sobereva.com/211)中说到:
“特别注意的是libxc定 ...

写个Becke积分代码,直接做个全空间积分,看看是否和现有量化程序算的交换/相关能对上便知libxc给出的是什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-7-17 11:14:41 | 只看该作者 Only view this author

关于超算计算内存设置

%nprocshared=64
%mem=24GB
我应该设置单节点24GB呢还是写120GB呢

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发表于 Post on 2020-7-17 11:32:01 | 只看该作者 Only view this author
取决于你总共有多少内存

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发表于 Post on 2020-7-17 23:52:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-17 09:54
写个Becke积分代码,直接做个全空间积分,看看是否和现有量化程序算的交换/相关能对上便知libxc给出的是 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-7-17 23:55:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-17 09:53
σ是无量纲的。
XC泛函里经常有指数、三角函数等,里面的变量必须是无量纲的

明白啦,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-7-18 10:05:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问在做DFT计算时,在求解方程和求解能量时用到的都是交换相关势和轨道的积分,并且比直接计算交换相关势的值更简单(可以通过分部积分去掉一些高阶梯度),为什么要求交换相关势的值?

本版积分规则 Credits rule

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