简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-7-27 00:48:08

ljk 发表于 2020-7-27 00:45
装虚拟机再装linux吗？

直接搜WSL2，按照微软官方的指点装，完了选个发行版，一般是ubuntu，然后一切正常
用的是win的文件系统，/home在C盘某个文件夹里，无所谓不用管，正常的C盘D盘在/mnt/c/和/mnt/d/这样的目录里面，会用linux的话很快就能上手了，比一般的虚拟机效率高不少。

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-7-27 01:11:49

老师，您好，附件是一个分子的两个构象（1与2），1与2构象互变（8-10键旋转）的过程是否有过渡态？
1，http://bbs.keinsci.com/thread-2388-3-1.html阅读该贴，通过gentor旋转8-10键180度，产生的结构逐一进行优化，其中能量最高结构作为过渡态初猜。
2，这种没有旧键断裂新键生成的过渡态文件怎么输入，一般的过渡态关键词opt=(calcfc,ts,noeigen)等是否适用？是否需要添加其他关键词吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-7-27 02:59:22

欢乐多发表于 2020-7-27 01:11
老师，您好，附件是一个分子的两个构象（1与2），1与2构象互变（8-10键旋转）的过程是否有过渡态？
1，htt ...

就用扫描得到的最高能量的结构作初猜结构，正常优化过渡态即可

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-27 04:36:32

ljk 发表于 2020-7-27 00:03
我的电脑16GB 6核12线程
INPUT：
%mem=200MW

“Windows版本gaussian09只能设置200mw内存”这是严重的误解。要分清楚32bit和64bit，认真看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-27 04:39:26

xiaobchine 发表于 2020-7-26 23:06
这是输入文件：
%nprocshared=16
%chk=I-anion.chk

一个原子根本没有可以被优化的变量，显然会报错，这是最基本常识

此问题你分成两步做更是完全莫名其妙

阴离子算能量必须带弥散函数，因此你当前的计算根本没有实际意义，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-27 04:40:45

dingniu2 发表于 2020-7-26 23:51
请问老师，平时做高斯计算，可以一次写很多个gjf文件，将文件名写到一个bat文件里，例如：
g16 1.gjf
g16 ...

当然得cd进入相应目录下再运行xtb

参考此文脚本里的folder_runall.sh
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258（http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-27 04:42:34

欢乐多发表于 2020-7-27 01:11
老师，您好，附件是一个分子的两个构象（1与2），1与2构象互变（8-10键旋转）的过程是否有过渡态？
1，htt ...

拿个便宜的级别比如PM7或PM6D3，做个二面角旋转的柔性扫描，其中如果出现了极大点，尝试当过渡态初猜，照常搜索过渡态。半经验这种便宜级别找到过渡态之后，再用其结构当初始结构，用DFT进一步优化得到更精确的TS

ljk · 发表于 Post on 2020-7-27 09:08:10

sobereva 发表于 2020-7-27 04:36
“Windows版本gaussian09只能设置200mw内存”这是严重的误解。要分清楚32bit和64bit，认真看此文
Gaussi ...

我按照链接所说，设置Default.Rou文件，它本是空白的，填写资源配置后，就报错，

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-7-27 10:05:19

sobereva 发表于 2020-7-27 04:40
当然得cd进入相应目录下再运行xtb

参考此文脚本里的folder_runall.sh

谢谢老师，平时用nohup xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > 1.out 2>&1 &提交单个xtb任务，我将批量提交的脚本改成：
#!/bin/bash
shopt -s nullglob
for i in `ls -F |grep /`
do
cd $i
for inf in *.xyz
do
echo Running ${inf} ...
time xtb < ${inf} > ${inf//xyz/out} --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight
echo ${inf} has finished
echo
done
cd ..
done
还是不能运行，请问老师是不是哪里改错了，谢谢老师！！！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-28 05:37:13

ljk 发表于 2020-7-27 09:08
我按照链接所说，设置Default.Rou文件，它本是空白的，填写资源配置后，就报错，

明显是你填的内容不当

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-28 05:38:41

dingniu2 发表于 2020-7-27 10:05
谢谢老师，平时用nohup xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > 1.out 2>&1 &提交单个x ...

我对远程提交的事不清楚。先确保脚本在单机上能正常运行

winnerwill · 发表于 Post on 2020-7-28 06:15:11

dingniu2 发表于 2020-7-27 10:05
谢谢老师，平时用nohup xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > 1.out 2>&1 &提交单个x ...

脚本的计算命令跟平时用的命令顺序是一致的。
把这一行time xtb < ${inf} > ${inf//xyz/out} --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight
改成：
time xtb ${inf} --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > ${inf%.*}.out

另外for 循环之前可以考虑加环境变量如：
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=${OMP_NUM_THREADS}
ulimit -s unlimited
环境变量可以根据自己资源情况修改

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-7-28 11:46:50

sobereva 发表于 2020-7-28 05:38
我对远程提交的事不清楚。先确保脚本在单机上能正常运行

谢谢老师！

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-7-28 11:48:15

winnerwill 发表于 2020-7-28 06:15
脚本的计算命令跟平时用的命令顺序是一致的。
把这一行time xtb < ${inf} > ${inf//xyz/out} --chrg 0 - ...

非常感谢，真的可以了！！！谢谢！！！

函数与激情 · 发表于 Post on 2020-7-28 17:04:39

Sob老师，对于有机小分子来说，由于np态跃迁禁阻，那么荧光/磷光的发射态是否一定是pp态呢？如果S1是np态，S2是pp态，那么荧光一定是从pp态往下发射吗？

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