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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 11:08:03 | 只看该作者 Only view this author
郭德来 发表于 2020-7-17 11:14
%nprocshared=64
%mem=24GB
我应该设置单节点24GB呢还是写120GB呢

你都不说节点有多少内存,没法回复

若无特殊情况,节点有多少剩余内存就分配多少
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 11:11:45 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-7-18 10:05
老师,请问在做DFT计算时,在求解方程和求解能量时用到的都是交换相关势和轨道的积分,并且比直接计算交换 ...

看不懂你的问题
DFT计算细节在CPL, 199, 557都有详细说明
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发表于 Post on 2020-7-18 18:37:39 | 只看该作者 Only view this author

高斯模拟结构金属与有机化合物之间的相互作用

我们想要模拟金属于有机化合物之间发生怎么样的相互作用,比如铁和苯环,该用什么样的算法和基组呢?老板交给我的任务,不是专业搞计算的,请假各位大神

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 19:13:08 | 只看该作者 Only view this author
Kristen0223 发表于 2020-7-18 18:37
我们想要模拟金属于有机化合物之间发生怎么样的相互作用,比如铁和苯环,该用什么样的算法和基组呢?老板交 ...

仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
当前属于文中说的配合物计算类型

基组选择:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

要求不高的话TPSSh泛函,过渡金属SDD,其它6-311G*就还可以,想要更高精度或更便宜的话仔细看上面的文章。
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发表于 Post on 2020-7-18 21:08:22 | 只看该作者 Only view this author

求助帖:关于自选多重度的判定

在查询一些资料时看到关于未知结构的自选多重度的判定往往需要计算1,3,5,7或0,2,4,6,8等多种情况下的电子能量,选择其中能量最低的自旋多重度为最终结果。
而Gausss计算得到的电子能量往往是带负号的,比如我得到HF=-1267.695668与HF=-1267.562231。那么这种情况下我该考虑绝对值最小还是带负号的最小。

我的分子结构如下,若有老师能直接指出该结构的自选多重度也请出手相助。


TIM截图20200718210731.jpg (59.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

TIM截图20200718210731.jpg

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发表于 Post on 2020-7-18 21:10:57 | 只看该作者 Only view this author
带符号比较。

自旋多重度不可能是0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 22:48:35 | 只看该作者 Only view this author
注意正确拼写Gaussian

显然要带着符号对比
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发表于 Post on 2020-7-19 03:34:28 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在计算催化剂表面,气体小分子的吸附与分解过程的过渡态时碰到一个问题:

固定了催化剂表面原子时,可以很容易的得到气体小分子分解的过渡态,且虚频大小合适,方向正确;可一旦我在此基础上放开表面原子重算过渡态时,优化的方向/结构的变化就总是向着非预期的情况进行,并频繁碰到SCF不收敛的问题。目前我已尝试过加上opt=readfc,guess=read从之前固定原子结果的chk文件中读取Hessian矩阵和波函数,并将优化的步长减小到3,但仍然无法解决这一问题。

因为感觉实在没辙了,所以想再请教一下Sob老师,看看是否还有什么其他的思路或方法呢?麻烦您了。
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2020-7-19 09:34:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-18 22:48
注意正确拼写Gaussian

显然要带着符号对比

谢谢Sob老师指正

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发表于 Post on 2020-7-19 09:34:52 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-7-18 21:10
带符号比较。

自旋多重度不可能是0

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-7-19 12:05:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-18 11:11
看不懂你的问题
DFT计算细节在CPL, 199, 557都有详细说明

不好意思,是我描述的有点混乱了。multiwfn的DFTxcpot_close(x,y,z)里计算了交换相关势的值,计算出这个值的用意是什么?仅仅是为了输出比对吗?因为如果要求解dft方程和能量,那直接计算积分∫φi*φj*Vxc dr不是更加简单吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-19 12:34:25 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-7-19 03:34
Sob老师,我在计算催化剂表面,气体小分子的吸附与分解过程的过渡态时碰到一个问题:

固定了催化剂表面 ...

没细节不好说。加上recalc=3试试,也试试scf=conver先凑合降到6,结构收敛之后再用默认的标准refine一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-19 12:37:22 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-7-19 12:05
不好意思,是我描述的有点混乱了。multiwfn的DFTxcpot_close(x,y,z)里计算了交换相关势的值,计算出这个 ...

Multiwfn的那个功能是纯粹用于理论研究,研究势的特征,和实际做DFT计算的时候目的完全不同
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发表于 Post on 2020-7-19 22:09:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我目前在做NO气体分子在简化石墨烯模型边缘的吸附,该反应存在过渡态,请问这个双分子反应吸附过程的自由能垒应该如何计算?请问是这个式子吗:“自由能垒=G(TS)-G(NO)-G(石墨烯)”?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-20 02:14:08 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-7-19 22:09
sob老师您好,我目前在做NO气体分子在简化石墨烯模型边缘的吸附,该反应存在过渡态,请问这个双分子反应吸 ...

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