计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125416

管理员

公社社长

11536#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-18 09:15:02 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-8-17 21:47
我用的是ORCA4.2.0,cmder1.3.14.982,我用电脑自带的cmd命令行计算时没有问题,但用cmder计算就出现下面问 ...

alias明显没设对,你把orca命令指向了一个目录,而不是一个可执行文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

110

帖子

0

威望

1136

eV
积分
1246

Level 4 (黑子)

11537#
发表于 Post on 2020-8-19 10:27:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-17 20:16
提问前先用论坛首页google框搜索

老生常谈的问题

老师您好,之前Erroneous Write的报错,看来相关帖子之后以为是磁盘容量不足,就清理了一下以前的计算文件,但是后面在磁盘容量足够的情况下,还是出现Erroneous Write的报错,请问老师还可能是什么原因呢。

1万

帖子

0

威望

9929

eV
积分
22210

Level 6 (一方通行)

11538#
发表于 Post on 2020-8-19 14:10:17 | 只看该作者 Only view this author
CXDALE 发表于 2020-8-11 19:02
请教各位老师,如何计算开环过程中的键解离能?我现在想计算图中C7-O1键断裂的BDE,该如何操作?谢谢!

你是要算这个键解离反应的反应能,还是单算键解离反应里面这根键的断裂对反应能的贡献?
因为你这是分子内断键反应,断键不可避免会涉及到其他键长键角二面角的变化,所以单说个BDE不是太well-defined。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9929

eV
积分
22210

Level 6 (一方通行)

11539#
发表于 Post on 2020-8-19 14:13:14 | 只看该作者 Only view this author
蒋小乐 发表于 2020-8-11 18:47
老师,你好,我用molclus做氧化铝的团簇,在优化两个氧化铝分子形成的团簇时,运行isomer.exe后,得到的其 ...

你用DFT了吗?这种体系即使不用DFT,最少也得用半经验方法,否则结果毫无参考价值。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

11540#
发表于 Post on 2020-8-19 16:42:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问:vasp做分子动力学时isif=2,结果原子乱跑,这该怎么办?调整什么参数呢

54

帖子

0

威望

879

eV
积分
933

Level 4 (黑子)

11541#
发表于 Post on 2020-8-19 21:58:49 | 只看该作者 Only view this author
请问用origin作图,怎么设置不均匀坐标,比如我0-700的纵坐标,数据主要集中在400-600,怎么将0-400折叠起来,或者是坐标间距小一点。

15

帖子

0

威望

476

eV
积分
491

Level 3 能力者

11542#
发表于 Post on 2020-8-21 09:14:16 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问一下,像MnO2、V2O5、TiO2等过渡金属氧化物是否属于过渡金属团簇或者过渡金属簇合物(Transition Metal Cluster or Metal cluster compound),我在维基百科(https://en.wikipedia.org/wiki/Metal_cluster_compound)上查的结果是,Fe-S clusters是过渡金属簇合物,那么外推MnO2应该也是过渡金属簇合物吧。
两家各生子,提孩巧相如。
少长聚嬉戏,不殊同队鱼。
年至十二三,头角稍相疏。
二十渐乖张,清沟映污渠。
三十骨骼成,乃一龙一猪

29

帖子

0

威望

3312

eV
积分
3341

Level 5 (御坂)

11543#
发表于 Post on 2020-8-23 08:47:56 | 只看该作者 Only view this author
老师请问,自旋多重度为1的中性分子通过UDFT得到T1结构,基于该T1结构利用optDFTw计算w时,template中自旋多重度该如何设置,仍然写1吗,谢谢。

1万

帖子

0

威望

9929

eV
积分
22210

Level 6 (一方通行)

11544#
发表于 Post on 2020-8-26 14:04:52 | 只看该作者 Only view this author
斯卡姆 发表于 2020-8-21 09:14
老师,请问一下,像MnO2、V2O5、TiO2等过渡金属氧化物是否属于过渡金属团簇或者过渡金属簇合物(Transition ...

你讨论的是固体MnO2还是气相的孤立MnO2分子?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

11545#
发表于 Post on 2020-8-26 23:26:11 | 只看该作者 Only view this author
请问,使用ms建模时,如何将晶体结构移动到盒子的中心呀?

32

帖子

0

威望

682

eV
积分
714

Level 4 (黑子)

11546#
发表于 Post on 2020-8-27 12:46:47 | 只看该作者 Only view this author
在高斯中计算MK电荷时,可以用Dipole和AtomDipole选项拟合偶极矩和在原子中心拟合点偶极。请问同时拟合这两项对MK电荷的质量有提升吗,或者说对静电势的反映,对分子间静电作用的描述有提升吗?

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

11547#
发表于 Post on 2020-8-27 12:57:25 | 只看该作者 Only view this author
请问大家,使用vasp做分子动力学,已经跑了2000步,步长为1fs,vasp作业已正常停止并已经保存为XDATCAR。可发现2000步不够,总共需要3000步,是需要再重新跑MD,将nsw设置为3000吗?还是说可以在前面计算的2000步的基础上继续算?如何算呢?

273

帖子

0

威望

4430

eV
积分
4703

Level 6 (一方通行)

11548#
发表于 Post on 2020-8-27 14:48:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用高斯进行一个比较大的分子的CASSCF优化,SCF收敛限10 -8实在难以收敛,优化中可以将收敛限降到10-6次方不知道可以吗?我在论坛中看到您之前回答过单行列式方法SCF收敛限必须到10-8,不知道CASSCF可否稍微宽松点呢?

29

帖子

0

威望

197

eV
积分
226

Level 3 能力者

11549#
发表于 Post on 2020-8-27 16:54:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想通过gaussian计算如图所示的反应循环,这里面的Mg单质在gaussian中应该以什么形式进行表示,第一次接触这种类型的不是很懂。
需要用VASP计算出最适合的晶型,之后在用gaussian进行编辑吗?还是需要别的办法。因为我觉得不会只是对一个镁原子进行DFT计算。
希望老师指导,谢谢老师。

559

帖子

0

威望

6228

eV
积分
6787

Level 6 (一方通行)

11550#
发表于 Post on 2020-8-27 20:45:11 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,之前写过赝势基组和普通基组混合情况,命令行用b3lyp/genecp,坐标最后空一行写
Ru 0
SDD
****
C H O 0
6-31G(d,p)
****

Ru 0
SDD
现在的体系只有几个Ru原子,没有其他原子,想用SDD,在命令行写b3lyp/SDD,坐标后面什么也不加,这样做对吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-3-8 13:25 , Processed in 0.226313 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list