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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-8-11 09:48:50 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2020-8-9 22:09
高斯中,defTZVP写作TZVP,而def2TZVP一致。

谢谢您的回答,我认真学习关键词写法

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发表于 Post on 2020-8-11 18:47:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好,我用molclus做氧化铝的团簇,在优化两个氧化铝分子形成的团簇时,运行isomer.exe后,得到的其中一个结构如图一所示;文献中所用的方法为遗传算法和DFT,得到的结构如图二所示;为什么我得到的结构是两个独立分开的氧化铝分子,而别人得到的是各个原子相结合成键后的结构?

图二.png (55.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

文献里的

文献里的

图一.png (12.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

molclus优化后

molclus优化后

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发表于 Post on 2020-8-11 19:02:21 | 只看该作者 Only view this author

开环过程如何计算键解离能

请教各位老师,如何计算开环过程中的键解离能?我现在想计算图中C7-O1键断裂的BDE,该如何操作?谢谢!

tw.png (74.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

tw.png

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发表于 Post on 2020-8-11 19:28:42 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-12 07:34:37 | 只看该作者 Only view this author
CXDALE 发表于 2020-8-11 19:02
请教各位老师,如何计算开环过程中的键解离能?我现在想计算图中C7-O1键断裂的BDE,该如何操作?谢谢!

提问前先用论坛首页google框搜索,诸如“开环 解离能”,一搜就能找到相关帖子比如http://bbs.keinsci.com/thread-18738-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-12 07:35:38 | 只看该作者 Only view this author
蒋小乐 发表于 2020-8-11 18:47
老师,你好,我用molclus做氧化铝的团簇,在优化两个氧化铝分子形成的团簇时,运行isomer.exe后,得到的其 ...

没有叫做isomer.exe的程序
说明考虑的初猜数目太少,该得到的没得到,也可能genmer的设置不当,诸如用的是范德华半径而不是共价半径,导致初始结构AlO彼此离得太远
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-8-12 09:15:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-12 07:35
没有叫做isomer.exe的程序
说明考虑的初猜数目太少,该得到的没得到,也可能genmer的设置不当,诸如用的 ...

好的谢谢老师,是isostat.exe,我写错了;我根据您的建议再试试。

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发表于 Post on 2020-8-13 10:43:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-12 07:34
提问前先用论坛首页google框搜索,诸如“开环 解离能”,一搜就能找到相关帖子比如http://bbs.keinsci.co ...

好的,谢谢老师,下次注意

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发表于 Post on 2020-8-13 10:44:14 | 只看该作者 Only view this author
thanhtam 发表于 2020-8-11 19:28
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好的 谢谢

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发表于 Post on 2020-8-13 15:17:55 | 只看该作者 Only view this author
老师好!用B3LYP/6-31G*做“opt freq scale=ZPE校正因子”计算得到ZPE,这个ZPE从哪读取?

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发表于 Post on 2020-8-14 08:25:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用二氧化钛分子去吸附污染物的时候,这时候用b3lyp还是M062X优化更合适,是根据污染物还是吸附剂来确定优化方法的呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2020-8-14 09:12:44 | 只看该作者 Only view this author
白雪少年 发表于 2020-8-14 08:25
请问老师,用二氧化钛分子去吸附污染物的时候,这时候用b3lyp还是M062X优化更合适,是根据污染物还是吸附剂 ...

B3LYP,你可以参考这个文献
Chem. Eur. J. 2020, 26, 2666
跟你做的东西差不多,用Gaussian算的,M062X不应该用于过渡金属参与的反应

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-14 09:47:17 | 只看该作者 Only view this author
白雪少年 发表于 2020-8-14 08:25
请问老师,用二氧化钛分子去吸附污染物的时候,这时候用b3lyp还是M062X优化更合适,是根据污染物还是吸附剂 ...

这里说了,含过渡金属的体系一般不要用M06-2X,特别是过渡金属直接参与反应的情况
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-14 09:48:05 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-8-13 15:17
老师好!用B3LYP/6-31G*做“opt freq scale=ZPE校正因子”计算得到ZPE,这个ZPE从哪读取?

已经没必要这么做了,用Shermo获得热力学量省事
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

校正因子来源
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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发表于 Post on 2020-8-14 14:44:57 | 只看该作者 Only view this author

【求助】计算出来T1能级为负

请问,做TDDFT计算出来的的T1态能级数值为负是什么情况,如何解释呢?

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