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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:22:19 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2020-8-26 23:26
请问,使用ms建模时,如何将晶体结构移动到盒子的中心呀?

此问题属于第一性原理板块的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:22:37 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-8-27 20:45
请问老师,之前写过赝势基组和普通基组混合情况,命令行用b3lyp/genecp,坐标最后空一行写
Ru 0
SDD

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:25:02 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-8-27 16:54
sob老师,我想通过gaussian计算如图所示的反应循环,这里面的Mg单质在gaussian中应该以什么形式进行表示, ...

用个团簇
Mg的晶体结构都是现成的,用不着第一性原理程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:26:12 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-8-27 14:48
sob老师,我用高斯进行一个比较大的分子的CASSCF优化,SCF收敛限10 -8实在难以收敛,优化中可以将收敛限降 ...

看情况,和体系特征也有关系,诸如特别柔的体系就不适合降低收敛限,否则有虚频的概率大。
优化初期可以降低收敛限两个数量级。若有可能,最好最后能在默认收敛限下收敛。实在做不到的话,如果最后没虚频,一般也能用
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向往阳光 发表于 2020-8-27 12:46
在高斯中计算MK电荷时,可以用Dipole和AtomDipole选项拟合偶极矩和在原子中心拟合点偶极。请问同时拟合这两 ...

dipole毫无意义,本来拟合静电势电荷对偶极矩的重现性就已经很好了,加入对偶极矩的重现完全是多余的,所以我也没把这种设置加入到multiwfn的拟合静电势电荷的计算功能中。

AtomDipole在某些情况会带来一定改进,然而这需要基于原子电荷计算实际问题的程序也得支持原子偶极矩,然而大多数都不支持,所以实际意义也不大。
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Theor_Comp 发表于 2020-8-27 12:57
请问大家,使用vasp做分子动力学,已经跑了2000步,步长为1fs,vasp作业已正常停止并已经保存为XDATCAR。可 ...

VASP问题在第一性原理板块问,别发在此帖
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斯卡姆 发表于 2020-8-21 09:14
老师,请问一下,像MnO2、V2O5、TiO2等过渡金属氧化物是否属于过渡金属团簇或者过渡金属簇合物(Transition ...

过渡金属团簇是指单纯由金属原子组成的簇。过渡金属簇合物这个词我听过的不多,如果是一大堆MnO2构成的团簇,一般说是过渡金属氧化物团簇
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primashen 发表于 2020-8-23 08:47
老师请问,自旋多重度为1的中性分子通过UDFT得到T1结构,基于该T1结构利用optDFTw计算w时,template中自旋 ...

1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:36:40 | 只看该作者 Only view this author
石头圭 发表于 2020-8-19 21:58
请问用origin作图,怎么设置不均匀坐标,比如我0-700的纵坐标,数据主要集中在400-600,怎么将0-400折叠起 ...

此问题和量化无关,应当发到http://bbs.keinsci.com/forum-95-1.html的数据作图分类
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 03:37:44 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-8-19 10:27
老师您好,之前Erroneous Write的报错,看来相关帖子之后以为是磁盘容量不足,就清理了一下以前的计算文 ...

没细节没法说
诸如你用了maxdisk关键词告诉Gaussian还剩多少硬盘,不会傻乎乎写满时才会报错
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发表于 Post on 2020-8-28 08:58:59 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-8-27 16:54
sob老师,我想通过gaussian计算如图所示的反应循环,这里面的Mg单质在gaussian中应该以什么形式进行表示, ...

一般这种反应都不算Mg这一步,因为不知道实验的Mg的比表面积以及暴露出哪个晶面,所以即使算出来也没什么参考意义。
但如果不讨论Mg参与的步骤,只是为了工作的完整性而计算这几步的话,那么可以拿Mg团簇算一下,但是建议说明这一步的结果仅供参考,定量上不可靠
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-8-28 11:23:39 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,发现一个问题,对于只有Ru的团簇,有两种写法:
(1)b3lyp/SDD,坐标后面什么也不加
(2)b3lyp/genecp,坐标后加
Ru 0
SDD
****

Ru 0
SDD
这两种写法得到的能量居然不相同,请问老师这两种写法哪个对?为什么得到的结果不相同?谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-8-28 17:16:02 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我计算一个体系,里面包含第五周期的过渡金属,优化时非过渡金属使用的6-311G(d,p)基组,过渡金属使用的是SDD基组,我现在想计算ADMP,命令行“#p b3lyp/genecp ADMP(maxpoint=5000,fullscf) IOp(1/81=10,1/82=200,1/80=1000000)

Nb 0
SDD
****
B H     0
6-311G(d)
****

Nb 0
SDD
”但是出现了121错误,“IAtGet:  Unknown atom type
Error termination via Lnk1e in /home/g16-c01/g16/l121.exe”请问是什么情况呢?

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发表于 Post on 2020-8-28 17:21:50 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-8-28 11:23
谢谢老师,发现一个问题,对于只有Ru的团簇,有两种写法:
(1)b3lyp/SDD,坐标后面什么也不加
(2)b ...

刚有人问过类似的 http://bbs.keinsci.com/thread-19095-1-2.html

543

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发表于 Post on 2020-8-28 18:42:59 | 只看该作者 Only view this author
社长好,这个问题是关于MD做结合能的,但是因为太过小,不方便直接开帖,所以来这里询问了,请谅解。我用Forcite模块算了铁片和某胶水的吸附能,得到的单位是Kcal/mol ,我格子用的10 nm*10 nm截面积大小的格子。那么如何换算成大家宏观世界的 J/m^2的那种数据?这个是我一直疑惑的地方
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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