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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-8-28 19:43:50 | 只看该作者 Only view this author
用ORCA4.2.0对含118个原子的有机体系进行opt+freqj计算,试了几个初始结构后,总是出现虚频,咋搞啊?有没有什么好的方法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-29 00:47:12 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-8-28 19:43
用ORCA4.2.0对含118个原子的有机体系进行opt+freqj计算,试了几个初始结构后,总是出现虚频,咋搞啊?有没 ...

说清楚具体关键词

有些情况本身ORCA的Hessian就有bug
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-29 00:48:22 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2020-8-28 18:42
社长好,这个问题是关于MD做结合能的,但是因为太过小,不方便直接开帖,所以来这里询问了,请谅解。我用Fo ...

吸附能肯定是能量单位,我没听说过J/m^2单位。这单位像是表面张力的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-29 00:54:39 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-8-28 11:23
谢谢老师,发现一个问题,对于只有Ru的团簇,有两种写法:
(1)b3lyp/SDD,坐标后面什么也不加
(2)b ...

直接写SDD用的是笛卡尔型基函数,而用genecp是使用球谐型的。都对,但横向对比的时候要统一。仔细看
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-29 00:58:01 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2020-8-28 17:16
sob老师,我计算一个体系,里面包含第五周期的过渡金属,优化时非过渡金属使用的6-311G(d,p)基组,过渡 ...

给你个例子

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发表于 Post on 2020-8-29 08:41:15 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-8-30 14:06:04 | 只看该作者 Only view this author
请教大家,使用kisthelp,计算TST/Eck/unimolecular时出现如图的报错,不太懂具体是哪里出问题(是用g09算的ts/opt.log有问题吗),请指教,谢谢!
D:\1.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-30 14:16:05 | 只看该作者 Only view this author
Zhangpc 发表于 2020-8-30 14:06
请教大家,使用kisthelp,计算TST/Eck/unimolecular时出现如图的报错,不太懂具体是哪里出问题(是用g09算 ...

把输入文件发给开发者让开发者解决
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发表于 Post on 2020-8-30 16:23:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 斯卡姆 于 2020-8-30 16:25 编辑
sobereva 发表于 2020-8-28 03:34
过渡金属团簇是指单纯由金属原子组成的簇。过渡金属簇合物这个词我听过的不多,如果是一大堆MnO2构成的团 ...

那请问,过渡金属氧化物团簇,如Mno2催化剂,研究在其表面分子(如苯)的吸附问题,进行结构优化和振动分析等任务,泛函的使用属于哪一种?当过渡金属、稀土配合物处理?还是多参考特征较强的体系处理?
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少长聚嬉戏,不殊同队鱼。
年至十二三,头角稍相疏。
二十渐乖张,清沟映污渠。
三十骨骼成,乃一龙一猪

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-31 18:30:11 | 只看该作者 Only view this author
斯卡姆 发表于 2020-8-30 16:23
那请问,过渡金属氧化物团簇,如Mno2催化剂,研究在其表面分子(如苯)的吸附问题,进行结构优化和振动分 ...

过渡金属、稀土配合物
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发表于 Post on 2020-8-31 22:16:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2020-9-1 16:22 编辑

卢老师您好

1. 请问如果要衡量一个分子在不同溶剂状态下形成胶束的尺寸 可不可以在对应的不同溶剂条件下 (PCM隐式溶剂模型)去搜索完二聚体之后进行结合能的计算去讨论?

2. 就是如果用对应溶剂模型去计算 是不是反应不了胶束中心分子的相互作用?因为中心分子周围都是这个分子 没有水分子或其他溶剂参与

3. 还有一个问题想请教一下社长  如果我在几何优化的时候 用的是scrf=(solvent=heptane,read) 并加上了surface=sas 是不是就代表用heptane的溶剂模型 sas的溶剂表面进行计算
因为我看帖子里写的是scrf=(solvent=water,read) surface=sas 所以我担心在改变溶剂模型后surface=sas也需要改动

谢谢卢老师

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发表于 Post on 2020-9-1 01:32:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ldatea 于 2020-9-1 01:41 编辑

请教老师,
1.片段收缩和广义收缩是分别是怎么定义的?
2.使用广义收缩主要为后HF节省计算量吗?
3.Dunning相关一致性基组里,部分内层电子使用了两个很特别的基函数(收缩度和指数都一样,只有收缩系数不一样)也是为了节省计算成本优化成这样的吗?

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发表于 Post on 2020-9-1 16:30:26 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-9-1 01:32
请教老师,
1.片段收缩和广义收缩是分别是怎么定义的?
2.使用广义收缩主要为后HF节省计算量吗?

1. 参考任何一本量化教材,懒得写了
2. 对
3. 对

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-9-1 16:35:46 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-8-31 22:16
卢老师您好

1. 请问如果要衡量一个分子在不同溶剂状态下形成胶束的尺寸 可不可以在对应的不同溶剂条件 ...

二聚体没法反映胶束这种介观现象,你打算算二聚体,是因为胶束尺寸和二聚体作用能之间有经验关系式吗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2020-9-1 17:18:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-9-1 16:35
二聚体没法反映胶束这种介观现象,你打算算二聚体,是因为胶束尺寸和二聚体作用能之间有经验关系式吗

你好 是这样的 我要研究的这个分子在8 mM的时候是可以溶于水的 高于这个浓度之后就开始出现胶束 并且在不同的溶剂环境下(水,乙醇,庚烷等)的胶束尺寸不太一样 所以我想通过研究分子之间的在不同溶剂模型下的相互作用去看看是否可以解释这个现象 并没有一个经验式的关系

研究二聚体也是一种无奈只举 我是进行了二聚体的构象搜索之后 找的主要出现的三种构象去分析的 不知道有没有其他的方法可以研究这个现象

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