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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-7-7 19:12:38 | 只看该作者 Only view this author
茉莉呀 发表于 2021-7-7 11:40
好的,谢谢您!那可以再请问一下您,就是如果我想计算两个连接分子断开的力的大小,可以通过高斯计算吗? ...

高斯不行,但是orca可以,参见http://sobereva.com/594
给两个原子施加外力并做结构优化,不断增加外力并重复结构优化直至分子断裂,断裂时的外力数值就是两个分子断开需要的力的大小
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-7-7 19:47:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-7 19:12
高斯不行,但是orca可以,参见http://sobereva.com/594
给两个原子施加外力并做结构优化,不断增加外力 ...

好的好的,谢谢您!

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13413#
发表于 Post on 2021-7-7 20:13:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Zhangpc 于 2021-7-7 22:25 编辑

请教ORCA5.0(openmpi4.1.1)安装问题:

根据博文(http://sobereva.com/451)安装ORCA4.2.1(openmpi3.1.4)可以正常运行。
用同样的方法(多次检查,应该没有低级错误),运行ORCA5.0(openmpi4.1.1,openmpi也分别尝试了intel、gnu编译)时mpi有问题。

mpiexec -V检查,能输出mpiexec (OpenRTE) 4.1.1

inp输入文件关键词:
! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
%maxcore 1000
%pal nprocs 4 end
...

slurm脚本关键词:
#SBATCH --nodes=1                    # Number of nodes
#SBATCH --ntasks-per-node=28    # Number of MPI tasks per node
#SBATCH --cpus-per-task=1         # Number of OpenMP threads
...

计算节点4核并行可以正常输出结果,但存在mpi报错如下:
--------------------------------------------------------------------------
By default, for Open MPI 4.0 and later, infiniband ports on a device
are not used by default.  The intent is to use UCX for these devices.
You can override this policy by setting the btl_openib_allow_ib MCA parameter
to true.

  Local host:              cn4
  Local adapter:           hfi1_0
  Local port:              1

--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
WARNING: There is at least non-excluded one OpenFabrics device found,
but there are no active ports detected (or Open MPI was unable to use
them).  This is most certainly not what you wanted.  Check your
cables, subnet manager configuration, etc.  The openib BTL will be
ignored for this job.

  Local host: cn4
--------------------------------------------------------------------------
[cn4:38647] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / ib port not selected
[cn4:38647] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[cn4:38647] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / no active ports found
--------------------------------------------------------------------------

28核并行不能正常输出结果,ORCA输出文件末尾报错:
cn17.35617hfi_userinit: assign_context command failed: Device or resource busy
cn17.35617hfp_gen1_context_open: hfi_userinit: failed, trying again (1/3)
同时mpi报错,除了与以上4核并行时的报错以外,额外输出如下:
cn17.35617PSM2 can't open hfi unit: -1 (err=23)
...
--------------------------------------------------------------------------
Open MPI failed an OFI Libfabric library call (fi_endpoint).  This is highly
unusual; your job may behave unpredictably (and/or abort) after this.

  Local host: cn17
  Location: mtl_ofi_component.c:513
  Error: Invalid argument (22)
...
[cn17:35604] [[50910,1],9] selected pml cm, but peer [[50910,1],0] on cn17 selected pml ob1
[cn17][[50910,1],2][btl_ofi_component.c:238:mca_btl_ofi_exit] BTL OFI will now abort.
...
MPI_INIT has failed because at least one MPI process is unreachable
from another.  This *usually* means that an underlying communication
plugin -- such as a BTL or an MTL -- has either not loaded or not
allowed itself to be used.  Your MPI job will now abort.

You may wish to try to narrow down the problem;

* Check the output of ompi_info to see which BTL/MTL plugins are
   available.
* Run your application with MPI_THREAD_SINGLE.
* Set the MCA parameter btl_base_verbose to 100 (or mtl_base_verbose,
   if using MTL-based communications) to see exactly which
   communication plugins were considered and/or discarded.
...
[cn17][[50910,1],22][btl_ofi_component.c:238:mca_btl_ofi_exit] BTL OFI will now abort.
[cn17:35604] *** An error occurred in MPI_Init
[cn17:35604] *** reported by process [3336437761,9]
[cn17:35604] *** on a NULL communicator
[cn17:35604] *** Unknown error
[cn17:35604] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[cn17:35604] ***    and potentially your MPI job)
[cn17:35587] 27 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / ib port not selected
[cn17:35587] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[cn17:35587] 26 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / no active ports found
[cn17:35587] 18 more processes have sent help message help-mtl-ofi.txt / OFI call fail
[cn17:35587] 8 more processes have sent help message help-mpi-runtime.txt / mpi_init:startup:pml-add-procs-fail
[cn17:35587] 8 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal unknown handle

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发表于 Post on 2021-7-7 21:53:27 | 只看该作者 Only view this author
Zhangpc 发表于 2021-7-7 13:13
请教ORCA5.0(openmpi4.1.1)安装问题:

根据博文(http://sobereva.com/451)安装ORCA4.2.1(openmpi3.1.4) ...

建议发到orca论坛上问,另外你看一下之前有人遇到的并行问题对你有没有帮助:https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-8 09:28:24 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬,什么地方有计算荧光的案例,例如提供gjf输入文件,结果的原理分析等。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-8 12:17:18 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2021-7-8 09:28
各位大佬,什么地方有计算荧光的案例,例如提供gjf输入文件,结果的原理分析等。

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

此文也提到了,在Multiwfn手册里有个完整的计算和绘制荧光光谱的例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-8 12:21:44 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-7-7 14:58
请教各位老师,我用CYLview20打开Gaussian09优化结构输出的log文件,一片空白,可能是因为什么原因?另,求 ...

2.0的事发邮件问作者

1.0地址
链接:https://pan.baidu.com/s/1PimM0MkQYYteFpzQVRmpLg
提取码:l6j5
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发表于 Post on 2021-7-8 14:56:07 | 只看该作者 Only view this author
ZSM-5分子筛负载金属

求助大佬:通过MS 截取ZSM-5分子筛,Al取代12位的Si,
                在负载Zn时,把Zn放进双十元环内,Zn的具体方位应该怎么判断呢?

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发表于 Post on 2021-7-8 15:45:00 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-8 07:56
ZSM-5分子筛负载金属

求助大佬:通过MS 截取ZSM-5分子筛,Al取代12位的Si,

第一,查文献看看有没有人研究过应该放在哪;第二,如果没有,那么把所有可能的位点都算一下(用的理论级别可以比你实际计算的理论级别低一些也没关系),取能量最低的。
所有找吸附位点/负载位点的问题都是这个答案
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-8 16:30:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-8 15:45
第一,查文献看看有没有人研究过应该放在哪;第二,如果没有,那么把所有可能的位点都算一下(用的理论级 ...

好的 谢谢大佬

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发表于 Post on 2021-7-8 16:52:32 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,我在用gaussian09选择半经验PM6-D3优化一个超分子组装体(2个主体,2个客体,200-300个原子,主要作用力是派派堆积)的过程中,使用常规的opt和GDIIS命令均出现FormBX报错。我尝试用cartesian坐标优化,但均出现Diagonalization in DiagDN失败的报错,请问如何解决这个优化失败的问题?另外常见的半经验优化方式AM1-D、PM3-D、OM1/2/3-D、PM6-DH1、PM6-DH2、PM6-DH2X、PM6-DH+、PM6-D3H4和PM7等在Gaussian09上是否可以使用,关键词如何查询呢?

202107081650472546..png (191.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2021-7-8 17:49:16 | 只看该作者 Only view this author
Edwardlfz 发表于 2021-7-8 09:52
请教各位老师,我在用gaussian09选择半经验PM6-D3优化一个超分子组装体(2个主体,2个客体,200-300个原子 ...

是不是初始结构不合理,比如有原子离得太近了,或者晶体无序原子没有处理?
建议肉眼检查一下结构是不是完全合理,如果合理,可以用UFF先优化一下,UFF优化完的结构再上PM6
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-7-8 20:07:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-8 17:49
是不是初始结构不合理,比如有原子离得太近了,或者晶体无序原子没有处理?
建议肉眼检查一下结构是不是 ...

好的谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-9 08:48:15 | 只看该作者 Only view this author
Edwardlfz 发表于 2021-7-8 16:52
请教各位老师,我在用gaussian09选择半经验PM6-D3优化一个超分子组装体(2个主体,2个客体,200-300个原子 ...

G09里能描述色散作用的半经验方法只有PM6D3可用

这种问题不给输入输出文件没法简单判断
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发表于 Post on 2021-7-9 13:18:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-9 08:48
G09里能描述色散作用的半经验方法只有PM6D3可用

这种问题不给输入输出文件没法简单判断

好的,感谢老师

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