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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-6-16 10:47:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-16 10:16
电离能和解离是两码事
你的描述太抽象,不给具体信息没法说

嗯嗯,谢谢老师,研究的是苯酚的萃取,但苯酚是弱电解质在水中解离不易萃取,加入萃取剂抑制解离,但是不太清楚用什么来分析。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 11:10:58 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 10:47
嗯嗯,谢谢老师,研究的是苯酚的萃取,但苯酚是弱电解质在水中解离不易萃取,加入萃取剂抑制解离,但是不 ...

从对pKa的影响上进行分析
pKa取决于解离前后自由能变化,考虑萃取剂如何影响解离的自由能变
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-6-16 14:20:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 19:05
可以
分别载入两个轨道的cube文件,都设置成等值面绘制方式
也可以让Multiwfn产生一个含有两个轨道的cu ...

谢谢老师,我还有个问题,之前计算一个二聚体的激发态文件的时候输出文件里出现了这样的情况:我想问问为什么会出现两个数值相同的情况,另外我知道A是代表不对称,那么这个AG和AU具体分别是什么情况呢?

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发表于 Post on 2021-6-16 14:43:25 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-6-16 07:20
谢谢老师,我还有个问题,之前计算一个二聚体的激发态文件的时候输出文件里出现了这样的情况:我想问问为 ...

是不是这个分子本来是比较高的对称性(至少有一个三重轴),或者很接近高对称性,被你指定(或者程序自动选择)了一个比较低的对称性?能量如此精确一致的话,大概率是因为对称性导致简并。
"A代表不对称“是错的。建议自学一下群论,群论都会讲诸如Ag、Au之类的符号是什么意思。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-6-16 14:48:03 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 03:47
嗯嗯,谢谢老师,研究的是苯酚的萃取,但苯酚是弱电解质在水中解离不易萃取,加入萃取剂抑制解离,但是不 ...

首先你应该确认一下,实验上观测到的不易萃取到底是因为解离,还是因为即使中性的苯酚也亲水性太强。只要体系pH小于苯酚的pKa(大约10),大部分的苯酚分子就是不解离的,比如你在pH=9萃取,大概有90%都是不解离的,你即使完全抑制了解离,萃取效率也只能提升大概10%。如果你在pH=8萃取,萃取效率只能提升1%。而一般萃取苯酚我估计几乎不会有人在碱性条件下萃取,这样的话你抑制解离基本没有意义
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 14:52:56 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-6-15 12:56
sob老师您好,对于计算化学专业的学生,如果要学习一门比较实用的编程语言,您最推荐哪一种呢?

我觉得C++比Fortran好。Fortran好学,但是毕竟是相对古老的语言,诸如面向对象编程方面做得比C++差一些。而且万一你以后打算转行,Fortran基本上只有科学计算领域会用,但是C++用途就要广泛得多,找工作好找一些。
当然仅考虑转行找工作的话,python比C++还要好
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 15:20:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-16 10:15
我个人强烈推荐Fortran。我写的几乎所有计算化学相关的大大小小的程序(http://www.keinsci.com/research ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-16 15:22:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 14:52
我觉得C++比Fortran好。Fortran好学,但是毕竟是相对古老的语言,诸如面向对象编程方面做得比C++差一些。 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-16 15:42:07 | 只看该作者 Only view this author
想请问下老师们,下载了molclus安在了超算中心上,但是无法调用其中的软件是什么原因啊?图片是我的调用命令行。不知道是不是因为格式不同导致的,linux下的.com格式和.gjf格式的区别。如果是的话应该怎么解决呢?麻烦老师们了,新手小白,对这些完全没有经验。

202106161539025153..png (93.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2021-6-16 16:10:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 14:48
首先你应该确认一下,实验上观测到的不易萃取到底是因为解离,还是因为即使中性的苯酚也亲水性太强。只要 ...

谢谢老师,我只是看了文献中叙述PH=7时苯酚解离我也想尝试尝试,还是考虑的不够全面

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发表于 Post on 2021-6-16 17:24:17 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 09:10
谢谢老师,我只是看了文献中叙述PH=7时苯酚解离我也想尝试尝试,还是考虑的不够全面

pH=7时苯酚有解离,但是解离在千分之一量级,花精力去减少这千分之一的解离来提高萃取效率属于舍本逐末
Zikuan Wang
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sxh3231796 发表于 2021-6-16 08:42
想请问下老师们,下载了molclus安在了超算中心上,但是无法调用其中的软件是什么原因啊?图片是我的调用命 ...

不要只给出你的调用脚本,也把完整的报错信息(包括stdout输出和stderr输出)贴上来
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 18:58:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 17:25
不要只给出你的调用脚本,也把完整的报错信息(包括stdout输出和stderr输出)贴上来

好的老师,我运行完的报错就像下面的图片一样,但是检查超算中心就显示还运行了几分钟,可是查不到任何出文件,那个gau.out是一个空文件。就不知道是什么原因

202106161856534731..png (16.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202106161856534731..png

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发表于 Post on 2021-6-16 19:02:45 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-16 11:58
好的老师,我运行完的报错就像下面的图片一样,但是检查超算中心就显示还运行了几分钟,可是查不到任何出 ...

第二个图倒数第二行已经说得很清楚了
以后遇到报错,按三步走:(不仅限于molclus,也适用于任何其他软件,包括量化以外的其他领域的软件)
(1)先尝试理解报错信息。如果不知道哪些是报错信息,找包含error、fatal、severe之类的字眼
(2)如果看不懂,用谷歌翻译(如果因为某众所周知的原因用不了谷歌翻译,有道翻译也行)
(3)翻译了还是不懂,再来问
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 19:06:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 19:02
第二个图倒数第二行已经说得很清楚了
以后遇到报错,按三步走:(不仅限于molclus,也适用于任何其他软 ...

倒数第二行的意思是就是说高斯没法正常调用优化命令的意思吗?因为我的命令行是可以常规调用的高斯软件的,但是放到molclus里就不行,所以就想来问一下,是我的脚本有什么问题吗?检查了settings里的东西都没什么问题呀

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