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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-7-1 10:20:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-30 14:32
只能谈论影响的多和少,不存在严格没有相互影响的情况。有没有等值面取决于你设的isovalue值,而如果算原 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2021-7-1 10:21:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-1 02:44
与当前分子直接挨着的环境分子不能固定,要不然会人为阻碍你研究的分子的结构自发弛豫,更往外的固定就行 ...

谢谢!
分子体系比较大,试试ONIOM或者QMMM。

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发表于 Post on 2021-7-1 17:31:39 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问“基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱” http://sobereva.com/579http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html)一文中得到的中心分子的输出文件可以通过Multiwfn直接转化为Dalton计算SOC时的输入文件吗?  

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发表于 Post on 2021-7-1 20:59:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在扫描HOO的OO键时,发现有几个点不能收敛到最小能量,试过不同的泛函和基组,也用过附近点做初猜, stable=opt,但是不行。有没有什么办法可以解决这个问题?

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发表于 Post on 2021-7-1 21:58:31 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-1 13:59
sob老师,我在扫描HOO的OO键时,发现有几个点不能收敛到最小能量,试过不同的泛函和基组,也用过附近点做初 ...

用的是什么泛函?所有泛函都是在同样的地方出现这个问题吗?有把每个点的轨道的图作出来对比吗?有没有加溶剂模型?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-2 02:48:11 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-1 20:59
sob老师,我在扫描HOO的OO键时,发现有几个点不能收敛到最小能量,试过不同的泛函和基组,也用过附近点做初 ...

没细节不好说。把扫描步长改小再试。扫描的每一步会用上一步收敛的波函数当初猜,原理上步长越小,波函数越容易连续保持下去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-2 02:49:49 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-7-1 17:31
各位老师好,请问“基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱” http://sobereva.com/579(http://bbs.k ...

Multiwfn目前不支持直接创建Dalton的SOC任务的输入文件,只能产生普通任务的输入文件,相关关键词得自己写。
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发表于 Post on 2021-7-2 09:34:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-2 02:49
Multiwfn目前不支持直接创建Dalton的SOC任务的输入文件,只能产生普通任务的输入文件,相关关键词得自己 ...

那么请问老师,我是不是可以用Gassian产生的中心分子的输出文件在Multiwfn中先产生一个普通的输入文件(包含背景电荷信息的那种),然后再自己改关键词呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-3 04:17:02 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-7-2 09:34
那么请问老师,我是不是可以用Gassian产生的中心分子的输出文件在Multiwfn中先产生一个普通的输入文件( ...

看不懂
如果你载入Multiwfn的含有结构信息的文件里只有中心分子的坐标,则产生的Dalton的输入文件就也只有中心分子的坐标。背景电荷你得自己额外写上
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发表于 Post on 2021-7-3 11:32:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-3 04:17
看不懂
如果你载入Multiwfn的含有结构信息的文件里只有中心分子的坐标,则产生的Dalton的输入文件就也只 ...

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-7-3 11:50:34 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-7-1 20:59
sob老师,我在扫描HOO的OO键时,发现有几个点不能收敛到最小能量,试过不同的泛函和基组,也用过附近点做初 ...

对能量异常的结构算单点,并检验波函数稳定性。如果曲线仍有突变点,建议另开一个帖子展示你的输入文件。UDFT肯定能算出平滑的。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-7-7 14:58:42 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,我用CYLview20打开Gaussian09优化结构输出的log文件,一片空白,可能是因为什么原因?另,求一份CYLview1.0的安装包,官网上1.0的下载链接不知为何打不开了。感谢。

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发表于 Post on 2021-7-7 18:29:32 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,如果两个物质之间可以反应,通过计算它们之间的键能(拟计算方法:两个片段的能量之和减去整体的能量),是不是就可以间接等同换算成破坏其连接结合的力的大小呢?

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发表于 Post on 2021-7-7 18:32:12 | 只看该作者 Only view this author
茉莉呀 发表于 2021-7-7 11:29
请问一下,如果两个物质之间可以反应,通过计算它们之间的键能(拟计算方法:两个片段的能量之和减去整体的 ...

力和能量是两码事,量纲都不一样。两者有一定的相关性,但是无法从其中一个换算成另一个
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-7-7 18:40:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-7 18:32
力和能量是两码事,量纲都不一样。两者有一定的相关性,但是无法从其中一个换算成另一个

好的,谢谢您!那可以再请问一下您,就是如果我想计算两个连接分子断开的力的大小,可以通过高斯计算吗?因为最开始我想的是通过能量换算,如果能量不行的话,可以通过什么指标计算呢?

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