简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

CharlesGe · 发表于 Post on 2019-6-11 15:32:46

老师们好我想问一下能不能沿键轴扫描化学键的某个（例如：2p）成分呢？绘制一个曲线出来

secret · 发表于 Post on 2019-6-11 22:45:29

sobereva 发表于 2019-6-11 09:45
考虑所有电子就用total，只考虑alpha或beta电子的成键就分别选alpha和beta

不同的选择分析结果有什么大的区别吗? 最近也看了老师关于LMO分析的帖子.请问有推荐用于画图的可视化软件吗?

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-12 19:32:33

secret 发表于 2019-6-11 22:45
不同的选择分析结果有什么大的区别吗? 最近也看了老师关于LMO分析的帖子.请问有推荐用于画图的可视化软件 ...

当然有区别，开壳层体系alpha和beta分布明显不同

若追求质量，画图显然用VMD，以下文章都说了
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）

若对质量要求不高，直接用Multiwfn显示轨道等值面

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-12 19:33:16

CharlesGe 发表于 2019-6-11 15:32
老师们好我想问一下能不能沿键轴扫描化学键的某个（例如：2p）成分呢？绘制一个曲线出来

你的问题不够确切，从物理上就没法这么描述

alexwpch · 发表于 Post on 2019-6-27 21:13:10

本帖最后由 alexwpch 于 2019-6-28 09:55 编辑

Sob老师好，请问下自由基类有机化合物中各个原子的电荷适合采用哪种方法？
我参考您的《原子电荷计算方法的对比》文章，结合Multiwfn里有的方法和Gaussian的NBO方法进行计算。然而结果看着很混乱，最基本的电荷正负性都不像您文章里面那样一致。有的方法例如NBO，Hirshfeld等给出的是正值，有些方法例如Mulliken等给出的是负值，有些方法给出的电荷接近于0。

例如我计算了苯并三唑自由基(按反应机理解释，标红的N应该是氮正自由基离子），标红的N电荷在NBO、Hirshfeld、ADCH、Lowdin下是0.041、0.045、0.009、0.327，而在Mulliken、Bechk、CHELPG ESP、MK ESP下是-0.235、-0.130、-0.164、-0.206。
为什么不同方法会有这么明显的差异？

补充，最新计算结果异吲哚啉中N的电荷在Hirshfeld下是0.047，在ADCH下是-0.119。Hirshfeld和ADCH一直都是正负性相同，现在也不同了。

CharlesGe · 发表于 Post on 2019-6-28 16:24:59

sob 老师您好 http://sobereva.com/491 我下载了全部的素材但是在按照视频中用VMD绘制环电流的模的等值面图画图的时候将jmod.vti拖入发现Multiwfn选项十三报错请问一下是什么问题（因为现在我们这边还没有安装GIMIC 2.0也没办法自己做，只能先用素材熟悉一下绘图软件了）

doublelbegins · 发表于 Post on 2019-6-29 17:35:39

老师您好，想请教一下一个关于亲核取代反应性的问题：
在1和2在1:1的投料比下做了一个竞争反应，发现产物基本上全部是2的产物，我们推测的反应的第一步是亲核试剂进攻1号碳发生取代反应。

在B3LYP-D3/def2svp下优化，溶剂为甲醇，adch和resp电荷由multiwfn分析得到，相关的原子电荷值如下

	1	1-solvent	2	2-solvent
mulliken	0.083055	0.125738	0.151202	0.18104
adch	0.263088	0.320936	0.299128	0.323102
resp	0.77363	0.852475	0.687873	0.737689

1.通过原子电荷来讨论这个竞争反应的结果是否合理，是不是需要通过福井函数及其他方法讨论2.从mulliken和adch看来2的1号碳电负性强一点，从resp电荷又不是这样，这样的结果可以用于解释1和2的1号碳在亲核取代中反应性的明显差别吗？
麻烦老师了！

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 10:27:24

CharlesGe 发表于 2019-6-28 16:24
sob 老师您好 http://sobereva.com/491 我下载了全部的素材但是在按照视频中用VMD绘制环电流的模的等 ...

Multiwfn版本太老，更新到最新。文中确切写明了multiwfn必须用几月几号及之后更新的

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 10:30:24

alexwpch 发表于 2019-6-27 21:13
Sob老师好，请问下自由基类有机化合物中各个原子的电荷适合采用哪种方法？
我参考您的《原子电荷计算方法 ...

注意是NPA而不是NBO，是becke不是bechk

有的原子附近电子结构复杂，涉及多重键，而且又不是电荷数量级较大的情况，此时不同方法结果差异容易看起来显著。没法说哪种一定最正确。

什么合适和是不是自由基一点关系也没有。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 10:36:54

doublelbegins 发表于 2019-6-29 17:35
老师您好，想请教一下一个关于亲核取代反应性的问题：
在1和2在1:1的投料比下做了一个竞争反应，发现产物 ...

用原子电荷考察反应性、反应位点应当用Hirshfeld电荷而不是任何其它电荷

teao · 发表于 Post on 2019-7-1 11:30:38

【求助：简缩 Fukui 函数值大小影响问题】
老师您好，为了比较不同位点同自由基反应的难易程度，我用 Multiwfn 计算出了分子的简缩 Fukui 函数的F0值，目前我知道值越大说明越容易和自由基反应，但是我想要问一下，两个原子之间的 F0 值差距多少时，与自由基的反应会有明显差别，有文献中提到这个问题吗？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-1 11:46:54

teao 发表于 2019-7-1 11:30
【求助：简缩 Fukui 函数值大小影响问题】
老师您好，为了比较不同位点同自由基反应的难易程度，我用 Mul ...

没有这么定量化的说法，只要你觉得是detectable的，比如大于5%或10%，而且和你已知的实验或者理论能能对应上，就可以说明了。

风起时想你 · 发表于 Post on 2019-7-12 15:37:22

最近在学习molclus以及Multiwfn软件时，产生一个疑问：比如要分析两个分子间的弱相互作用，我打算按照如下步骤进行：一，molclus+MOPAC预优化分子结构（PM6-DH+）；二，高斯二次优化（B3LYP/6-31G*）；三，高斯计算单点能，并BSSE校正（B3LYP/6-311+G**）。然后想用MULTIWFN软件进行分析，用第二步得到的FCHK文件载入multiwfn软件，还是第三步呢？有什么原因吗？希望得到老师的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-13 05:15:58

风起时想你发表于 2019-7-12 15:37
最近在学习molclus以及Multiwfn软件时，产生一个疑问：比如要分析两个分子间的弱相互作用，我打算按照如下 ...

显然不能用B3LYP，必须得加DFT-D校正
第三步的波函数质量更高，没有特殊原因（比如使用不兼容弥散函数的分析方法）都应当用第三步的。
注意别用counterpoise任务的fch文件当做Multiwfn的输入文件，我假定你说的第三步产生的fch文件是用这个级别算单点产生的。

风起时想你 · 发表于 Post on 2019-7-13 21:09:18

sobereva 发表于 2019-7-13 05:15
显然不能用B3LYP，必须得加DFT-D校正
第三步的波函数质量更高，没有特殊原因（比如使用不兼容弥散函数的 ...

老师，第二步的二次优化我加了色散校正；第三步，按照老师说的，FCHK文件应该用仅仅单点能计算得到的，还有，为什么不能用counterpoise的FCHK文件呢？；单点能，BSSE校正，这两种过程也需要添加色散校正吗？

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