简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

mlzhao · 发表于 Post on 2019-4-23 11:06:39

老师，我在服务器上装了Multiwfn,在计算分子表面的静电势时候计算过程很慢，大概需要2个小时，是不是我安装的时候参数没有设好，请老师指点一下下。我用来计算的原子数40个，服务器是16核心的，Multiwfn安装的是Multiwfn_3.6_dev_bin_Linux版本

yihanxu · 发表于 Post on 2019-4-23 11:40:52

本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-22 21:44 编辑

老师好，我使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析，按原子序号定义了两个片段1-122和123-380，但是用VMD打开atmint_tot.pqr后能看到片段之间和片段内相互连键的情况和输入的pdb的文件不同，有的原子间多了键、有的原子间的键却没有显示。怎么办呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-24 03:06:32

mlzhao 发表于 2019-4-23 11:06
老师，我在服务器上装了Multiwfn,在计算分子表面的静电势时候计算过程很慢，大概需要2个小时，是不是我安装 ...

设置cubegenpath，看此文
Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降！
http://sobereva.com/435（http://bbs.keinsci.com/thread-10682-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-24 03:10:19

yihanxu 发表于 2019-4-23 11:40
老师好，我使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析，按原子序号定义了两个片段1-122和123-380，但是用VM ...

Li和S部分的显示方式用dynamic bonds，调整成键阈值

mlzhao · 发表于 Post on 2019-4-24 11:24:12

sobereva 发表于 2019-4-24 03:06
设置cubegenpath，看此文
Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降！
http://sober ...

这个速度直接从石器时代跳到了信息时代，

陈丢丢 · 发表于 Post on 2019-4-26 14:59:13

sobereva老师好，我看了您的博文《使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道》，我想利用Multiwfn绘制NAO，输入文件是hf/gen POP=(full,NBORead)，最底下是$nbo plot $end，将输出的NBO plot用Multiwfn打开，查看NAO轨道，但在Multiwfn中没有显示相应原子轨道的能量，我可以直接用GV打开OUT文件，利用GV菜单栏下的MOs查看相应的轨道能量吗？比如我再Multiwfn中看了第123自然原子轨道，在GV下利用MOs查看123轨道的能量，是否就是对应的相应的自然原子轨道能量呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-27 01:28:01

陈丢丢发表于 2019-4-26 14:59
sobereva老师好，我看了您的博文《使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道》，我想利用Multiwfn绘制NAO，输入文件是 ...

照着输出文件里显示的NAO轨道能量看

GV那地方显示出的是分子轨道能量

wxhwbh · 发表于 Post on 2019-4-28 20:33:44

sob老师好。在使用http://sobereva.com/432中的方法做ELF-pi拓扑分析时，若实际体系较大，但只对某局部区域感兴趣，可否在撒初猜点时选这个选项：
-2 Start the search using some nuclei as sphere center in turn
也就是只在感兴趣的原子附件撒初猜点。因为我这么做之后发现在其他区域也出现了临界点，想问问这样做有没有什么影响。

另外，您在这篇论文(https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2013/ra/c3ra41572d)中提到的delocalization index for pi-electrons (DI-pi),是否就是ELF-pi的二分点数值？

非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-29 04:52:13

wxhwbh 发表于 2019-4-28 20:33
sob老师好。在使用http://sobereva.com/432中的方法做ELF-pi拓扑分析时，若实际体系较大，但只对某局部区域 ...

有些点会碰巧收敛到你定义的区域以外去，没关系，不用管那些临界点就行了

不是一码事。DI是离域化指数，是专门考两个空间之间电子离域程度的定量指数

zhaoruihua · 发表于 Post on 2019-4-29 15:23:06

Sobereva老师运行AdNDP时遇到这样一个报错，进入Multifin 14-2-2,已挑除1c、2c轨道，按第三次2时遇到这样一个报错，三重态67个原子，其中有一个金属原子其他的都是非金属

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-30 04:16:31

zhaoruihua 发表于 2019-4-29 15:23
Sobereva老师运行AdNDP时遇到这样一个报错，进入Multifin 14-2-2,已挑除1c、2c轨道，按第三次2时遇到这样一 ...

8成是1c、2c还没挑充分，导致能搜出来的3c轨道数过多。说不清楚就上传压缩后的文件，每一步的命令也都写在一个文档里上传

yihanxu · 发表于 Post on 2019-5-3 13:15:50

用GAFF计算了片段间相互作用，得到的静电作用与Multiwfn得到的值为什么不同呢？例如前者得到的是-70kJ/mol,后者得到的是-60kJ/mol。结构都是一样的，Multiwfn用的是GAFF&AMBER力场.

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-3 15:39:13

yihanxu 发表于 2019-5-3 13:15
用GAFF计算了片段间相互作用，得到的静电作用与Multiwfn得到的值为什么不同呢？例如前者得到的是-70kJ/mol, ...

“用GAFF计算了片段间相互作用”意义不明，GAFF是力场，不是个计算程序
如果你是指用其它程序基于GAFF力场算的结果和使用Multiwfn完全基于GAFF参数算的结果不同，首先检查原子电荷用的是否一致，并且看你用的那个程序在计算静电作用方面是否做了近似（如用了cutoff）。Multiwfn基于原子电荷计算静电相互作用时没有用任何近似。

yihanxu · 发表于 Post on 2019-5-4 00:49:50

sobereva 发表于 2019-5-3 01:39
“用GAFF计算了片段间相互作用”意义不明，GAFF是力场，不是个计算程序
如果你是指用其它程序基于GAFF力 ...

谢谢老师，我用的GROMACS，计算两个组之间静电作用的时候用了cutoff-scheme = Verlet；coulombtype = cut-off；rcoulomb = 3.0，体系是周期性体系。请问对于静电作用，rcoulomb取3nm这大小合适吗？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-4 06:22:01

yihanxu 发表于 2019-5-4 00:49
谢谢老师，我用的GROMACS，计算两个组之间静电作用的时候用了cutoff-scheme = Verlet；coulombtype = c ...

够了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

评分 Rate

评分 Rate

评分 Rate