简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-14 01:28:57

风起时想你发表于 2019-7-13 21:09
老师，第二步的二次优化我加了色散校正；第三步，按照老师说的，FCHK文件应该用仅仅单点能计算得到的，还 ...

你了解counterpoise的原理就知道，这涉及到一大堆计算步骤，这样得到的chk里到记录的是什么你都搞不清楚，怎么敢用？

加

q754640759 · 发表于 Post on 2019-7-16 10:03:09

你好，我用lammps跑完后，用vmd输出了500帧的xyz文件，在Multiwfn中算出了他的回转半径，请问有没有方法可以算出每一帧的回转半径，另外它给出的回转半径是这500帧平均的还是某一帧的？谢谢

Saberknight · 发表于 Post on 2019-7-27 00:38:54

Sob老师您好，我最近参考“Multiwfn手册4.12.4节的信息和《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》”尝试绘制带有极值点的简缩的福井函数图像时，使用example中的phenol.wfn和phenol_N-1得到的vtx.pdb文件中的B因子全部显示0.00，一直也没找到问题出在哪，希望您能给一些建议。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-27 04:37:14

q754640759 发表于 2019-7-16 10:03
你好，我用lammps跑完后，用vmd输出了500帧的xyz文件，在Multiwfn中算出了他的回转半径，请问有没有方法可 ...

得到的是第一帧的
最简单的得到每一帧的方法是载入VMD，VMD有现成的内置命令可以计算，语句外面套个循环就能循环每一帧并计算

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-27 04:41:05

Saberknight 发表于 2019-7-27 00:38
Sob老师您好，我最近参考“Multiwfn手册4.12.4节的信息和《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分 ...

把你在Multiwfn里输入的所有命令都贴出来，便于我重复和检查

Saberknight · 发表于 Post on 2019-7-27 08:26:56

本帖最后由 Saberknight 于 2019-7-27 11:33 编辑

sobereva 发表于 2019-7-27 04:41
把你在Multiwfn里输入的所有命令都贴出来，便于我重复和检查

老师好，您看下，这是我之前输入的命令：
（1）启动Multiwfn A并输入以下命令
phenol.wfn
12→2→0→1→1→0.01→0
（2）启动为Multiwfn B并输入以下命令
phenol.wfn
5→0→1→ -,phenol_N-1.wfn →1→100→surfptpos.txt→t.txt
（3）终止Multiwfn B，然后返回Multiwfn A，然后输入
t.txt→11→n
（4）后处理菜单中输入
2 //将分子表面极值点导出到当前目录下surfanalysis.pdb文件中
6 //将所有分子表面顶点导出到当前目录下vtx.pdb文件中
5 //把当前体系的坐标导出到当前目录下phenol.pdb中。

之后导入vmd绘图时发现vtx.pdb中B因子全部为0.00

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-28 05:13:30

Saberknight 发表于 2019-7-27 08:26
老师好，您看下，这是我之前输入的命令：
（1）启动Multiwfn A并输入以下命令
phenol.wfn

这是因为pdb的B因子字段只保留两位小数，而当前的分子表面福井函数值比0.01还小，所以看起来都为0
我刚更新了官网上的Multiwfn，给Multiwfn的这个后处理菜单新增了选项8 Export all surface vertices and surface extrema as vtx.pqr and extrema.pqr。选了这个之后就会导出俩pqr文件。pqr文件里倒数第三原本是专门记录原子电荷信息的，由于其保留的位数比较多，所以在导出的pqr文件里，利用了这一列来记录表面函数值。
之后把vtx.pqr载入VMD，着色时候不选beta而选Charge，就可以把表面顶点的数值用颜色表现出来了，如下所示

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-1 12:30:54

本帖最后由欢乐多于 2019-8-1 13:39 编辑

Multiwfn由S0_opt.xyz 产生TDDFT.inp的ORCA文件时，提示orca4.1.2版本，可是还没有找到win版的4.1.2，当用4.1.1计算后，产生的TDDFT.out文件用Multiwfn打开，出现ECD谱时，闪退，怎么办？只能用4.1.2版本吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-1 23:09:48

欢乐多发表于 2019-8-1 12:30
Multiwfn由S0_opt.xyz 产生TDDFT.inp的ORCA文件时，提示orca4.1.2版本，可是还没有找到win版的4.1.2，当用4 ...

是至少能兼容4.1.2，不是只兼容4.1.2，语义明显不同
windows目前没有4.1.2

问题在于你的文件的编码是unicode。怎么解决看此文第二节末尾的相关说明
OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
http://sobereva.com/498

转成ASCII后就可以正常绘制了

q754640759 · 发表于 Post on 2019-8-2 15:05:16

sobereva 发表于 2019-7-27 04:37
得到的是第一帧的
最简单的得到每一帧的方法是载入VMD，VMD有现成的内置命令可以计算，语句外面套个循环 ...

好的，谢谢老师

yangjianfeng · 发表于 Post on 2019-8-11 15:37:25

sob老师 AIM分析中，电子密度等数值的大小能不能成为判断键强度的依据呢，如果不能的话，我该怎样去表征键的强度呢

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-12 06:02:45

yangjianfeng 发表于 2019-8-11 15:37
sob老师 AIM分析中，电子密度等数值的大小能不能成为判断键强度的依据呢，如果不能的话，我该怎样去表征键 ...

这里说得非常详细
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

钱慧璇 · 发表于 Post on 2019-8-15 10:44:39

老师好，对于过渡态金属配合物，想看LUMO-HOMO
1：在opt 结果进行freq, energy 得到的LUMO-HOMO 结果不一致，请问应该以哪一个的结果为准？
2：用Multiwfn对输出结果进行查看，选0 后并没有出现LUMO-HOMO 的信息，是需要一个个查看吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-16 07:06:39

钱慧璇发表于 2019-8-15 10:44
老师好，对于过渡态金属配合物，想看LUMO-HOMO
1：在opt 结果进行freq, energy 得到的LUMO-HOMO 结果不 ...

1 应当是一样的。不一样要么是读错数据了（诸如读的是opt一开始输出的轨道能量而非最末尾输出的），要么freq和单点用的级别或结构和opt最后一帧的不同
2 用输出文件作为输入文件无法显示轨道信息。看Gaussian输出的轨道信息必须用fch/fchk，仔细看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

钱慧璇 · 发表于 Post on 2019-8-16 10:16:38

sobereva 发表于 2019-8-16 07:06
1 应当是一样的。不一样要么是读错数据了（诸如读的是opt一开始输出的轨道能量而非最末尾输出的），要么f ...

谢谢老师！明白了

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