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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2022-10-4 10:49:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2022-10-4 10:55 编辑

各位老师,请教一下,我做前线分子轨道时候这个金属和氧原子(箭头指向)有个明显的反键,为何我做定域化轨道分析的时候这个反键轨道没有了呢?如果这个定域化轨道不能分析反键轨道,那反键轨道应该用什么来分析呀?

定域化分子轨道.png (28.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

定域化分子轨道.png

前线分子轨道.png (254.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

前线分子轨道.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-5 18:09:31 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-10-4 10:49
各位老师,请教一下,我做前线分子轨道时候这个金属和氧原子(箭头指向)有个明显的反键,为何我做定域化轨 ...

未必真的有反键作用
你可以尝试用NAdO来分析这两个原子间的相互作用,看
使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键
http://sobereva.com/535http://bbs.keinsci.com/thread-16453-1-1.html
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发表于 Post on 2022-10-16 20:53:08 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,有做过轨道正交化后再作CDA分析吗?有无操作流程分享一下?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-17 00:31:20 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-10-16 20:53
请问各位老师,有做过轨道正交化后再作CDA分析吗?有无操作流程分享一下?

如果你是指下文的双正交化,做完双正交化(且要求计算轨道能量)之后导出波函数文件。之后作为输入文件照常做CDA
用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448http://bbs.keinsci.com/thread-11377-1-1.html
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发表于 Post on 2022-10-19 14:21:24 | 只看该作者 Only view this author
今天看到Sob老师写的Multiwfn提供分子描述符的博文,突然想起来传统的很多分子描述符计算工具似乎也能计算一些基于量化的信息,比如HOMO-LOMO...,想请教老师,这种量化的信息是怎么计算出来的,他们难道内置了QM计算策略?这类软件可计算的量化信息多吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 18:23:58 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-10-19 14:21
今天看到Sob老师写的Multiwfn提供分子描述符的博文,突然想起来传统的很多分子描述符计算工具似乎也能计算 ...

是LUMO不是LOMO
看具体程序介绍。有的工具可能只是基于非常简单原始的一些半经验方法得到的,或者用一些经验关系估计的
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发表于 Post on 2022-10-28 21:41:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我对Ni-O键(O来自water)作AIM拓扑分析,得到了数据如下:ρ(r)=0.0745        V(r)=-0.1263        ▽2ρ(r)=0.4001        H(r)=-0.0131        Eta index=        0.1878. 看博文可以通过▽2ρ(r)<0,H(r)<0,Eta index>1判断共价作用。这里的数据该如何分析?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-29 04:33:43 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-10-28 21:41
老师好,我对Ni-O键(O来自water)作AIM拓扑分析,得到了数据如下:ρ(r)=0.0745        V(r)=-0.1263        ▽2ρ(r)=0. ...

按这里说的判断


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发表于 Post on 2022-11-8 18:17:20 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我拜读了您AtXn⋯H2O/H2S络合物的这篇文章,请问文中所提及的NBO,SDD的讨论方法能否能够用于复合物[有机物和碱土金属]中碱土金属与溶剂[[弱相互作用结合]去讨论溶液环境对与复合物形成的影响嘛?

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发表于 Post on 2022-11-8 18:58:30 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问对于Ni(h2)6和Co(h2o)6两种配合物,定义了两个片段分别为:金属、水配体。理论级别是pbe0/def2-svp. CDA电荷分析转移量显示配体向Ni转移的多一点,对于ETS-NOCV分析,Ni配合物的总的轨道相互作用能反而比Co配合物低,请问这是否正常?而用pbe0/def2-tzvp级别时,是Ni配合物轨道相互作用大一些,但此时电荷分解的back donation项全是负数。同类化合物,电荷转移量与轨道相互能是否有相关线性关系?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 12:42:18 | 只看该作者 Only view this author
Lym 发表于 2022-11-8 18:17
老师您好,我拜读了您AtXn⋯H2O/H2S络合物的这篇文章,请问文中所提及的NBO,SDD的讨论方法能否能够用 ...

SDD是赝势,不是方法

文中的NBO分析不是我做的。NBO分析对于讨论弱相互作用没太大意义,下文明确说了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
如果从轨道相互作用层面讨论,建议用Multiwfn中的ETS-NOCV,看
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 12:45:51 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-8 18:58
老师好,请问对于Ni(h2)6和Co(h2o)6两种配合物,定义了两个片段分别为:金属、水配体。理论级别是pbe0/def2 ...

CDA对基组比较敏感
电荷转移量没有唯一衡量方法。从原理上,中心金属不同的情况,电荷转移量和轨道相互作用能也没有绝对的正相关性
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发表于 Post on 2022-11-10 09:39:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-9 12:45
CDA对基组比较敏感
电荷转移量没有唯一衡量方法。从原理上,中心金属不同的情况,电荷转移量和轨道相互 ...

老师您好。我拜读Multiwfn手册,用Multiwfn结合Gaussian对两个配合物作了简单能量分解及NOCV分析,ETS-NOCV计算文件如压缩包里。能量分解算的轨道相互作用能是Co配合物小于Ni配合物(-204.01 vs -210.76),而在Multiwfn程序通过ETS-NOCV方法计算得到的总能量则显示Co配合物大于Ni配合物(-365.57 vs -235.13)。(两个方法定义的片段一样:1,配体,2,金属离子,所用级别都是pbe0/def2svp),不知道为何会出现这样现象?

co.zip

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ni.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 12:34:51 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-10 09:39
老师您好。我拜读Multiwfn手册,用Multiwfn结合Gaussian对两个配合物作了简单能量分解及NOCV分析,ETS-NO ...

一个可能是简单能量分解做的有问题;还一个可能是由于Multiwfn中的ETS-NOCV用的Fock矩阵是用的配合物的,而不是非相互作用状态和实际配合物状态的平均,某些情况计算的轨道相互作用能的绝对大小可能不十分准确。
如果你关注的是轨道相互作用能的总大小,在确保操作正确的前提下,建议用简单能量分解给出的。
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发表于 Post on 2022-11-10 14:07:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-10 12:34
一个可能是简单能量分解做的有问题;还一个可能是由于Multiwfn中的ETS-NOCV用的Fock矩阵是用的配合物的, ...

感谢老师的回复。我上传了ni复合物做简单能量分解的输入文件,麻烦老师有空帮忙看一下是否正确。我是想EDA和ETS-NOCV结合分析,顺便输出一些主要NOCV pair 对轨道相互能的贡献。请问老师针对您说的第二张可能,有解决的办法吗?

ni-EDA.zip

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