简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

wanghaoyu · 发表于 Post on 2022-8-26 13:50:25

sobereva 发表于 2022-8-26 13:45
问题不明确

抱歉老师，我的意思是，您不是说NBO分析对于基组敏感程度不高嘛。说要把更多的计算资源放在计算能量上，能否请老师指点具体指的是什么？是泛函方法？SCF严格程度？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-26 14:44:31

wanghaoyu 发表于 2022-8-26 13:50
抱歉老师，我的意思是，您不是说NBO分析对于基组敏感程度不高嘛。说要把更多的计算资源放在计算能量上， ...

用于单点计算的理论方法和基组

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-8-30 16:02:32

sob老师您好，由于我的电脑上没存fchk/fch文件，所以没法用multiwfn绘制那种透明的图，我把bar值和蓝色区域的原子在分子结构上标出来了，大概就是在吡啶环上的N和α-C的位置，左边的结构是N-C上连了一个苯环，右边的N-C上的C连了两个苯环，从ESP的计算结果上显示右边的ESP值更小一些，请问可以从哪几个角度来分析这个问题呢，

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-30 18:22:29

xiaobai1 发表于 2022-8-30 16:02
sob老师您好，由于我的电脑上没存fchk/fch文件，所以没法用multiwfn绘制那种透明的图，我把bar值和蓝色区 ...

没有fch/fchk文件你也不可能用gview作出来这种图，如果通过某种方式搞出来了，结果也是错的
如果你是基于chk画的，用formchk转换就能得到fch/fchk，看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

光从当前的图上说不出来什么

计算N的原子电荷，并用Multiwfn考察表面静电势极值点数值
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-8-30 20:23:17

sobereva 发表于 2022-8-30 18:22
没有fch/fchk文件你也不可能用gview作出来这种图，如果通过某种方式搞出来了，结果也是错的
如果你是基 ...

我这个是之前存着的图，并不是现做的，写结果讨论的时候不知道从何下笔才问的，谢谢sob老师了，我自己再看看吧

牧生 · 发表于 Post on 2022-9-2 08:53:01

好像发现了一个bug，使用Multiwfn将带有晶胞尺寸参数的pdb转为gro时，边长都会变成原来的2倍。比如我把这个222.pdb转为222.gro以后，CRYST1 23.754 23.754 23.754 90.00 90.00 90.00就变成了 4.488855 4.488855 4.488855 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000

222.pdb (111.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

222.gro (64.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-3 21:05:15

牧生发表于 2022-9-2 08:53
好像发现了一个bug，使用Multiwfn将带有晶胞尺寸参数的pdb转为gro时，边长都会变成原来的2倍。比如我把这个 ...

我已更新Multiwfn官网上最新版本修正了此问题

雨雨xt · 发表于 Post on 2022-9-16 10:14:02

NBO计算新手，像计算一下一个分子笼的NBO，输入行为#p b3lyp/gen em=gd3 pseudo=read Pop=(FULL,NBORead,NaturalOrbitals,SaveNBOs) gfinput

正常Normal，编辑器里搜索Natural Population，没有这个相关分析，想问问大家是为什么呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-16 16:43:26

雨雨xt 发表于 2022-9-16 10:14
NBO计算新手，像计算一下一个分子笼的NBO，输入行为#p b3lyp/gen em=gd3 pseudo=read Pop=(FULL,NBORead,Na ...

对于只是做常规NBO分析的情况，别写一大堆乱七八糟的，写个pop=NBO就完了
gfinput更是绝对不要写，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

不懂含义的关键词绝对不要写

雨雨xt · 发表于 Post on 2022-9-16 19:34:10

sobereva 发表于 2022-9-16 16:43
对于只是做常规NBO分析的情况，别写一大堆乱七八糟的，写个pop=NBO就完了
gfinput更是绝对不要写，仔细 ...

好，谢谢sob老师，以后不用了

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-19 21:04:48

老师我想问一下，我在用Multiwfn计算分子半径的时候用100主功能，21功能输入all之后里面有个Radius of gyration这个指的是什么意思呢？百度一下也没查到只知道翻译是回旋半径，这个是什么意思呢？是等效球形体积后得出来的半径吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:37:03

KCM@SHU 发表于 2022-9-19 21:04
老师我想问一下，我在用Multiwfn计算分子半径的时候用100主功能，21功能输入all之后里面有个Radius of gyra ...

绝对不要用百毒搜索学术相关问题，这是搞科研的人最基本的常识和共识
为什么我极度鄙视和厌恶百毒
http://sobereva.com/450

回转半径。去Multiwfn手册里搜原词

牧生 · 发表于 Post on 2022-9-24 10:38:56

使用Multiwfn绘制红外光谱时，默认是用的吸光率，能不能增加一个选择，傻瓜式的切换到透光率。
如这个帖子所示，峰型是向上的，能不能有一个选项，改为峰向下。
http://bbs.keinsci.com/thread-18368-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-25 02:05:45

牧生发表于 2022-9-24 10:38
使用Multiwfn绘制红外光谱时，默认是用的吸光率，能不能增加一个选择，傻瓜式的切换到透光率。
如这个帖子 ...

选择4 Set left Y-axis，按屏幕上提示说的，输入0直接就把坐标轴上下翻转了

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2022-9-27 20:13:14

卢老师您好，请问我在绘制Hirshfled Surface图时出现了以下情况，整个表面都是红色，显示整体表面的电子密度都很大，请问老师这是我自身晶体cif文件的问题吗？还是可以通过在软件里调整参数得到普遍的那种可以进行分析相互作用位点的图吗？谢谢卢老师

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